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[综合交流] packmol软件中我定义的原子数量是否合理?

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大家好,我有水分子1650个,氯离子300个,钠离子300个,放置在半径为25埃的球型模型里面,预模拟10M的氯化钠溶液,使用packmol,tolerance为2.5,这样的模型是否合理?

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-8-24 15:55:15 | 只看该作者 Only view this author
你可以计算半径25 A的球里面该有多少个水分子,水的密度是 1 g/mL。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-8-24 16:09:42 | 只看该作者 Only view this author
不要手写【求助】标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你去了,以后注意。

合理不合理没有唯一判据

如果以packmol能否成功产生作为判据,试一下便知
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-24 19:48:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-24 16:09
不要手写【求助】标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你去了,以后注意 ...

好的,下次注意
另外packmol可以构型出来,但是在lammps跑的过程就会报错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-24 19:51:31 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-24 15:55
你可以计算半径25 A的球里面该有多少个水分子,水的密度是 1 g/mL。

我用的(球体积*密度)/M*6.02/10计算出来,水取1g/mL的密度,M=18,r为25,结果为2189

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发表于 Post on 2022-8-24 19:56:20 | 只看该作者 Only view this author
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html   

看4.3这一部分。
你所要关心的,仅仅是多少个水分子和多少个氯化钠能得到你想要浓度的溶液。所以,球形的坐标都是一样的,加入水,钠离子,氯离子这三种就OK了
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-24 21:04:44 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-8-24 19:56
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html   

看4.3这一部分。

谢谢哈,我其实那些会写程序,只是想看模型是否合理,是否因为我指定数量不对的原因,导致我在lammps跑的过程中会报错,在纠结模型的不合理问题。

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发表于 Post on 2022-8-25 09:16:13 | 只看该作者 Only view this author
mengxiangidea 发表于 2022-8-24 19:48
好的,下次注意
另外packmol可以构型出来,但是在lammps跑的过程就会报错

先用纯水跑,如果能跑,只加极少量的离子,如果还能跑,再增加离子到期望的浓度。如果发现离子浓度太高就跑不了,可能初始结构里静电互斥太大之类原因导致,先做充分的能量极小化、再用小步长预跑一阵
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-25 11:24:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mengxiangidea 于 2022-8-25 11:30 编辑
sobereva 发表于 2022-8-25 09:16
先用纯水跑,如果能跑,只加极少量的离子,如果还能跑,再增加离子到期望的浓度。如果发现离子浓度太高就 ...

sob老师,静电互斥会不会和半径有关系,我看过一篇论文,用的半径比我的会大一些,自然,水分子也多一些,离子的参数也就多一点,浓度大的情况下跑出来也没有问题,但是他是传统力场做出来的,我走的reaxff力场,我在弛豫过程中就原子不动了。小的浓度下可以跑,但是效果没达到我想要的,我看过相关的论文,说要10M起步的浓度才能达到效果。我想原子数量设置小一点,因为是reaxff力场,不适合大体系。

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发表于 Post on 2022-8-25 19:21:38 | 只看该作者 Only view this author
mengxiangidea 发表于 2022-8-25 11:24
sob老师,静电互斥会不会和半径有关系,我看过一篇论文,用的半径比我的会大一些,自然,水分子也多一些 ...

当前问题又不涉及反应,用reaxFF干嘛,白浪费时间,结果还不如直接用恰当参数化的水模型和离子参数(如KBFF)好
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-25 19:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-25 19:21
当前问题又不涉及反应,用reaxFF干嘛,白浪费时间,结果还不如直接用恰当参数化的水模型和离子参数(如KB ...

需要有反应,所以采用的reaxff,做电化学方向

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发表于 Post on 2022-8-26 09:27:05 | 只看该作者 Only view this author
当前跑氯化钠溶液如果不涉及反应,就不需要reaxFF,之后要涉及反应是之后的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 10:26:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-26 09:27
当前跑氯化钠溶液如果不涉及反应,就不需要reaxFF,之后要涉及反应是之后的事

老师的意思我可以先在普通力场下,先把氯化钠液滴跑平衡,然后后续转reaxff嘛?

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发表于 Post on 2022-8-26 13:43:37 | 只看该作者 Only view this author
mengxiangidea 发表于 2022-8-26 10:26
老师的意思我可以先在普通力场下,先把氯化钠液滴跑平衡,然后后续转reaxff嘛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 13:56:21 | 只看该作者 Only view this author

好的,非常感谢老师

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