CP2K计算配位数如何区分不同配体的氧原子

chands

各位老师，

体系是H2O-乙醇混合溶液，设置两个collective variable计算中心离子与H2O以及乙醇的配位数。这两种配位理论上都是氧配位，但是我想把H2O的氧和乙醇的氧区分开来，基

1. &COLVAR
   
2.       &COORDINATION
   
3.             KINDS_FROM Na
   
4.             KINDS_TO O #这里是H2O的氧               
   
5.             R0  4
   
6.             NN  6
   
7.             ND  12
   
8.       &END COORDINATION
   
9.     &END COLVAR
   
10.    &COLVAR
    
11.       &COORDINATION
    
12.             KINDS_FROM Na
    
13.             KINDS_TO O #这里是乙醇的氧               
    
14.             R0  4
    
15.             NN  6
    
16.             ND  12
    
17.       &END COORDINATION
    
18.     &END COLVAR
    

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试过几种方法，如果KINDS_TO哪一行用原子序号表示

1. &COLVAR
   
2.       &COORDINATION
   
3.             KINDS_FROM Na
   
4.             ATOMS_TO x x x  #这里是H2O的氧的序号
   
5.             R0 4
   
6.             NN 6
   
7.             ND 12
   
8.       &END COORDINATION
   
9. &END COLVAR
   
10. &COLVAR
    
11.       &COORDINATION
    
12.             KINDS_FROM Na
    
13.             ATOMS_TO x x x x  #这里是乙醇氧的序号
    
14.             R0 4
    
15.             NN 6
    
16.             ND 12
    
17.       &END COORDINATION
    
18. &END COLVAR

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程序能正确运行。但是我有N多乙醇分子N多N多H2O分子，这样写起来很麻烦。如果我在坐标里用X代表H2O的氧原子，乙醇的氧还是用O表示

1. &COORD
   
2.       X ...  #H2O的氧原子
   
3.       O ...  #乙醇的氧原子
   
4. &END COORD
   
5. &KIND X
   
6.       ELEMENT O
   
7. &END KIND
   
8. &COLVAR
   
9.       &COORDINATION
   
10.             KINDS_FROM Na
    
11.             KINDS_TO O  #这里本意是只数乙醇的氧，不数H2O的氧。
    
12.             R0 4
    
13.             NN 6
    
14.             ND 12
    
15.       &END COORDINATION
    
16. &END COLVAR

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结果发现KINDS_TO O眉毛胡子一把抓，核桃栗子一起数，把H2O和乙醇的氧都数了。如果把KINDS_TO O改成KINDS_TO X则报错。

请问是否有简单的写法能区分两个配体的氧原子，不用把这么多原子序号都写上？

planet5460

可以在基组那里定义，把水的O定义成O_H2O，乙醇的O不变。

chands

planet5460 发表于 2023-2-22 10:41
可以在基组那里定义，把水的O定义成O_H2O，乙醇的O不变。

谢谢，我试试。