如何用Gaussian进行碳同位素设置

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-10-15 20:16:37

大家好，我是计算化学方面的新手，最近老师想让我用13C和12C同位素组成的六元环烃类分别进行计算，从而判断一下碳同位素的不同对能垒的变化；但是我不知道在哪里可以对碳同位素进行设置，谢谢大家帮忙解答！

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-15 20:20:07

C默认是12C，写成C(iso=13)就行了
注意同位素影响热力学量，但不影响电子能量，应当用自由能求差得到自由能垒

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-10-15 20:28:24

sobereva 发表于 2022-10-15 20:20
C默认是12C，写成C(iso=13)就行了
注意同位素影响热力学量，但不影响电子能量，应当用自由能求差得到自由 ...

请问比如输入文件如下，是需要在每一个C坐标的后面都需要写上C（iso=13）吗？
还是要在建立方法的时候，下面的备注写上C（iso=13）,
谢谢解答
# opt=calcfc freq 6-311g(d) geom=connectivity m062x

Title Card Required

0 1
C                -3.12494700 1.00839400 0.00000900
C                -2.63727400 -0.28006500 -0.00002900
C                -1.23025800 -0.48729500 0.00000700
C                -0.34615600 0.61988500 0.00002900
C                -0.89562700 1.91976300 0.00009400
C                -2.25584100 2.10963900 0.00009000
C                -0.68536200 -1.81799700 0.00004600
C                1.09177800 0.38751900 0.00000000
C                1.57783700 -0.94094100 0.00005000
C                0.64925800 -2.03297500 0.00009100
C                2.96786500 -1.18186200 0.00004800
H                3.31725800 -2.20955200 0.00009500
C                3.86502000 -0.14179200 -0.00002300
C                3.39001400 1.18000600 -0.00010700
C                2.03788900 1.43561500 -0.00009700
H                -1.36171900 -2.66416700 0.00006700

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-10-15 20:42:07

sobereva 发表于 2022-10-15 20:20
C默认是12C，写成C(iso=13)就行了
注意同位素影响热力学量，但不影响电子能量，应当用自由能求差得到自由 ...

您好，请问我把C(iso=13)写在方法那两行可以么？  谢谢解答

# opt=calcfc freq 6-311g(d) scrf=(smd,solvent=water) geom=connectivity
m062x c(iso=13)

Title Card Required

0 1
C                7.73662332 1.76014924 0.00000000
C                7.73643738 0.35874925 0.00000000
C                6.52269643 -0.34178972 0.00000000
C                5.30969921 4.56327127 0.00000000
C                6.52325424 3.86241025 0.00000000
C                6.52306830 2.46101026 0.00000000
C                0.45510725 4.56391537 0.00000000
C                -0.75863371 3.86337640 0.00000000
C                -0.75881964 2.46197641 0.00000000
C                4.09595826 3.86273230 0.00000000
C                2.88240323 4.56359332 0.00000000
C                1.66866228 3.86305435 0.00000000
C                4.09540045 -0.34146766 0.00000000
C                5.30914140 0.35907130 0.00000000
C                5.30932734 1.76047129 0.00000000

snljty2 · 发表于 Post on 2022-10-15 20:47:37

Yuqibai 发表于 2022-10-15 20:42
您好，请问我把C(iso=13)写在方法那两行可以么？谢谢解答

# opt=calcfc freq 6-311g(d) scrf=(smd,s ...

为什么不看手册呢？
https://gaussian.com/isotopes/

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-10-16 12:34:54

snljty2 发表于 2022-10-15 20:47
为什么不看手册呢？
https://gaussian.com/isotopes/

好的谢谢

火星哥 · 发表于 Post on 2024-10-2 17:04:58

sobereva 发表于 2022-10-15 20:20
C默认是12C，写成C(iso=13)就行了
注意同位素影响热力学量，但不影响电子能量，应当用自由能求差得到自由 ...

老师，是不是在实际的同位素体系中，我们仍可以用高精度单点+G热力学值算自由能的值呀？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-3 01:03:23

火星哥发表于 2024-10-2 17:04
老师，是不是在实际的同位素体系中，我们仍可以用高精度单点+G热力学值算自由能的值呀？

是高精度单点能+自由能热校正量
实际是什么同位素，自由能热校正量就在什么同位素设定下计算

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