求助：跑MD时，溶剂跑开了，具体应该怎么加周期性限制条件

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2022-9-30 09:49:11

本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-10-1 10:54 编辑

我现在在显性溶剂下跑MD，将底物导入水盒子，在跑MD时，水分子都跑开了，网上查原因，说是要加周期性限制条件和NVT，加热最小化和平衡的in文件，不知道具体该怎么加，求指导！

plus · 发表于 Post on 2022-9-30 10:43:22

iwrap=1

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-9-30 16:08:26

As the other comment, use iwrap=1 or before visualizing your trajectory go to cpptraj and do autoimage over the trajectory, it looks like is a visualization problem rather than the periodic conditions.

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2022-10-1 10:54:06

rpestana94 发表于 2022-9-30 16:08
As the other comment, use iwrap=1 or before visualizing your trajectory go to cpptraj and do autoima ...

您好！我加了关键词iwrap=1，溶剂分子没有跑开，但是溶质跑到边上去了，想请教一下这个该怎么解决，我查手册，加关键词ntr=1，但是还是没有用，求指导！

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-10-2 00:51:58

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-9-30 21:54
您好！我加了关键词iwrap=1，溶剂分子没有跑开，但是溶质跑到边上去了，想请教一下这个该怎么解决，我查 ...

But this is not a problem is just the behavior of the system, if the box is large enough is fine

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-10-2 10:06:49

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-10-1 10:54
您好！我加了关键词iwrap=1，溶剂分子没有跑开，但是溶质跑到边上去了，想请教一下这个该怎么解决，我查 ...

这两者都不是体系的问题，只是周期性边界条件的问题，都可以通过cpptraj中的autoimage解决

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2022-10-2 20:28:33

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-2 10:06
这两者都不是体系的问题，只是周期性边界条件的问题，都可以通过cpptraj中的autoimage解决

好的好的，谢谢指导

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2022-10-2 20:29:24

rpestana94 发表于 2022-10-2 00:51
But this is not a problem is just the behavior of the system, if the box is large enough is fine

好的好的，谢谢指导

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