求助：伞形采样结果分析，对距离等数据求构象平均值有意义吗？

fhh2626

霜晨月 发表于 2022-9-9 15:42
比如同一个bin里面有两个构象，构象A是在窗口1的中央，构象B是在窗口1的边缘，A和B的偏置力和权重肯定是 ...

bin不是窗口，bin是窗口的再细分，你可以把bin分得无限细，但是你画出来的图的精度总是有限的

你如果每一帧的偏置力或者反应坐标值都存下来的话你也可以手动加权

霜晨月

fhh2626 发表于 2022-9-10 17:15
bin不是窗口，bin是窗口的再细分，你可以把bin分得无限细，但是你画出来的图的精度总是有限的

你如果 ...

老师好，我把MBAR的W_nk提取出来，得到了每一帧的weight。接下来我想这样做：

1. 将整个反应坐标均匀分割成很多bin
2. 将各个帧（各自带有权重）按照CV值assign到各个bin中
3. 将每个bin里面的所有帧的距离等数值按照权重取平均值，并计算fluctuation
4. 将整个反应坐标上每个bin的平均距离值和fluctuation描绘曲线

请问第2步，将各个帧按照其CV值assign到各个bin中，这样做对不对？因为我记得用wham等方法计算PMF时，各个帧不一定是按照其CV值归属到bin的，比如某帧CV=0.85，不一定属于0.84~0.86的bin，而可能被assign到其他的bin。（这一点我记忆不确，是看的一篇中文介绍资料，现在看具体的PMF计算代码看不懂了。）

@k64_cc

fhh2626

霜晨月 发表于 2022-9-17 13:20
老师好，我把MBAR的W_nk提取出来，得到了每一帧的weight。接下来我想这样做：

1. 将整个反应坐标均匀 ...

bin就是按照CV来分的，不过如果不同窗口之间有overlap的话，加权的时候要妥善处理重叠部分