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[Gaussian/gview] 出现Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.错误

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楼主


在做scan的时候算到18步就一直出现Error termination in NtrErr:NtrErr Called from FileIO. 错误,提取结构再算也不行,在网上查了,说可能是磁盘空间不足,然后把scratch里边的东西删掉了也不行,出错的部分如下:
Rotational constants (GHZ):      0.2228569      0.1970274      0.1272952
Standard basis: 6-31+G(d) (6D, 7F)
There are   494 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   494 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   494 basis functions,   844 primitive gaussians,   494 cartesian basis functions
    85 alpha electrons       85 beta electrons
       nuclear repulsion energy      1897.0962147266 Hartrees.
NAtoms=   43 NActive=   43 NUniq=   43 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   494 RedAO= T EigKep=  1.13D-06  NBF=   494
NBsUse=   493 1.00D-06 EigRej=  9.15D-08 NBFU=   493
Lowest energy guess from the checkpoint file:  "rawC-scan-1.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.998896    0.008834    0.003058   -0.046031 Ang=   5.38 deg.
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.951332   -0.053592   -0.031752    0.301806 Ang= -35.90 deg.
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=      243542 IPos=           0 Q=   46912509846856




dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    83 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =    27250176 FType=2 FMxFil=10000


Number              0             0             0             0             0             0
Base         12418969      12426240      10589696      10218496      12293632      10341376
End          12419072      12541440      10706944      10219008      12296704      10345472
End1         12419072      12541440      10706944      10219008      12296704      10345472
Wr Pntr      12418969      12424963      10589184      10218496      12293632      10341376
Rd Pntr      12418969      12424963      10589184      10218496      12293632      10341376
Length            103        115200        117248           512          3072          4096


Number              0             0             0             0             0             0
Base          8604160        182784       9827840      12420096      13402112      23677706
End           8605184        183808       9828352      12425216      23429584      27250176
End1          8605184        183808       9828352      12425216      23429584      27250176
Wr Pntr       8604160        182784       9827840      12422144      13645654      23677706
Rd Pntr       8604160        182784       9827840      12422144      13444102      23677706
Length           1024          1024           512          5120      10027472       3572470


Number            501           502           503           505           508           511
Base            43520       8588288        180224        335872       8605184        282624
End             44520       8593134        180612        456872       8605214        308051
End1            44544       8593408        180736        457216       8605696        308224
Wr Pntr         43520       8588288        180224        335872       8605184        282624
Rd Pntr         43520       8588288        180224        335872       8605184        282624
Length           1000          4846           388        121000            30         25427


Number            514           515           516           517           518           520
Base          9462272       8972800       8605696      10195968       9828864       8603648
End           9584537       9461860       8972491      10217210      10195659       8603658
End1          9584640       9462272       8972800      10217472      10195968       8604160
Wr Pntr       9462272       8972800       8605696      10195968       9828864       8603648
Rd Pntr       9584537       8972800       8605696      10195968       9828864       8603648
Length         122265        489060        366795         21242        366795            10


Number            521           522           523           524           526           528
Base          8584192      12425216      10217472      10345984       9584640      10706944
End           8584227      12425709      10218458      10589526       9827688      10829209
End1          8584704      12425728      10218496      10589696       9827840      10829312
Wr Pntr       8584192      12425708      10217472      10589526       9584640      10706944
Rd Pntr       8584192      12425216      10217472      10589526       9584640      10706944
Length             35           493           986        243542        243048        122265


Number            530           532           534           536           538           550
Base         10219008      10829312      11195392      11317760      11440128        308224
End          10341273      10951577      11317657      11440025      11562393        335451
End1         10341376      10951680      11317760      11440128      11562496        335872
Wr Pntr      10219008      10829312      11195392      11440025      11562393        308224
Rd Pntr      10219008      10829312      11195392      11317760      11440128        308224
Length         122265        122265        122265        122265        122265         27227


Number            551           552           559           561           562           563
Base          8582144       8581120         74752       8582656       8574464      10345472
End           8582182       8581156         74754       8582657       8580985      10345966
End1          8582656       8581632         75264       8583168       8581120      10345984
Wr Pntr       8582144       8581120         74752       8582656       8574464      10345472
Rd Pntr       8582182       8581120         74752       8582656       8580985      10345472
Length             38            36             2             1          6521           494


Number            565           571           575           577           579           580
Base            76288      12296704        185344         75776       8581632         72192
End             76446      12418969        282425         75828       8581675         73180
End1            76800      12418969        282624         76288       8582144         73216
Wr Pntr         76288      12296704        185344         75776       8581632         72192
Rd Pntr         76288      12296704        185344         75828       8581632         72192
Length            158        122265         97081            52            43           988


Number            581           582           583           584           598           603
Base            73216       8593408         75264       8594944         76800      12419072
End             74276       8594890         75308       8595202         76802      12419073
End1            74752       8594944         75776       8595456         77312      12419584
Wr Pntr         73216       8593408         75264       8594944         76800      12419072
Rd Pntr         73216       8593408         75264       8594944         76800      12419072
Length           1060          1482            44           258             2             1


Number            605           606           619           634           665           670
Base         12419584      12425728       8595456      23429584        180736       8584704
End          12419585      12426221       8601701      23677706        182756       8587930
End1         12420096      12426240       8602112      23677706        182784       8588288
Wr Pntr      12419584      12426221       8595456      23429584        180736       8584704
Rd Pntr      12419584      12425728       8595456      23429584        180736       8587930
Length              1           493          6245        248122          2020          3226


Number            672           674           685           695           698           701
Base            41984        183808      10951680       8602112       8583680        457216
End             42347        184227      11195222       8603473       8583938       8574025
End1            42496        184320      11195392       8603648       8584192       8574464
Wr Pntr         41984        183808      10951680       8602112       8583680        457216
Rd Pntr         41984        183808      11195222       8602112       8583680        457216
Length            363           419        243542          1361           258       8116809


Number            729           742           761           783           989           991
Base         11562496       9828352       8583168      12541440         44544         65536
End          12293122       9828384       8583169      12670816         64544         72098
End1         12293632       9828864       8583680      12670976         65024         72192
Wr Pntr      11562496       9828352       8583168      12541440         44544         65536
Rd Pntr      11562496       9828352       8583168      12541440         44544         72098
Length         730626            32             1        129376         20000          6562


Number            992           993           994           995           996           997
Base            65024         43008         40448         42496         41472        184320
End             65033         43208         40478         42516         41672        185168
End1            65536         43520         40960         43008         41984        185344
Wr Pntr         65024         43008         40448         42496         41472        184320
Rd Pntr         65033         43208         40478         42516         41672        185168
Length              9           200            30            20           200           848


Number            998           999          2551          2556          9999
Base            40960         77312      12670976      12914688      13158400
End             41160        179816      12914518      13158230      13401942
End1            41472        180224      12914688      13158400      13402112
Wr Pntr         40960         77312      12914518      13158230      13401942
Rd Pntr         41160         79816      12914518      13158230      13401942
Length            200        102504        243542        243542        243542




dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    52 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =    10321920 FType=2 FMxFil=10000


Number              0             0             0             0           501           502
Base           289786       1304868       1312101      10321822        534812        535812
End            290282       1305856       1434411      10321920        535812        540658
End1           290282       1305856       1434411      10321920        535812        540658
Wr Pntr        289786       1304868       1312101      10321822        534812        535812
Rd Pntr        289786       1304868       1312101      10321822        534812        535812
Length            496           988        122310            98          1000          4846


Number            503           505           508           511           520           521
Base          1435193        600572         40448        543884        721572        818737
End           1435581        721572         40478        569311        721582        818772
End1          1435581        721572         40478        569311        721582        818772
Wr Pntr       1435193        600572         40448        543884        721572        818737
Rd Pntr       1435193        600572         40448        543884        721572        818737
Length            388        121000            30         25427            10            35


Number            522           524           526           528           530           532
Base            40678        818772       1061820       9553679       9675944       9798209
End             41662       1061820       1304868       9675944       9798209       9920474
End1            41662       1061820       1304868       9675944       9798209       9920474
Wr Pntr         40678        818772       1061820       9553679       9675944       9798209
Rd Pntr         41662        818772       1061820       9553679       9675944       9798209
Length            984        243048        243048        122265        122265        122265


Number            534           536           538           550           551           552
Base          9920474        290282        412547      10042739        721618        721582
End          10042739        412547        534812      10069966        721656        721618
End1         10042739        412547        534812      10069966        721656        721618
Wr Pntr       9920474        290282        412547      10042739        721618        721582
Rd Pntr       9920474        412547        534812      10042739        721618        721582
Length         122265        122265        122265         27227            38            36


Number            561           562           563           565           575           577
Base           593998        593999      10069966      10070460        721656        600520
End            593999        600520      10070460      10070618        818737        600572
End1           593999        600520      10070460      10070618        818737        600572
Wr Pntr        593998        593999      10069966      10070460        721656        600520
Rd Pntr        593998        593999      10069966      10070460        721656        600520
Length              1          6521           494           158         97081            52


Number            579           580           581           582           583           584
Base          9552648       9552691      10070618      10071678      10073160        571331
End           9552691       9553679      10071678      10073160      10073204        571589
End1          9552691       9553679      10071678      10073160      10073204        571589
Wr Pntr       9552648       9552691      10070618      10071678      10073160        571331
Rd Pntr       9552648       9552691      10070618      10071678      10073160        571331
Length             43           988          1060          1482            44           258


Number            603           605           619           634           665           670
Base           289785        289784       1305856         41662        569311        540658
End            289786        289785       1312101        289784        571331        543884
End1           289786        289785       1312101        289784        571331        543884
Wr Pntr        289785        289784       1305856         41662        569311        540658
Rd Pntr        289785        289784       1305856        289784        569311        543884
Length              1             1          6245        248122          2020          3226


Number            672           674           695           698           701           780
Base          1434411       1434774        571589       1435581       1435839      10073204
End           1434774       1435193        572950       1435839       9552648      10321822
End1          1434774       1435193        572950       1435839       9552648      10321822
Wr Pntr       1434411       1434774        571589       1435581       1435839      10073204
Rd Pntr       1434411       1434774        571589       1435581       1435839      10321822
Length            363           419          1361           258       8116809        248618


Number            989           993           997           998
Base           572950        592950        593150         40478
End            592950        593150        593998         40678
End1           592950        593150        593998         40678
Wr Pntr        572950        592950        593150         40478
Rd Pntr        572950        592950        593150         40678
Length          20000           200           848           200




dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000


Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

输入文件的开头如下:
%chk=rawC-scan-1.chk
%mem=16GB
%nprocshared=16
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d) MaxDisk=60GB geom=connectivity

没有加MaxDisk=60GB 的也试过,都不行
之前计算的时候也出现过这样的错误,然后再接着算就没问题了,感觉是稀里糊涂的就好了,这次试了很多方法都不好,希望大家不吝赐教,谢谢!

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发表于 Post on 2016-5-18 10:34:54 | 只看该作者 Only view this author
如果用的是高斯老版本,换成D.01再试。主要是bug所致。

maxdisk和这个没关系,而且DFT优化本身就不怎么耗硬盘。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-18 11:15:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-18 10:34
如果用的是高斯老版本,换成D.01再试。主要是bug所致。

maxdisk和这个没关系,而且DFT优化本身就不怎么 ...

老师您好,我用的就是D.01的版本

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-18 11:19:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-18 10:34
如果用的是高斯老版本,换成D.01再试。主要是bug所致。

maxdisk和这个没关系,而且DFT优化本身就不怎么 ...

这样还有什么办法可以继续计算吗?

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发表于 Post on 2016-5-18 12:46:27 | 只看该作者 Only view this author
续算够呛
总共扫多少步?如果只剩几个点了,索性自己用限制性优化来完成。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-18 13:35:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-18 12:46
续算够呛
总共扫多少步?如果只剩几个点了,索性自己用限制性优化来完成。

总共有100步,才走了18步。。。
限制性优化是加什么关键字啊?tight吗?

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发表于 Post on 2016-5-18 21:06:56 | 只看该作者 Only view this author
hellockh 发表于 2016-5-18 13:35
总共有100步,才走了18步。。。
限制性优化是加什么关键字啊?tight吗?


tight设的是收敛限,和限制性优化有什么关系
opt=modredundant,看手册里opt当中的介绍,用F来冻结变量。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-19 12:42:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-18 21:06
tight设的是收敛限,和限制性优化有什么关系
opt=modredundant,看手册里opt当中的介绍,用F来冻结变 ...

好的,谢谢老师~

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发表于 Post on 2016-7-6 09:44:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 whtu 于 2016-7-6 09:46 编辑
sobereva 发表于 2016-5-18 21:06
tight设的是收敛限,和限制性优化有什么关系
opt=modredundant,看手册里opt当中的介绍,用F来冻结变 ...

老师,我也遇到同样的问题。
我先进行气相优化,能够收敛无虚频,输入文件如下:
%chk=cation049.chk
%nprocshared=24
%mem=60GB
# opt freq b3lyp/6-311+g(d)

cation

1 1
C                 -2.52763956    1.81025405   -1.74408172
C                 -1.13490024    1.95969013   -1.70086124
C                 -0.57152816    3.23199868   -1.53423351
C                 -1.40089539    4.35487114   -1.41082612
C                 -2.79363476    4.20543470   -1.45404368
C                 -3.35700683    2.93312627   -1.62067237
C                 -0.22350767    0.72576411   -1.83647164
N                  0.04196103    0.16388908   -0.50428440
C                  0.09518442    0.92155740    0.75090662
C                  0.36222680    0.03761646    1.72914548
N                  0.47792743   -1.27920779    1.09276061
C                  0.27725729   -1.13251331   -0.22992863
C                  0.31152077   -2.27018901   -1.26729068
C                  0.76458869   -2.54494311    1.78315134
C                  2.28735665   -2.76930510    1.83254126
C                  2.58766855   -4.09531346    2.55580779
H                  2.74985641   -1.96205226    2.36106449
H                 -0.05049365    1.97530949    0.86616478
H                  0.46966427    0.25354007    2.77161092
H                  0.37771956   -2.50311997    2.77988757
H                  0.30208897   -3.35219591    1.25462803
H                  2.67422571   -2.81112830    0.83580502
H                 -0.70756255   -0.01013853   -2.44395677
H                  0.70055520    1.01331242   -2.29289662
H                  0.64026269   -1.88399224   -2.20945883
H                  0.98712386   -3.03214147   -0.93882616
H                 -0.66901776   -2.68489629   -1.37435160
H                 -2.95778669    0.83881798   -1.87130371
H                 -4.42039426    2.81902816   -1.65366931
H                 -3.42687513    5.06277226   -1.35981548
H                 -0.97074828    5.32630713   -1.28360364
H                  0.49185921    3.34609646   -1.50123385
C                  4.11043650   -4.31967552    2.60519754
H                  2.20079959   -4.05349021    3.55254406
H                  2.12516870   -4.90256627    2.02728461
H                  4.31909481   -5.24099303    3.10772689
H                  4.49730544   -4.36149876    1.60846125
H                  4.57293634   -3.51242269    3.13372070

然后就读取优化后的构型,进行cosmo模型下的优化,想生成cosmo文件,输入文件如下:

%nprocshared=24
%mem=60GB
%chk=cation049
#p opt b3lyp/6-311+g(d) int=ultrafine geom=allcheck guess=read scrf=cosmo

--Link1--
%chk=cation049
#p b3lyp/6-311+g(d) int=ultrafine geom=allcheck guess=read scrf=cosmors

cation049.cosmo

到这一步就出现了像楼主这样的提示错误:
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=      190969 IPos=           0 Q=   47116836275528



dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    88 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =    24407040 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base          7460235      16588569       9679872       9118720       9406976        370688
End           7460352      16588800       9693184       9119744       9411072        371712
End1          7460352      16588800       9693184       9119744       9411072        371712
Wr Pntr       7460235      16588569       9678848       9118720       9406976        370688
Rd Pntr       7460235      16588569       9678848       9118720       9406976        370688
Length            117           231         13312          1024          4096          1024

Number              0             0             0             0             0             0
Base           182784         75264       9411584      10443643       7651328       9414656
End            183296         76800       9413632      10452992       7665152       9677312
End1           183296         76800       9413632      10452992       7665152       9677312
Wr Pntr        182784         75264       9411584      10443643       7651328       9674240
Rd Pntr        182784         75264       9411584      10443643       7651328       9674240
Length            512          1536          2048          9349         13824        262656

Number              0             0             0             0           501           502
Base          8431104      10941952       1139200      23764480         43520        356352
End           8622080      16492866       7264868      24407040         44520        361112
End1          8622080      16492866       7264868      24407040         44544        361472
Wr Pntr       8431104      11132921       1330169      23764480         43520        356352
Rd Pntr       8431104      10969046       1166294      23764480         43520        356352
Length         190976       5550914       6125668        642560          1000          4760

Number            503           508           511           514           515           516
Base           180224        371712        269312       8335360       7952384       7665152
End            180567        371742        290224       8431063       8335196       7952261
End1           180736        372224        290304       8431104       8335360       7952384
Wr Pntr        180224        371712        269312       8335360       7952384       7665152
Rd Pntr        180224        371712        269312       8431063       7952384       7665152
Length            343            30         20912         95703        382812        287109

Number            517           518           520           521           522           523
Base          8909824       8622592        370176        352256       9678848       8926720
End           8926430       8909701        370186        352291       9679285       8927594
End1          8926720       8909824        370688        352768       9679360       8927744
Wr Pntr       8909824       8622592        370176        352256       9679284       8926720
Rd Pntr       8909824       8622592        370176        352256       9678848       8926720
Length          16606        287109            10            35           437           874

Number            524           526           528           530           532           534
Base         10560000       8927744       9693184       9311232       9788928       9884672
End          10750969       9118276       9788887       9406935       9884631       9980375
End1         10750976       9118720       9788928       9406976       9884672       9980416
Wr Pntr      10750969       8927744       9693184       9311232       9788928       9884672
Rd Pntr      10750969       8927744       9693184       9311232       9788928       9884672
Length         190969        190532         95703         95703         95703         95703

Number            536           538           551           552           559           561
Base          9119744       9215488        183808        349696         74240        350720
End           9215447       9311191        183846        349728         74242        350721
End1          9215488       9311232        184320        350208         74752        351232
Wr Pntr       9215447       9311191        183808        349696         74240        350720
Rd Pntr       9119744       9215488        183846        349696         74240        350720
Length          95703         95703            38            32             2             1

Number            562           563           565           571           575           577
Base           343040       9411072        361984      16492866        185344        361472
End            349506       9411509        362149      16588569        269045        361524
End1           349696       9411584        362496      16588569        269312        361984
Wr Pntr        343040       9411072        361984      16492866        185344        361472
Rd Pntr        349506       9411072        361984      16492866        185344        361524
Length           6466           437           165         95703         83701            52

Number            579           580           581           582           583           584
Base           350208         72192         73216       9677312         74752        362496
End            350246         73083         74179       9678623         74791        362724
End1           350720         73216         74240       9678848         75264        363008
Wr Pntr        350208         72192         73216       9677312         74752        362496
Rd Pntr        350208         72192         73216       9677312         74752        362496
Length             38           891           963          1311            39           228

Number            598           603           605           606           619           634
Base            76800       9413632       9414144       9679360        363008       7264868
End             76802       9413633       9414145       9679797        368533       7460235
End1            77312       9414144       9414656       9679872        368640       7460235
Wr Pntr         76800       9413632       9414144       9679797        363008       7264868
Rd Pntr         76800       9413632       9414144       9679360        363008       7264868
Length              2             1             1           437          5525        195367

Number            665           670           672           674           685           695
Base           180736        352768         41984        183296       7460352        368640
End            182567        355957         42347        183670       7651321        369846
End1           182784        356352         42496        183808       7651328        370176
Wr Pntr        180736        352768         41984        183296       7460352        368640
Rd Pntr        180736        355957         41984        183296       7651321        368640
Length           1831          3189           363           374        190969          1206

Number            698           701           710           711           729           742
Base           351744        290304        372224      10171392        375296       8622080
End            351972        342753        375291      10443643        947766       8622112
End1           352256        343040        375296      10443643        948224       8622592
Wr Pntr        351744        290304        372224      10171392        375296       8622080
Rd Pntr        351744        290304        372224      10171392        375296       8622080
Length            228         52449          3067        272251        572470            32

Number            755           761           783           989           991           992
Base         16588800        351232      10452992         44544         65536         65024
End          23764007        351233      10559583         64544         72098         65033
End1         23764480        351744      10560000         65024         72192         65536
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End             43208         40478         42516         41672        185078         41160
End1            43520         40960         43008         41984        185344         41472
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Number            503           508           511           520           521           522
Base          1147750        131072        528337        579991        663772       1494553
End           1148093        131102        549249        580001        663807       1495425
End1          1148093        131102        549249        580001        663807       1495425
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Length            343            30         20912            10            35           872

Number            524           526           528           530           532           534
Base           663807        854339       1396576       2152568       2248271       2343974
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End1           854339       1044871       1492279       2248271       2343974       2439677
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Number            536           538           545           548           551           552
Base           327982        423685       1102243        132176        580033        580001
End            423685        519388       1102271        323145        580071        580033
End1           423685        519388       1102271        323145        580071        580033
Wr Pntr        327982        423685       1102243        132176        580033        580001
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Length          95703         95703            28        190969            38            32

Number            561           562           563           565           569           575
Base           573472        573473        327141        327578       1057866        580071
End            573473        579939        327578        327743       1057868        663772
End1           573473        579939        327578        327743       1057868        663772
Wr Pntr        573472        573473        327141        327578       1057866        580071
Rd Pntr        573472        573473        327141        327578       1057866        580071
Length              1          6466           437           165             2         83701

Number            577           579           580           581           582           583
Base           579939        326212        326250       1492279       1493242        327743
End            579991        326250        327141       1493242       1494553        327782
End1           579991        326250        327141       1493242       1494553        327782
Wr Pntr        579939        326212        326250       1492279       1493242        327743
Rd Pntr        579939        326212        326250       1492279       1493242        327743
Length             52            38           891           963          1311            39

Number            584           585           603           605           619           634
Base           551080       1051311       1051271       1051270       1045745       1148321
End            551308       1057866       1051272       1051271       1051270       1343688
End1           551308       1057866       1051272       1051271       1051270       1343688
Wr Pntr        551080       1051311       1051271       1051270       1045745       1148321
Rd Pntr        551080       1051311       1051271       1051270       1045745       1343688
Length            228          6555             1             1          5525        195367

Number            665           670           672           674           695           698
Base           549249        525148       1147013       1147376        551308       1148093
End            551080        528337       1147376       1147750        552514       1148321
End1           551080        528337       1147376       1147750        552514       1148321
Wr Pntr        549249        525148       1147013       1147376        551308       1148093
Rd Pntr        549249        528337       1147013       1147376        551308       1148093
Length           1831          3189           363           374          1206           228

Number            701           710           711           780           989           993
Base          1344127        323145       1783232       1587426        552514        572514
End           1396576        326212       2055483       1783232        572514        572714
End1          1396576        326212       2055483       1783232        572514        572714
Wr Pntr       1344127        323145       1783232       1587426        552514        572514
Rd Pntr       1344127        323145       1783232       1783232        552514        572514
Length          52449          3067        272251        195806         20000           200

Number            997           998
Base           572714        131102
End            573472        131302
End1           573472        131302
Wr Pntr        572714        131102
Rd Pntr        572714        131302
Length            758           200


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.


在网上查了下,说有可能是读取chk文件有问题,于是我将第一步优化的构型取出放到输入文件,如下:
%chk=cation049.chk
%nprocshared=24
%mem=60GB
#p opt freq b3lyp/6-311+g(d) int=ultrafine scrf=cosmo

cation

1 1
C                 -4.46402375    1.40234947    0.00000000
C                 -3.73981875    1.14038847    1.16855000
C                 -4.24912075    0.23178647    2.10205900
C                 -5.46172675   -0.41349753    1.86674100
C                 -6.17357775   -0.15322453    0.69702500
C                 -5.67486975    0.75637347   -0.23546200
C                 -2.43041175    1.83833847    1.42506000
N                 -1.26508875    1.14760847    0.78897300
C                 -1.27519775   -0.10216453    0.19877800
C                 -0.01255475   -0.34564653   -0.23509400
N                  0.75701125    0.75709347    0.09075000
C                 -0.01939875    1.65786447    0.72193500
C                  0.39096025    2.99059847    1.23971100
C                  2.20700425    0.86918047   -0.18248600
C                  3.07149325    0.31530147    0.95228400
C                  4.56744325    0.40983547    0.62623300
H                  2.79664625   -0.72865253    1.13987000
H                 -2.17238275   -0.69243953    0.13446900
H                  0.40178225   -1.19607453   -0.75019900
H                  2.38584825    0.32763547   -1.11281500
H                  2.43090025    1.91723447   -0.38433400
H                  2.85773125    0.86169447    1.87844800
H                 -2.44788175    2.85545947    1.03062900
H                 -2.22509775    1.89500347    2.49605300
H                 -0.01779275    3.16381747    2.23705000
H                  1.47381625    3.07285647    1.30773400
H                  0.03197425    3.79453447    0.58932200
H                 -4.08912975    2.11989247   -0.72456500
H                 -6.23381675    0.97037647   -1.13976400
H                 -7.12042875   -0.65023653    0.51643200
H                 -5.85346475   -1.10992053    2.59985800
H                 -3.70564975    0.03426347    3.02179300
C                  5.44985525   -0.13988053    1.74882800
H                  4.77300925   -0.13646653   -0.30182200
H                  4.83401425    1.45503447    0.42861800
H                  6.50717925   -0.06153653    1.48762700
H                  5.30086925    0.40947047    2.68296000
H                  5.23737825   -1.19454153    1.94573100

这样还是出现一样的错误,不知道怎么解决了。

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发表于 Post on 2016-7-6 09:52:10 | 只看该作者 Only view this author
用#p opt freq b3lyp/6-311g(d) scrf=cosmo再算
弥散毫无意义,白费时间,增加资源和时间消耗
int=ultrafine对当前根本用不着
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-7-7 19:33:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 whtu 于 2016-7-7 19:55 编辑
sobereva 发表于 2016-7-6 09:52
用#p opt freq b3lyp/6-311g(d) scrf=cosmo再算
弥散毫无意义,白费时间,增加资源和时间消耗
int=ultraf ...

好的,谢谢sob老师。我还想问一下:弥散用不着是因为用了cosmo溶剂化模型还是因为这个体系是阳离子?对于当前int=utrafine用不着是因为b3lyp对格点的依赖不强还是因为用了cosmo溶剂化模型?

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发表于 Post on 2016-7-8 05:31:18 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2016-7-7 19:33
好的,谢谢sob老师。我还想问一下:弥散用不着是因为用了cosmo溶剂化模型还是因为这个体系是阳离子?对于 ...


都跟COSMO无关
meta系列泛函为了得到更精准结果才有必要用ultrafine,B3LYP这样普通泛函没特殊情况时无需加这个。
不需要加弥散的时候一律不要加,否则自讨苦吃,更何况还是阳离子,用弥散毫无意义。
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发表于 Post on 2016-7-8 09:40:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-8 05:31
都跟COSMO无关
meta系列泛函为了得到更精准结果才有必要用ultrafine,B3LYP这样普通泛函没特殊情况时 ...

谢谢sob老师解答。sob老师,我研究的是离子液体的构效关系、热力学,涉及到多种阳离子和阴离子,对弥散函数的选取很模糊,看论坛的帖子中有说阴离子不妨加弥散,特别是考虑弱相互作用的时候,而我考虑到部分离子液体阴阳离子间存在氢键以及离子液体与极性分子存在氢键,于是我在气相的结构优化和生成cosmo文件都时都加了弥散函数。所以我想问一下,是否添加弥散函数对生成cosmo文件大不大?或者对于阳离子统一去掉弥散函数而阴离子添加弥散函数,但是这样的话阴阳离子就不在一个计算水平了,对于生成cosmo文件这样合理吗?

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发表于 Post on 2016-7-8 13:36:38 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2016-7-8 09:40
谢谢sob老师解答。sob老师,我研究的是离子液体的构效关系、热力学,涉及到多种阳离子和阴离子,对弥散函 ...

你生成COSMO文件的目的是什么?之后用于COSMO-RS计算?
阴离子应该加弥散,中性、阳离子都不要加弥散。
阳离子不加弥散阴离子加弥散,这绝对不叫不在一个计算水平。那些专门做溶剂模型的人,也是只对阴离子才加弥散。
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发表于 Post on 2016-7-8 14:16:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-8 13:36
你生成COSMO文件的目的是什么?之后用于COSMO-RS计算?
阴离子应该加弥散,中性、阳离子都不要加弥散。
...

谢谢sob老师。我生成cosmo文件就是要用于COSMO-RS的计算,照老师这么说,阳离子也就没必要加弥散了。另外,同一计算水平不应该是方法和基组一致吗?

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