请问mdrun未达预想中的速度的排查解决方案

zjq0717

之前在ubuntu22.04下载2022.2Gromacs版本时添加-DGMX_GPU=CUDA即报错，
在官方Gitlab上经过开发人员确认应该是cuda和gcc版本的问题，
换为2021.6版本后成功下载。
但在跑 tutorial1 (水中的溶菌酶) 时发现mdrun的速度离预想的差距较大，仅为68ns/day.

CPU和GPU如下
12th Gen Intel(R) Core(TM) i7-12700K
NVIDIA Corporation GA106 [GeForce RTX 3060 Lite Hash Rate].

当时的输出：
1 GPU selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
  PP:0,PME:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the CPU
PME tasks will do all aspects on the GPU
Using 1 MPI thread
Using 20 OpenMP threads

starting mdrun 'LYSOZYME in water'
50000 steps,    100.0 ps.

Writing final coordinates.

               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:     2526.897      126.345     2000.0
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:       68.386        0.351


想请问下这个速度是否在正常范围内。

另外，目前想要研究的问题是蛋白质-蛋白质对接产物的稳定性，目前看到的文献大多用的是Amber的pmemd,
但目前实验室并未购买Amber。
想请教下用AmberTools的sander能否达到同样的效果，以及在只能用AmberTools的情况下是否应该直接改用Gromacs。
谢谢。

sobereva

直接说明体系原子数，别人不知道你跑的什么体系。不要默认以为别人知道你说的是什么教程
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
诸如此类问题，必须把计算中所有明显影响耗时的因素全都交代清楚。

本来3060也不是高端GPU，不要对性能有太高期待