请问有人知道如何使用VMD合并NAMD跑出来的两段轨迹嘛

yusang

                 用的是NAMD进行分子动力学模拟，准备跑30ns平衡，但中途断电了，所以重新制作conf文件等继续完成平衡，最后共有两个dcd文件（一个是第一次跑的，另一个是接着续跑的），现在想把两段轨迹合并接成完整的一条，再去source各类脚本，出来的就是完整30ns的数据。请问在VMD中有什么方法可以实现嘛？感谢大佬们

fhh2626

把两段dcd读进来，然后另存为一个新的dcd...

乐平

如果前一段轨迹文件的末尾没有什么报错，或者坐标不完整的情况。那么直接在 Linux 命令行输入

1. cat file1 file2 >> all

复制代码

cat 命令会将 file1 和 file2 按顺序合并成 all.

这里的 file1 是你的第一段轨迹文件，file2 是你的第二段轨迹文件， all 是合并后的轨迹文件。

ene

乐平 发表于 2022-9-3 10:21
如果前一段轨迹文件的末尾没有什么报错，或者坐标不完整的情况。那么直接在 Linux 命令行输入

这怎么可能。。。DCD是个有内部格式的二进制文件，它的文件头里面记录了轨迹的帧数。。。你光把两个文件拼起来，不去修改文件内部的数据有什么意义。。。

lyj714

ene 发表于 2022-9-8 01:33
这怎么可能。。。DCD是个有内部格式的二进制文件，它的文件头里面记录了轨迹的帧数。。。你光把两个文件 ...

dcd轨迹开头记录了总帧数吗？不太了解这种格式，我觉得不应该记录总帧数，这样如果续跑岂不是程序要到头来改这个东西。xtc这种倒是可以cat，因为本身就是二进制读，如果不管每一帧时间戳的话。

ene

lyj714 发表于 2022-9-8 13:39
dcd轨迹开头记录了总帧数吗？不太了解这种格式，我觉得不应该记录总帧数，这样如果续跑岂不是程序要到头 ...

因为DCD本质上是个FORTRAN unformatted binary，虽然读写比较快，但是扩展性和灵活性非常差，是一种很过时的标准。unformatted binary的每个record开头都会有个header，里面记录了数据的大小，这就是总帧数的来源。就像你说的，新的程序就不该再用FORTRAN unformatted binary这种垃圾格式。你可以看看NAMD开发者是怎么评价DCD的：
https://www.ks.uiuc.edu/Research ... dlib_8C_source.html

1.     7 /*
   
2.     8    dcdlib contains C routines for reading and writing binary DCD
   
3.     9    files.  The output format of these files is based on binary FORTRAN
   
4.    10    output, so its pretty ugly.  If you are squimish, don't look!
   
5.    11 */
   
6. ...
   
7.   795 /*   No useful file format description of the DCD format can be found.  */
   
8.   796 /*   The closest approximation purporting to be a format description is */
   
9.   797 /*   a block of fortran formated statements.  Ultra lame.               */
   
10.   798
    
11.   799 /*   Therefore I simply reverse engineered the sequential output.       */
    
12.   800 /*    -EJB */

复制代码

人生若只如初见

请问您最后怎么 解决的呢 我也遇到了同样的问题

xinlanyh

人生若只如初见 发表于 2024-9-22 16:40
请问您最后怎么 解决的呢 我也遇到了同样的问题

有个插件叫catdcd，可以解决这个问题

woxun

可以借助DS软件里面的Process Trajectory File功能