ZINC的天然产物3D分子库（mol2格式）

zsu007

我工作中需要大量天然产物的3D结构，从ZINC的天然产物下载了mol2格式的3D分子库。我整理了上传到云盘，链接：http://pan.baidu.com/s/1eRQrOGU 密码：8c0a；也可以复制以下地址通过迅雷直接下载！希望这些数据对虚拟筛选的人有所帮助，Have a fun!
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http://zinc.docking.org/db/byvendor/tcmnp/tcmnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/tcmnp/tcmnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/himnp/himnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/himnp/himnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/uefsnp/uefsnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/uefsnp/uefsnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/princetonnp/princetonnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/princetonnp/princetonnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/specsnp/specsnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/specsnp/specsnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/nubbenp/nubbenp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/nubbenp/nubbenp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/npactnp/npactnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/npactnp/npactnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/indofinenp/indofinenp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/indofinenp/indofinenp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/ibsnp/ibsnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/ibsnp/ibsnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/hitnp/hitnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/hitnp/hitnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/afronp/afronp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/afronp/afronp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/acdiscnp/acdiscnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/acdiscnp/acdiscnp_p1.0.mol2.gz
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zsu007

如何进行文件分割，请看帖子 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3220

北纬18°

这些3D结构是怎么确定的？是单晶吗？

zsu007

北纬18° 发表于 2016-5-10 18:02
这些3D结构是怎么确定的？是单晶吗？

这些3D结构是ZINC网站收集用软件生成的吧。具体的可以查看该网站的说明。
ZINC网站连接地址为：http://zinc.docking.org/

zsu007

zinc20出来了，网址是：http://zinc20.docking.org/

qinzhong605

zsu007 发表于 2020-12-7 21:04
zinc20出来了，网址是：http://zinc20.docking.org/

能分享一下百毒盘的链接吗，谢谢

akexanderkjj

zsu007 发表于 2016-5-10 09:37
如何进行文件分割，请看帖子 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3220

你好！网站失效了，请问还可以分享一下教程吗

racezero

请问大神还有天然产物的3D分子库吗？

zsu007

racezero 发表于 2023-11-24 11:14
请问大神还有天然产物的3D分子库吗？

链接: https://pan.baidu.com/s/17SdpTa-xnCTRO2gKC6Vzcw?pwd=dyns 提取码: dyns

racezero

zsu007 发表于 2023-11-25 10:42
链接: https://pan.baidu.com/s/17SdpTa-xnCTRO2gKC6Vzcw?pwd=dyns 提取码: dyns

非常感谢~

zsu007

ZINC-22出来了，网址是：https://cartblanche22.docking.org/

happyknighthawk

楼主好，想请教一下，你从Zinc上下载天然产物的结构是用的什么方法，我点击下载总是显示下载失败，非常感谢！

lifly

请问ZINC可以只检索天然产物或者内源性物质吗？我想搜索和某一个化合物结构类似的天然产物。请问ZINC可以做到吗或者有什么数据库推荐吗？我试了试COCONUT这种给出的结果好像不一定是天然产物，至少没有给出来源。

SiqiLee

尝试了去官网下载新的数据库，但是似乎是服务器出问题了？只能下载下来空文件夹现在

happyknighthawk

lifly 发表于 2024-1-19 14:56
请问ZINC可以只检索天然产物或者内源性物质吗？我想搜索和某一个化合物结构类似的天然产物。请问ZINC可以做 ...

SciFinder，Dictionary of Natural Products都可以，但是都是商业数据库