gmx模拟后发现部分氢原子飘离蛋白

zheny1379 · 发表于 Post on 2022-9-14 22:20:55

gmx模拟之后，发现部分氢原子远离蛋白。如下是模拟之后的一帧，白色小点为H原子，附上nvt npt md的mdp文件。想请教各位大佬，是什么原因导致的呢

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-9-14 23:03:04

是否有正确处理轨迹的pbc？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-15 05:00:19

光贴mdp没意义，和当前问题没有直接联系。甚至连结构文件都没提供
说清楚当前文件具体怎么来的，所有的相关命令都说清楚，仔细看下文。
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

zheny1379 · 发表于 Post on 2022-9-17 15:10:54

对抗路达摩发表于 2022-9-14 23:03
是否有正确处理轨迹的pbc？

谢谢老师，轨迹是正确处理的

zheny1379 · 发表于 Post on 2022-9-17 15:16:23

sobereva 发表于 2022-9-15 05:00
光贴mdp没意义，和当前问题没有直接联系。甚至连结构文件都没提供
说清楚当前文件具体怎么来的，所有的相 ...

谢谢老师，我已经找到原因了。是我使用的力场是GROMOS96 54A7是联合原子力场，不表现非极性的氢。是我自己大意，准备的蛋白的gro文件居然不是该力场生成的，所以包含了非极性氢。在后面的模拟中（NVT NPT MD）阶段基本上都跑不动，报各种错误。

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[GROMACS] gmx模拟后发现部分氢原子飘离蛋白

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