求助：关于MS的自动补氢

shinkon

找了很久，MAPbX3（X=I，Br，Cl）的cubic的cif好像只有cod有，但是该网站的cif下了基本上没H的
我用ms开始自动补氢补不上，按网上说的，make P1取消对称性后（原来是Pm3m的cubic）能补上，但补完find symmetry不是pm3m了（文献是pm3m），请问是否要优化完再find symmetry

swordshine

立方晶系alpha-相钙钛矿，阳离子等价位置定在体心（0.5 0.5 0.5），你看一下cif文件，C和N的位置是重叠的，都在（0.5 0.5 0.5），补氢肯定就不再是立方晶系了。当然也有特殊情况，比如FAPbI3的晶体里FA是斜着的，CHN都有较准确的位置，晶体是三方晶系。

shinkon

swordshine 发表于 2022-9-11 11:33
立方晶系alpha-相钙钛矿，阳离子等价位置定在体心（0.5 0.5 0.5），你看一下cif文件，C和N的位置是重叠的， ...

谢谢。那请问就我主楼描述的这种情况，是要如何操作比较好？补完氢后去结构优化，然后再find symmetry；还是先find symmetry给体系施加个约束（三个角90度，abc相等）再行结构优化？结构优化的时候是固定晶胞体积形状为好还是不固定为好？
哦对了，我那体系补完氢find symmetry还是立方，但不是pm3m点群。说实话我也不太懂补氢的原理。。

swordshine

shinkon 发表于 2022-9-11 13:33
谢谢。那请问就我主楼描述的这种情况，是要如何操作比较好？补完氢后去结构优化，然后再find symmetry； ...

我不是做钙钛矿计算的，因为有大量做钙钛矿的人咨询过我某表征，所以对钙钛矿稍有了解。你可以看看类似文献是什么结构。我记得github上能搜到一些课题组发的已经优化过的结构，你也可以参考下。

shinkon

swordshine 发表于 2022-9-11 16:42
我不是做钙钛矿计算的，因为有大量做钙钛矿的人咨询过我某表征，所以对钙钛矿稍有了解。你可以看看类似文 ...

嗯嗯，我主要是想求教我应该选择哪种操作方法。github居然能搜晶体结构吗？我这真的是第一次听说，某些晶体的某些相的cif我真是找很久找不到，去找找看。

sobereva

shinkon 发表于 2022-9-11 17:31
嗯嗯，我主要是想求教我应该选择哪种操作方法。github居然能搜晶体结构吗？我这真的是第一次听说，某些晶 ...

github不是专门搜这类体系的。只不过一些人把github当做在线数据库来用，可能把一些类型体系的cif合集放到了github上

shinkon

sobereva 发表于 2022-9-12 14:51
github不是专门搜这类体系的。只不过一些人把github当做在线数据库来用，可能把一些类型体系的cif合集放 ...

是的，卢老师，昨天搜了半天并没有搜到立方相的MAPbX3的cif……晶体数据库上找到的立方钙钛矿结构，原胞虽然Pb和X是1和3个，但是C和N经常是24/26个，太难用于计算了。很头疼

脉冲星射线暴

B站上的一个教程上说，补完氢是要先优化的，你可以去搜一个叫”爱折腾的涵“的UP主。当然他给的是个分子，没有涉及到晶体对称性，所以对不对我也不敢打包票……至于晶格结构改变，你可以去查一查国际空间群表，看看补的氢在这个空间群对应的晶格结构里有没有位置，没有的话空间群肯定要变。

shinkon

脉冲星射线暴 发表于 2022-9-12 16:18
B站上的一个教程上说，补完氢是要先优化的，你可以去搜一个叫”爱折腾的涵“的UP主。当然他给的是个分子， ...

都有点怀疑原作者做的对不对了。。

脉冲星射线暴

shinkon 发表于 2022-9-12 19:36
都有点怀疑原作者做的对不对了。。

也不是没有可能……要结构的话，测个XRD拿Highscore plus这种傻瓜式精修软件过一遍就发文章，一些个计算外行的审稿人也懒得去验证……