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[GROMACS] 求助:初始速度选用随机速度时对均方位移曲线的影响

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楼主
如题,同一个体系选用随机速度计算两次,均方位移曲线会不会差距很大,感谢您的回复。

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喵星人

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发表于 Post on 2022-9-20 11:08:57 | 只看该作者 Only view this author
看什么体系,均匀液体的话跑的时间长点用最后一段轨迹去算应该区别不大

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-20 13:18:20 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2022-9-20 11:08
看什么体系,均匀液体的话跑的时间长点用最后一段轨迹去算应该区别不大

您好,我采用的是气体分子在聚乙烯中扩散的体系,发现每次计算差距就很大,请问能有什么方法控制吗?

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发表于 Post on 2022-9-21 05:53:00 | 只看该作者 Only view this author
差异大小和实际问题关系密切。诸如水盒子,不管跑多少次,MSD都近乎是理想的直线,因为水容易扩散,而且数目很多、统计误差小

对于你的情况,反复跑多次取平均减小统计误差
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 11:41:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-21 05:53
差异大小和实际问题关系密切。诸如水盒子,不管跑多少次,MSD都近乎是理想的直线,因为水容易扩散,而且数 ...

好的,谢谢

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