用AMBER跑MD，构建溶剂盒子时只有pdb文件，没有PRMTOP文件和INPCRD文件

哇卡卡卡卡卡

尊敬的各位老师好！我目前准备在显性溶剂模型下跑MD，用软件AMBER处理（creation of solvent box、equilibration，and propagation of trajectories）。溶剂是二氯甲烷，底物是金属卟啉。因为AMBER自带的溶剂库没有二氯甲烷，所以我查阅资料用packmol软件构建溶剂盒子，最后得到.pdb文件，用VMD打开是成功构建的。但是在equilibration这一步需要PRMTOP文件和INPCRD文件，但是不知道在哪里产生，用packmol软件构建的溶剂盒子只产生了一个.pdb文件，并没有PRMTOP文件和INPCRD文件,不知道是在构建盒子的时候加入什么关键词或者将.pdb文件转化为另两个文件，请各位老师指导！

rpestana94

You need the parameters for the dichloromethane, the frcmod and the prep file, and the dichloromethane alone as pdb or mol2, with that you can load your system with the box constructed with dichloromethane, with that in leap you can get the prmtop and inpcrd files for your system.

哇卡卡卡卡卡

rpestana94 发表于 2022-9-23 23:34
You need the parameters for the dichloromethane, the frcmod and the prep file, and the dichlorometha ...

好的，老师！也就是我先单独建一个二氯甲烷的溶剂盒子，对应的产生frcmod文件和mol2文件。但是不知道后面怎么将底物载入盒子里。我只知道水盒子就直接用tleap直接载入，水盒子是amber自带的，不知道自己建立的溶剂盒子怎么操作

rpestana94

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-9-23 20:39
好的，老师！也就是我先单独建一个二氯甲烷的溶剂盒子，对应的产生frcmod文件和mol2文件。但是不知道后面 ...

the pdb of the system that you load into leap needs to be the one with the substrate already in it, you can't (as far I know) try to use the solvate function from leap with your own solvent.

So put your substrate in the dichloromethane, you can use packmol to generate this pdb, and in leap upload the dichloromethane parameters, the substrate parameters and then upload the pdn of the whole system (substrate + dichloromethane)

哇卡卡卡卡卡

好的老师，就是溶剂和底物放在一起，搭建盒子。那我前面搭建成功后，得到pdb文件，我用antechamber命令，将pdb文件转化为mol2文件时出错。显示说什么金属原子，是不能用有金属吗，那有金属该怎么处理呢