求助：关于蛋白质-配体复合物分子动力学模拟位置限制问题

年年是陶大猫

各位大佬，审稿意见回复Low RMSD values over the 100ns trajectory make this reviewer suspect whether positional restraints have been used during the simulation. If yes, then the study needs to be redone, removing the constraints. The input mdp and the log files are required in order to verify this. PCA analysis too will not be rational, in case positional restraints had been applied.

大概意思是我的蛋白质RMSD太小了，怀疑在模拟的时候使用了位置限制，要求重新做，消除限制。如果用了限制，那么他认为用bio3d分析的蛋白质轨迹也是不合理的。
想请问各位老师，这是我的成品md的mdp文件，我是否使用了位置限制呢？他这样的要求是否合理呢？
谢谢各位老师啦

Frozen-Penguin

从这个mdp文件来看，如果你没有对top,itp等文件进行修改，那么就没有位置限制

年年是陶大猫

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-19 17:30
从这个mdp文件来看，如果你没有对top,itp等文件进行修改，那么就没有位置限制

好的好的，谢谢大佬，审稿人的意思是限制配体还是限制蛋白质呢。
小分子的话好像确实对配体重原子进行限制了
gmx make_ndx -f Lig_GMX.gro -o new_hh.ndx
>0 & ! a H*
>q
gmx genrestr -f Lig_GMX.gro -n new_hh.ndx -o posre_Lig.itp -fc 1000 1000 1000

xiaoche

请问楼主你的 RMSD 值在多少范围？