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楼主 Author: hellockh
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[Gaussian/gview] 出现Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.错误

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发表于 Post on 2017-7-27 16:40:13 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在做IRC运行时,刚运行就出现了error termination in ntrerr: ntrerr called from fileio的问题,输出文件如下:
Entering Link 1 = C:\G09W\l1.exe PID=      6092.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision A.02,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.

******************************************
Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
                27-Jul-2017
******************************************
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\RT-IM TS1 OPT FRE IRC.chk
----------------------------------------------------------------------
# irc=calcfc b3lyp/6-31++g(d,p) scrf=check guess=tcheck geom=(connecti
vity,allcheck) genchk
----------------------------------------------------------------------
1/10=4,14=-1,18=20,26=3,29=7,38=1,40=1,44=3,57=2/1,23;
2/9=110,12=2,29=1,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1111,11=2,14=-4,16=1,25=1,30=1,70=2,71=2,74=-5,116=-2/1,2,3;
4/5=101/1;
5/5=2/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1,7=6,13=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/10=1,18=20,25=1/1,2,3,16;
1/10=4,14=-1,18=20,44=3/23(3);
2/9=110,29=1/2;
7/9=1,25=1,44=-1/16;
99//99;
2/9=110,29=1/2;
3/5=1,6=6,7=1111,11=2,14=-2,16=1,25=1,30=1,70=5,71=2,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1,7=6,13=1/2;
7/10=1,18=20,25=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,44=3/23(-8);
2/9=110,29=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
7/9=1,25=1,44=-1/16;
99/9=1/99;
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=          50 IPos=           2 Q=         13505360


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    14 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =      622080 FType=2 FMxFil=10000

Number           0        501        502        598        989        991        992        993
Base         96256      23552      41472      44032      24576      37888      37376      23040
End         622080      24552      43525      44035      37076      41169      37381      23140
End1        622080      24576      44032      44544      37376      41472      37888      23552
Wr Pntr      96256      23552      41472      44032      24576      37888      37376      23040
Rd Pntr      96256      23552      41472      44032      24576      41169      37381      23140
Length      525824       1000       2053          3      12500       3281          5        100

Number         994        995        996        997        998        999
Base         20480      22528      21504      22016      20992      44544
End          20510      22538      21604      22071      21192      95796
End1         20992      23040      22016      22528      21504      96256
Wr Pntr      20480      22528      21504      22016      20992      44544
Rd Pntr      20510      22538      21604      22069      21192      45796
Length          30         10        100         55        200      51252


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         20480
End          67072
End1         67072
Wr Pntr      20480
Rd Pntr      20480
Length       46592


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         20480
End          67072
End1         67072
Wr Pntr      20480
Rd Pntr      20480
Length       46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
请问老师,这个问题出在哪里?

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发表于 Post on 2017-7-28 09:03:49 | 只看该作者 Only view this author
Faye 发表于 2017-7-27 16:40
老师,我在做IRC运行时,刚运行就出现了error termination in ntrerr: ntrerr called from fileio的问题, ...

别从chk读信息,或者确保%chk指定的文件确实已经存在。另外路径里不要带空格
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-6-26 21:36:53 | 只看该作者 Only view this author
社长大人,我也出现了类似错误。输入:
#P B3LYP/6-311+G** em=GD3 opt freq=raman scrf=SMD  114个原子(两个分子的络合),几何优化了五步之后报错。输出文件的结尾部分: Number            670           672           674           695           698           701
Base          4828704      11699644      11700007       5074418      11701563      11702247
End           4837090      11700007      11700821       5077980      11702247      12171476
End1          4837090      11700007      11700821       5077980      11702247      12171476
Wr Pntr       4828704      11699644      11700007       5074418      11701563      11702247
Rd Pntr       4837090      11699644      11700007       5074418      11701563      11702247
Length           8386           363           814          3562           684        469229

Number            710           711           780           989           993           997
Base          5701697      10500602       5707005       5077980       5090480       5090580
End           5706970      11238802       8111801       5090480       5090580       5092232
End1          5706970      11238802       8111801       5090480       5090580       5092232
Wr Pntr       5701697      10500602       5707005       5077980       5090480       5090580
Rd Pntr       5701697      10500602       8111801       5077980       5090480       5090580
Length           5273        738200       2404796         12500           100          1652

Number            998
Base            20495
End             20695
End1            20695
Wr Pntr         20495
Rd Pntr         20695
Length            200


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            20480
End             67072
End1            67072
Wr Pntr         20480
Rd Pntr         20480
Length          46592
Error termination in NtrErr:    我也往前翻了,中间过程没有提示错误。  请社长大人指教!

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发表于 Post on 2018-7-2 17:33:32 | 只看该作者 Only view this author
我将软件从D.01换到C.01,就没有再出现如题所述的报错

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发表于 Post on 2018-11-19 21:00:33 | 只看该作者 Only view this author
老师,同遇到类似的问题,对有机分子结构进行优化用于动力学,初学都还不太懂
请问下老师我的这个可以怎么解决呢?
out文件:
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/gromacs/wyt/scratch/Gau-17488.inp
In source file ml0.f, at line number 195
  ---trace back not available
Error: segmentation violation.
rax.......rbx........
r15......
  ---traceback not available

Log文件:
(...)
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=      212982 IPos=           0 Q=   47864166835528
(...)
Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.

输入文件的开头是:
%nprocshared=16
%mem=30GB
%chk=1_para_H.chk
# opt b3lyp/6-31+g geom=connectivity iop(6/33=2,6/41=10,6/42=17) pop=mk
...

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36#
发表于 Post on 2018-11-20 11:27:50 | 只看该作者 Only view this author
lucies123 发表于 2018-11-19 21:00
老师,同遇到类似的问题,对有机分子结构进行优化用于动力学,初学都还不太懂
请问下老师我的这个 ...

别写一堆乱七八糟关键词,基组用得完全不靠谱
怎么算RESP电荷在这里写得极其清楚
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441
先用像样的级别做几何优化,再把fch文件弄到Multiwfn里算RESP电荷
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-11-29 21:44:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-20 11:27
别写一堆乱七八糟关键词,基组用得完全不靠谱
怎么算RESP电荷在这里写得极其清楚
RESP拟合静电势电荷的 ...

谢谢sob老师,刚开始就是照葫芦画瓢照搬师兄的gjf文件,画得四不像了:(  其实对基组啥的都还不了解,先去补补基础知识

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发表于 Post on 2020-11-19 18:35:19 | 只看该作者 Only view this author
我新安装了g09 e.01也遇到了这个问题,提交了只读取了方法基组,不做任何计算就出现错误,log中就是题目中红色标注的:Operation on file out of range.和Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.
segmentation violation。
ssh界面出现的是:
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000751190, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000007c4b, rsp 00007ffe7ebc0a88, rbp 00007ffe7ebc0ab0
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000007c4b, r8  00002b32bad012c0
   r9  0000000000000000, r10 00007ffe7ebc04e0, r11 0000000000000206
   r12 00007ffe7ebc2c70, r13 00007ffe7ebc0ce0, r14 00007ffe7ebc0ce8
   r15 00007ffe7ebcceb0
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf630) [0x2b32baeef630]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b32bb434657]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x49c797]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x4b47b0]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x4abef3]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x40635e]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x403bc1]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x40365c]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x4035dd]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b32bb420555]
  /home/qq/g09/l1.exe() [0x4034d9]
感觉大家都出类似的问题,搜来搜去没解决。后来我把文件夹下之前g03计算的.chk文件删掉,同一个gjf再用g09算就可以算了...
这个回帖作为参考吧

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