关于ONIOM模型的使用咨询，谢谢指点

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-9 08:12:44

sobereva 发表于 2016-5-31 08:42
是
pop=CHELPG

咨询sob老师一下：
这个ONIOM模型，原来都是这样写# ONIOM(b3lyp/6-31g(d):UFF=QEq) geom=connectivity opt
现在我想调泛函，这样写# ONIOM(mpwlyp/6-31g* IOp(3/76=1000002180) IOp(3/77=0709007820) IOp(3/78=0871010000):UFF=QEq) geom=connectivity opt
计算出错，
----------------------------------------------------------------------
# ONIOM(mpwlyp/6-31g* IOp(3/76=1000002180) IOp(3/77=0709007820) IOp(3/
78=0871010000):UFF=QEq) geom=connectivity opt
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# ONIOM(mpwlyp/6-31g* IOp(3/76=100000218
                     '
Last state= "ONIOM2"
TCursr= 193786 LCursr=       22
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09D01/g09/l1.exe at Thu Jun  9 08:14:27 2016.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

是不是ONIOM这个模型，不能这样调节泛函》？
谢谢老师，如果这样的话，如何解决呢？因为这个b3lyp算的对不上。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-10 21:09:45

小范范1989 发表于 2016-6-9 08:12
咨询sob老师一下：
这个ONIOM模型，原来都是这样写# ONIOM(b3lyp/6-31g(d):UFF=QEq) geom=connectivity ...

算一个二聚体体系作为测试，IOp写外头，看看ONIOM计算过程中自定义泛函计算的high层的结果和你直接用自定义泛函算那个分子的单点是否一致

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-13 10:00:30

sobereva 发表于 2016-6-10 21:09
算一个二聚体体系作为测试，IOp写外头，看看ONIOM计算过程中自定义泛函计算的high层的结果和你直接用自定 ...

sob老师好，这是我测试的两个文件，给sob老师看看，放到外面的时候，是能运行的，但是不知道可以不？麻烦sob老师鉴证一下，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 10:26:18

小范范1989 发表于 2016-6-13 10:00
sob老师好，这是我测试的两个文件，给sob老师看看，放到外面的时候，是能运行的，但是不知道可以不？麻烦 ...

你这没有可比性。应该用带着iop的那个泛函算一下当前体系里的苯，看看和ONIOM的时候用high级别算model体系的时候能量是否一致。一致就说明IOp在ONIOM的时候对于high级别能正常发挥作用。

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-13 11:44:29

sobereva 发表于 2016-6-13 10:26
你这没有可比性。应该用带着iop的那个泛函算一下当前体系里的苯，看看和ONIOM的时候用high级别算model ...

sob老师好，我用ONIOM计算，然后找到high的能量为：
ONIOM: calculating energy.
ONIOM: gridpoint  1 method:  low system:  model energy:    0.018395525446
ONIOM: gridpoint  2 method:  high  system:  model energy:  -232.137940800850
ONIOM: gridpoint  3 method:  low system:  real  energy: 14.490921604804
ONIOM: extrapolated energy = -217.665414721492
ONIOM: calculating electric field derivatives.

利用单独算的，计算的为：
Initial convergence to 1.0D-05 achieved.  Increase integral accuracy.
SCF Done:  E(RmPW+HF-LYP) = -232.137915127    A.U. after 11 cycles
         NFock= 11  Conv=0.52D-08    -V/T= 2.0100

明显不一样哈，说明iop在外面不行。
那如何是好？找个近似的泛函，高斯支持的？
谢谢sob老师指点

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 12:21:03

就用别的泛函呗，那个mpw某某某的破泛函也没什么好处

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-13 16:36:05

sobereva 发表于 2016-6-13 12:21
就用别的泛函呗，那个mpw某某某的破泛函也没什么好处

恩，好的，谢谢sob老师。

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-15 10:33:03

sobereva 发表于 2016-5-31 08:45
1 是
2 是。td是定义理论方法，所以得写里头去，写在外头高斯没法判断td是给high级别还是low级别用的。o ...

咨询一下sob老师，我用UFF力场+电子嵌入式的ONIOM，这个精度怎么样？
这样写对不对？
# ONIOM(pbe1pbe/6-311g(d) td(singlet,root=2,nstates=6):UFF=QEq)=Embedcharge geom=connectivity opt
谢谢sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-15 10:48:19

小范范1989 发表于 2016-6-15 10:33
咨询一下sob老师，我用UFF力场+电子嵌入式的ONIOM，这个精度怎么样？
这样写对不对？
# ONIOM(pbe1pbe/ ...

精度可以，对

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-16 16:11:15

sobereva 发表于 2016-6-15 10:48
精度可以，对

sob老师好，在这里还要麻烦sob老师。通过ONIOM我优化了T3的能量，得到的文件如下（附件），
我想看这个中间分子的能量。（也就是考虑周围分子影响之后，单个中间high层的能量）。
看的是哪一个？
是文件中的
Excited State 3:    Triplet-A    2.4488 eV  506.31 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
   110 ->112       0.35703
   111 ->112       0.45763
   111 ->113       0.33330
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1303.30981047

还是文中的这个：
Test: gridpoint  1 method:  low system:  model energy:    0.243576548440
Test: gridpoint  2 method:  high  system:  model energy: -1302.687378502348
Test: gridpoint  3 method:  low system:  real  energy:    4.127407810319

或者是哪个？

如果是单分子的话，我知道，读取的是优化单分子之后文件中的这个：
Excited State 3:    Triplet-A    2.4483 eV  506.42 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
   104 ->112       -0.10240
   110 ->112       -0.35571
   111 ->112       0.44586
   111 ->113       -0.35195
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1302.68524665

同时文件最后有\HF=-1302.7752185
这两个能量之间的差距就是这个2.4483ev。
所以，对于单分子优化T3的问价，我知道能量是哪个，同时这个HF+td能量=最终能量  这个对应我也知道。
但是对于ONIOM计算的这个能量，怎么对应呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-16 18:46:00

小范范1989 发表于 2016-6-16 16:11
sob老师好，在这里还要麻烦sob老师。通过ONIOM我优化了T3的能量，得到的文件如下（附件），
我想看这个 ...

使用电子嵌入后每个部分计算的输出和最终的汇总输出会对应不上，应当是用-1302.687378502348。
如果心有余悸，把周围分子原子电荷当背景电荷再算一次与之对照。

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-16 20:30:40

sobereva 发表于 2016-6-16 18:46
使用电子嵌入后每个部分计算的输出和最终的汇总输出会对应不上，应当是用-1302.687378502348。
如果心有 ...

谢谢sob老师，
也就是不管是优化基态，或者优化激发态（S1，T1，以及S2和T2）。
咱们都看这个能量数值：
Test: gridpoint 2 method: high system: model energy:XXXXXXXXX
谢谢sob老师指点。
正在按照老师的那个帖子，设置背景电荷来做频率分析，谢谢老师。嘿嘿

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-27 17:42:30

本帖最后由小范范1989 于 2016-6-27 18:03 编辑

sobereva 发表于 2016-6-16 18:46
使用电子嵌入后每个部分计算的输出和最终的汇总输出会对应不上，应当是用-1302.687378502348。
如果心有 ...

sob老师好，再来麻烦sob老师，
我想采用ONIOM模型的时候，对high层分子进行势能面的扫描
1：对于基态S0的势能面，我是这样写的
%chk=fan-five-1.chk
# ONIOM(pbe1pbe/6-311g(d):UFF=QEq)=Embedcharge geom=connectivity opt=modredundant

TPA-AC

0 1
....
254 253 248 249 S 18 10.0   PS：这个是在文件的最后添加的，末尾空两行
这个任务还在计算，应该没问题。

2：我想对S1和T2也进行势能面的扫描，我写的表头分别为：
# ONIOM(pbe1pbe/6-311g(d):UFF=QEq)=Embedcharge geom=connectivity td opt=modredundant

TPA-AC

0 1
...
254 253 248 249 S 18 10.0

和
# ONIOM(pbe1pbe/6-311g(d):UFF=QEq)=Embedcharge geom=connectivity td(triplet,root=2,nstates=6) opt=modredundant

TPA-AC

0 1
...
254 253 248 249 S 18 10.0

出错的提示为：

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    65536 FType=2 FMxFil=10000

Number             0
Base          40448
End          65536
End1          65536
Wr Pntr       40448
Rd Pntr       40448
Length       25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

我查阅网上说是输入文件的问题，不知道我的输入文件有没有错？
谢谢sob老师的指点

PS：刚刚我疏忽了，这个td应该是写在里面的，我写在了外面，所以出错了，给sob老师添麻烦了，谢谢老师。

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-7-8 18:15:50

本帖最后由小范范1989 于 2016-7-8 18:18 编辑

sobereva 发表于 2016-6-15 10:48
精度可以，对

sob老师，按照在量子化学培训班学习的，和sob老师在这个帖子中的指点，以及您写的另外一个“”“帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具”帖子，计算了一些数据，写了一篇文章。现在修改文章，遇到了这么几个问题，当时我也模糊，来请sob老师指点一下，谢谢老师。
1：这个QM/MM和ONIOM方式不一样？我感觉ONIOM在处理的时候，中间分子是量子化学计算，周围分子不是力场方式，为什么不是一回事？
2：我记得在群里讨论的时候，老师说这个QMMM方式（电子嵌入式）和ONIOM（电子嵌入式）的精度是可比的，这里有什么依据吗？参考文献什么的？因为，我在文中说用高斯的ONIOM（电子嵌入）精度能到到和QMMM一样的精度，这里，导师问依据是什么？谢谢老师。
3：我在用ONIOM优化之后，计算中间分子频率，用的是背景电荷的方式，background charge method，我是这么写的，有这个方法吗？还是这是个处理的方式？有相应这种计算的参考文献吗？
谢谢sob帮助和指点。
PS：同时咨询一下sob老师，我在致谢中写了您，在推荐审稿人的时候，能否再推荐您？他们（ACS）是不是不会送给您？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-8 19:52:38

小范范1989 发表于 2016-7-8 18:15
sob老师，按照在量子化学培训班学习的，和sob老师在这个帖子中的指点，以及您写的另外一个“”“帮助设定 ...

1 ONIOM是以嵌套方式算总能量，QM/MM是拼接方式算总能量。ONIOM的方式某种意义上更广义一些，不仅可以结合QM和MM，还可以把任意两个级别结合在一起，而且可以计算各种属性而不仅仅算能量。

2 不要老想参考文献，很多东西只要搞懂原理，稍微一想就自然明白了，不能没有参考文献就不能想问题了。

至于精度还有其它影响因素，怎么处理链接原子、力学嵌入还是电子嵌入等，具体东西明确了才能讨论。

3 不算什么特殊方法，只是一个做法、方式而已。我倒是没看见这样算频率的文献。

如果编辑留意了致谢的话，肯定没有可能我收到。但也有一些期刊编辑比较糊涂，致谢里写了我，但是稿子最终还是落到我手里了。不过如果不是波函数分析主题的话，没必要推荐审稿人写我，落到我这里可能性还是很低的，而且我也忙得很不好抽出时间审稿。

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[综合交流] 关于ONIOM模型的使用咨询，谢谢指点