meta-dynamic中配位数公式的设定

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2022-9-2 06:28:09

各位大佬，最近在学习使用cp2k做meta-dynamic。遇到了一些问题希望可以帮忙解答。
①关于配位数公式中的N和M值该如何确定，看不同文献中的取值完全不同，怎么样才能测试，才能认定自己所选用的值是合理的？
②平衡键长比较好取，可接受距离又该如何判定呢。

谢谢大佬们的回答！

chands · 发表于 Post on 2022-9-2 08:19:24

本帖最后由 chands 于 2022-9-2 08:31 编辑

键长大概是中心离子到配位原子的距离（再长一点），你随便设定一个半径，设定M、N值，用excel表画一下图像就明白了。

丁越 · 发表于 Post on 2022-9-2 09:41:22

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2022-9-2 11:02:30

丁越发表于 2022-9-2 09:41

丁老师，所以就是画出这个图，选取y=0.5时斜率最大的组合吗？

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2022-9-2 13:29:33

很多情况下，collective variable都是一个case by case的问题。我之前还遇到过一个协同反应，体系中的两个原子间在反应前没有成键，反应后是双键的。那样的情形，直接生搬硬套别的文章里的东西，很容易出问题。

你首先该想明白的是你关心的是体系中什么样的变化。然后再想coordination number怎么取才合适。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-9-2 15:06:52

Daniel_Arndt 发表于 2022-9-2 13:29
很多情况下，collective variable都是一个case by case的问题。我之前还遇到过一个协同反应，体系中的两个 ...

“一个协同反应，体系中的两个原子间在反应前没有成键，反应后是双键的”请问有DOI或文章标题么？感谢

丁越 · 发表于 Post on 2022-9-2 16:51:39

ustbhh@126.com 发表于 2022-9-2 11:02
丁老师，所以就是画出这个图，选取y=0.5时斜率最大的组合吗？

不是，这个图就是下面公式我给取了不同参数值得到的函数变化情况，你应当结合自己体系的配位数变化选择合适的参数，不能直接套用。
比如选取平衡距离R0，你可以先跑一段时间的动力学，然后测量这个R0大致在什么范围内，然后再去选个合适的R0值进行测试NN,MM等参数。

丁越 · 发表于 Post on 2022-9-2 16:59:18

本帖最后由丁越于 2022-9-2 17:02 编辑

这是绘制配位数曲线的gnuplot脚本，你自己画画看

set term pngcairo enhanced font 'Helvetica,14'
set output 'coordination.png'
set ylabel 'Coord. Num.' offset 0.2,0 font "Helvetica,16"
set xlabel 'CVs' font "Helvetica,16"
set border lw 2
set xtic -5,1,5 nomirror out scale 0.8 font "Helvetica,14"
set ytic 0,0.3,1.5 nomirror out scale 0.8 font "Helvetica,14"
set xrange [-5:5]
set yrange [0.0:1.5]
set style line 1 lw 2 lc rgb '#E64B35'
set style line 2 lw 2 lc rgb '#4DBBD5'
set style line 4 lw 2 lc rgb '#3C5488'
set style increment userstyles
y(x)=(1-(x/1.5)**6)/(1-(x/1.5)**12)
h(x)=(1-(x/1.5)**4)/(1-(x/1.5)**12)
k(x)=(1-((x-0.5)/1.5)**6)/(1-((x-0.5)/1.5)**12)
set yzeroaxis lt -1 dt 2 lw 1.5
set arrow from -3,0.5 to 3,0.5 nohead lt -1 dt 2 lw 1.5
set label 'r0=1.5' at 2,1.1
set label 'y=0.5' at -3,0.45
plot \
y(x) w l ls 1 t '6/12 \& d0=0' ,\
h(x) w l ls 2 t '4/12 \& d0=01' ,\
k(x) w l ls 4 t '6/12 \& d0=0.5'

复制代码

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2022-9-22 03:25:24

丁越发表于 2022-9-2 09:41

丁老师！
我现在的理解是，根据对应原子选择好d0和ro，然后再去画图测定n和m，已得到正确的判断配位数的范围，不知道这样理解是不是正确的呢？》

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2022-10-18 21:49:53

丁越发表于 2022-9-2 09:41

丁老师，想问您一个问题。plumed中在判断配位数的时候，是不是默认小于平衡键长的位置均配位数为1呢。因为图中左边在图中显示都小于1了

丁越 · 发表于 Post on 2022-10-19 09:07:21

ustbhh@126.com 发表于 2022-10-18 21:49
丁老师，想问您一个问题。plumed中在判断配位数的时候，是不是默认小于平衡键长的位置均配位数为1呢。因 ...

不是，你看（6/12）那条线，CV=1.5时配位数值为0.5

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2022-10-19 10:32:27

丁越发表于 2022-10-19 09:07
不是，你看（6/12）那条线，CV=1.5时配位数值为0.5

在平衡键长左边的，即使曲线值小于1，也是认为是1吧？

丁越 · 发表于 Post on 2022-10-19 11:09:20

ustbhh@126.com 发表于 2022-10-19 10:32
在平衡键长左边的，即使曲线值小于1，也是认为是1吧？

曲线y坐标值是多少配位数值就是多少啊。当X坐标值较小时的那段非常接近1

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2022-10-20 08:26:57

丁越发表于 2022-10-19 11:09
曲线y坐标值是多少配位数值就是多少啊。当X坐标值较小时的那段非常接近1

好的，谢谢丁老师

moritaichi · 发表于 Post on 2022-12-7 00:01:28

本帖最后由 moritaichi 于 2022-12-7 00:31 编辑

ustbhh@126.com 发表于 2022-9-2 11:02
丁老师，所以就是画出这个图，选取y=0.5时斜率最大的组合吗？

冒昧打扰丁老师，请教您一下，如何在CP2K里设置do的值呢，我在手册里只看懂了r0的值，望不吝赐教，非常感谢

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