求助：安装gromacs后跑pdb2gmx中PCA1--LEU496报错

BabysBreath · 发表于 Post on 2022-8-16 22:06:02

想麻烦问一下各位老师我刚新装了gromacs版本，但是装完之后使用任何力场和任何蛋白都如图中报错，想麻烦问一下各位老师可能是什么原因呢？谢谢各位老师！

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-8-17 09:23:03

请问PDB文件中的残基名PCA是什么，一般是没有这种残基名称的

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-18 10:05:02

“任何蛋白”是不可能的
大多数蛋白里都是只有标准残基，不可能有这种情况。
先拿1UBQ、1OMB等没有非标准残基的蛋白练手

PCA如果是非标准氨基酸残基，一方面要在rtp文件里加入其定义，另一方面按提示说的，加入residuetypes.dat，令其对应protein

BabysBreath · 发表于 Post on 2022-8-25 08:23:30

sobereva 发表于 2022-8-18 10:05
“任何蛋白”是不可能的
大多数蛋白里都是只有标准残基，不可能有这种情况。
先拿1UBQ、1OMB等没有非标准 ...

好的，谢谢社长！

BabysBreath · 发表于 Post on 2022-8-25 08:24:31

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-17 09:23
请问PDB文件中的残基名PCA是什么，一般是没有这种残基名称的

不好意思我才看到，我拿的测试蛋白是1dhk和5va1，pca我也没查到具体意思（很懵hhh)

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-25 09:13:52

BabysBreath 发表于 2022-8-25 08:24
不好意思我才看到，我拿的测试蛋白是1dhk和5va1，pca我也没查到具体意思（很懵hhh)

仔细看pdb文件里的注释部分，非标准残基对应什么往往会提到

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