求助：npt模拟中初始压力波动极大，是否合理？

zypshine

大家好，我刚开始做分子动力学模拟，体系是乙醇溶液中的生物质低聚物，温度为473K，压力为2MPa。先做了NVT，用的是V-scale，温度波动正常。然后做了NPT，用了Berendsen，发现初始压力波动极大，平均压力为31.25bar。想请教下，
（1）这种极大的初始波动是否合理？由此计算出的平均压力是否可接受？
（2）为什么会产生这么大的波动？


Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Pressure                    31.2474         15    280.019   -86.3648  (bar)


npt.mdp设置如下：
; Run parameters
integrator  = md      
nsteps      = 500000   
dt          = 0.002   
; Output control
nstxout     = 500      
nstvout     = 500      
nstenergy   = 500     
nstlog      = 500      
; Bond parameters
continuation            = yes     
constraint_algorithm    = lincs   
constraints             = h-bonds
lincs_iter              = 1        
lincs_order             = 4      
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid   
nstlist         = 10      
rcoulomb        = 1.0     
rvdw            = 1.0     
; Electrostatics
coulombtype     = PME     
pme_order       = 4      
fourierspacing  = 0.16     
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale           
tc-grps     = system
tau_t       = 0.1         
ref_t       = 473        
; Pressure coupling is on
pcoupl              = Berendsen   
pcoupltype          = isotropic         
tau_p               = 2.0                  
ref_p               = 20.0                 
compressibility     = 4.5e-5              
refcoord_scaling    = com
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel     = no        

bobosiji

若问的是0ps左右的压强尖峰
（1）算平均压强应该舍弃这个尖峰，因为还没有平衡
（2）因为还没有平衡

zypshine

bobosiji 发表于 2022-10-1 16:23
若问的是0ps左右的压强尖峰
（1）算平均压强应该舍弃这个尖峰，因为还没有平衡
（2）因为还没有平衡

好的，谢谢