如何解释复合物轨迹中RMSD的突变现象

yangzaia · 发表于 Post on 2022-10-13 20:11:43

如图，我想计算1+2复合物的RMSD，所以在处理pbc最终选择了gmx trjconv+cluster使得1+2复合物的完整，但是观察轨迹和RMSD还是出现了突变现象，请问这种情况我应该怎么解释呢

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-10-13 20:39:42

应该只是周期性边界条件没处理好，把这个轨迹再用gmx trjconv -pbc nojump处理一下应该就好了

yangzaia · 发表于 Post on 2022-10-14 11:05:14

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-13 20:39
应该只是周期性边界条件没处理好，把这个轨迹再用gmx trjconv -pbc nojump处理一下应该就好了

已经试过了，的确再用nojump处理之后就好多了，谢谢啦

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[GROMACS] 如何解释复合物轨迹中RMSD的突变现象