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[Gaussian/gview] ONIOM固定整个片段时遇到问题

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Gaussian 09中指出,固定原子时,
-1,  all atoms will be frozen;
ang other negative value, the atom is treated as part of a rigid fragment during the optimization.
我的问题是,如果在ONIOM中,我想把用QM处理的分子作为整体优化,其他MM处理的环境分子自由优化,该如何设定呢?
我把QM处理的分子坐标前的值改为-2,可结果出现101错误“only 1 rigid fragment with regular optimizer”,请问这个是什么意思?谢谢

部分输入文件如下:

# opt oniom (b3lyp/6-31+g(d):uff=qeq)=embed geom=connectivity
0 1 0 1 0 1
C-C_3            0   -0.93740000    0.11230000    2.34660000 L
C-C_3            0   -0.17250000    0.97290000    1.59360000 L
C-C_3            0    0.20720000    0.62660000    0.26480000 L

......


H-H_             0   10.97540000    8.56980000    3.19080000 L
C-C_3           -2    8.21660000    9.02180000    4.79020000 H
C-C_3           -2    7.45170000    9.88250000    5.54310000 H
C-C_3           -2    7.07200000    9.53620000    6.87190000 H
C-C_3           -2    6.28580000   10.40690000    7.67620000 H
C-C_3           -2    8.63050000    7.77740000    5.32040000 H
H-H_            -2    8.46580000    9.24930000    3.94590000 H
H-H_            -2    7.15250000   10.73130000    5.19120000 H
H-H_            -2    6.01080000   11.21590000    7.31730000 H
H-H_            -2    9.14710000    7.17750000    4.78940000 H
C-C_3           -2    7.48650000    8.28290000    7.40150000 H
C-C_3           -2    5.92790000   10.04170000    8.95300000 H
C-C_3           -2    8.27270000    7.41220000    6.59720000 H
C-C_3           -2    7.10670000    7.93660000    8.73030000 H
C-C_3           -2    6.34190000    8.79730000    9.48330000 H
H-H_            -2    5.41140000   10.64160000    9.48400000 H
H-H_            -2    8.54760000    6.60320000    6.95620000 H
H-H_            -2    7.40600000    7.08780000    9.08220000 H
H-H_            -2    6.09260000    8.56980000   10.32750000 H
C-C_3            0    3.33380000    9.02180000   11.92690000 L
C-C_3            0    2.56900000    9.88250000   12.67980000 L
C-C_3            0    2.18920000    9.53620000   14.00870000 L





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发表于 Post on 2016-5-15 19:26:05 | 只看该作者 Only view this author
你的描述比较奇怪
没有什么“整体优化”和“自由优化”之分
如果你让优化时候QM区域作为刚性片段,就只让程序优化MM部分就完了,此时把high层原子后面都设-1。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-15 21:50:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-15 19:26
你的描述比较奇怪
没有什么“整体优化”和“自由优化”之分
如果你让优化时候QM区域作为刚性片段,就只让 ...

嗯,我是想让QM区域作为刚性片段,只优化MM部分,但如果给H层原子设为-1时,就会出现101错误“all variables have been frozen”, 那想实现上面的优化该如何呢?

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发表于 Post on 2016-5-15 23:53:28 | 只看该作者 Only view this author
lp2014 发表于 2016-5-15 21:50
嗯,我是想让QM区域作为刚性片段,只优化MM部分,但如果给H层原子设为-1时,就会出现101错误“all variab ...


H原子设-1,L原子设0,应该不会有这种提示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-16 09:02:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-15 23:53
H原子设-1,L原子设0,应该不会有这种提示

我的计算过程确实出现了这样的问题,附件是输入文件及结果文件,请帮我看下是哪里设置出错了吗?谢谢 NA06-0opt.gjf (105.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 23) NA06-0opt.log (85.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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发表于 Post on 2016-5-16 11:25:58 | 只看该作者 Only view this author
lp2014 发表于 2016-5-16 09:02
我的计算过程确实出现了这样的问题,附件是输入文件及结果文件,请帮我看下是哪里设置出错了吗?谢谢

去掉modredundant
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-16 17:08:38 | 只看该作者 Only view this author

去掉还是出现相同的错误,老师

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发表于 Post on 2016-5-16 17:31:34 | 只看该作者 Only view this author
lp2014 发表于 2016-5-16 17:08
去掉还是出现相同的错误,老师

把去掉后的输入输出文件传上来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-16 19:26:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-16 17:31
把去掉后的输入输出文件传上来

去掉opt=modredundant的结果文件 NA06-0opt.log (85.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2016-5-16 21:17:00 | 只看该作者 Only view this author
看了你的片段设定,这种情况优化,用ONIOM已经没有任何意义,直接全用UFF优化,只冻中间那个分子就完了。
要不然优化model部分时,而这部分原子又都用-1冻了,程序没法进行。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-18 09:16:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-16 21:17
看了你的片段设定,这种情况优化,用ONIOM已经没有任何意义,直接全用UFF优化,只冻中间那个分子就完了。
...

嗯,谢谢,其实我之所以这样固定是因为在帖子“用oniom计算重组能(考虑外重组能)的情况”中对绿色画线部分“the coordinates of che charged molecule are kept frozen to evaluate only the external component of the reorganization energy”的理解,因为需要与其他计算的能量值差减,所以如果不用ONIOM方法的话,用uff计算的能量值不在一个量级(参考点)上,有时间的话可以帮我看下“用oniom计算重组能(考虑外重组能)的情况”中的问题吗?谢谢

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发表于 Post on 2016-5-18 10:52:29 | 只看该作者 Only view this author
lp2014 发表于 2016-5-18 09:16
嗯,谢谢,其实我之所以这样固定是因为在帖子“用oniom计算重组能(考虑外重组能)的情况”中对绿色画线 ...


不用管ONIOM。这一步你就用UFF优化整体,其中中心的那个分子用-1冻住,看优化前后体系总能量变了多少就完了。
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