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我首先在Chemdraw上画了平面结构(如图一),然后复制到Chem3D中,用MMFF94力场优化结构(力场各个选项均默认,直接Run的),并Save as成gjf格式文件。然后用GaussView打开并保存成mol2格式文件,通过http://sobereva.com/soft/Sobtop中例2的方法产生拓扑文件,然后打开时发生错误(如图二),请求大家及@sobereva 老师帮我看看怎么回事呀
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2.png
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图一
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1.png
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图二
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WW-S-SN38.gjf
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Chem3D导出的
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WW-S-SN38.mol2
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GaussView导出的
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WW-S-SN38.gro
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Sobtop产生的
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WW-S-SN38.itp
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Sobtop产生的
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WW-S-SN38.top
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Sobtop产生的
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