蛋白和配体模拟出现了几个问题恳请各位老师指点

Metformin · 发表于 Post on 2022-9-20 20:56:29

我安装了论坛里版主的gromacs的windows GPU版，安装官网的教程选择了我自己的一个对接结果比较好的蛋白和配体进行模拟，出现了两个问题
1.在最后运行时候提示我Multiple energy groups is not implemented for GPUs, falling back to the CPU. For better performance, run on the GPU without energy groups and then do gmx mdrun -rerun option on the trajectory with an energy group .tpr file.，之前在尝试使用desmond的时候也提示我没有可用GPU,这种情况应该如何解决？

2.我大概进行了2ns的模拟，但模拟结果蛋白和配体的距离很远完全没有结合的意思，是配体坐标设置有问题还是就是不能结合？

3.是否有方法可以用分子对接得到的复合物直接进行模拟？
感谢

Metformin · 发表于 Post on 2022-9-20 22:22:06

唔，第二个问题已经搞明白了，在上传ACPYPE获取小分子拓扑结构时，导出的分子坐标发生了变化，现在在想办法解决

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-21 05:42:19

1 mdp里定义能量组时没法用GPU跑mdrun。要么去掉能量组，要么用CPU跑

2 sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）比acpype强大、好用得多，而且不会自动改变里面的坐标

Acee · 发表于 Post on 2022-9-21 10:26:10

Metformin 发表于 2022-9-20 22:22
唔，第二个问题已经搞明白了，在上传ACPYPE获取小分子拓扑结构时，导出的分子坐标发生了变化，现在在想办法 ...

直接用gmx editconf 把对接后的pdb复合物中的小分子从pdb格式转成gro格式就是，犯不着用acpype上面的坐标

Metformin · 发表于 Post on 2022-9-21 13:41:20

sobereva 发表于 2022-9-21 05:42
1 mdp里定义能量组时没法用GPU跑mdrun。要么去掉能量组，要么用CPU跑

2 sobtop（http://sobereva.com/so ...

感谢版主，用GPU加速后计算速度能快出不少，关于第二个问题用sobtop切实解决了，而且我将ACPYPE生成的新PDB坐标修改成原PDB坐标后再用ACPYPE进行拓扑化，最后生成了正确坐标的文件，不知道是开始的小分子文件哪里有问题

Metformin · 发表于 Post on 2022-9-21 13:43:54

Acee 发表于 2022-9-21 10:26
直接用gmx editconf 把对接后的pdb复合物中的小分子从pdb格式转成gro格式就是，犯不着用acpype上面的坐标

感谢大佬，最后还是用版主的方法解决了，如果用您的方法，那需要怎样生成小分子的itp文件呢，如果不用，那怎样构建复合物的拓扑文件

Ryanchen · 发表于 Post on 2022-10-23 14:39:03

Metformin 发表于 2022-9-21 13:43
感谢大佬，最后还是用版主的方法解决了，如果用您的方法，那需要怎样生成小分子的itp文件呢，如果不用， ...

sobtop中input分子后输入1就会生成小分子的top与itp文件。

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