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论坛上常见到求脚本的萌新，提出自己的一个分析需求，大多是文献看到或者导师让做的，来这里问，希望寻求到别人的帮助。常常还加上一句，我是萌新，我不懂得写脚本之类的话。 求脚本这件事就像什么呢，如果把完整的科研工作比作一本网络小说，脚本就像是小说里的几章剧情。在这个论坛求脚本，就像是在一个网文作者论坛是发了一个帖子“想写一个剧情：主角超高修为假扮凡人被纨绔子弟欺凌，最终引出对方家族老祖，岂料老祖的师傅已被主角秒杀的一个装逼剧情。有没有大佬帮我写一下，我好发到XX中文网。”
那这种帖子别的网文作者为什么难以帮助你呢？因为
1.你的主角的性格、能力、法宝、功法什么的我是一概不知，为了帮你写这段，我还要仔细考察你主角的各种属性，才能写出适合你这个剧情的文字。
2.你的主角一本书里肯定不会只装逼一次吧，你下一次装逼的时候，大体剧情是一样的，但细节上有了很多区别。你如果一点文字都不会写，那你是不是在我给你写的基础上进行修改都很难？
3.都是些网文的，我还有自己的文章要写，为什么一定要帮你？
所以脚本这个事情是一样的，稍微写过一些就知道，分析脚本经常是体系-specific的，且同样的功能，对一些即使非常相似的模拟，可能也要做一些小的修改，才能运行（比如之前分析50个单体，现在分析同样的但是100个单体，你可能就要把脚本里的一些50改成100）。最后就是不写脚本，做分子模拟真的会是处处受限的。
很多同学之前是化学or生物学的背景，也没有很多的代码经验。对于学习编程，一开始可能会很犹豫，这些我都理解。因为我自己就是这样，一开始半年也是用别人的代码，并且手动地干一些后来写代码一下就能搞定的事情，走了很多弯路。后来老师催得紧，实在没办法了，自己动手写，但我只花了两天就完成了自己的第一个科研脚本：读取一个氨基酸残基的phi和psi角，并最终用于Ramanchandran Plot的绘制，这并非我天赋异禀，而是因为这其实真的很简单。
我自己是使用python结合MDAnalysis进行分析，python是目前比较推荐的入坑编程语言，他省去了很多复杂的事情，并且有非常多且成熟的库（就是别人写好的代码）供调用。我百分之90的分析脚本只有以下三个部分组成：1.为别人写好的成熟的分析函数准备输入、读取输出。 2.高中级别的数学运算 3.将结果输出为我想要的图片or文本
分享一下我入门python的蛇书，是一本非常经典的教材，把里面1-10章看完就完全够开始写分析代码了。MDAnalysis的教程则去官网，把quickstartguide（https://userguide.mdanalysis.org/stable/examples/quickstart.html）自己过一遍也可以开始写一些简单的东西了。
没有不能写剧情的网文作者，也没有不能写分析脚本的分子模拟工作者，如果你一个脚本都写不出来，那你有极大的可能是一个模拟门外汉。
链接：https://pan.baidu.com/s/1d4SI68KMKBTGotm69PphHw?pwd=dtin
提取码：dtin
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发表于 Post on 2022-8-30 17:31:17
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