关于ONIOM模型的使用咨询，谢谢指点

小范范1989

sobereva 发表于 2016-7-8 19:52
1 ONIOM是以嵌套方式算总能量，QM/MM是拼接方式算总能量。ONIOM的方式某种意义上更广义一些，不仅可以结 ...

恩，明白了，谢谢sob老师的指点，一直麻烦sob老师，谢谢老师。

小范范1989

sobereva 发表于 2016-7-8 19:52
1 ONIOM是以嵌套方式算总能量，QM/MM是拼接方式算总能量。ONIOM的方式某种意义上更广义一些，不仅可以结 ...

sob老师好，关于之前的这个计算问题，再次来麻烦sob老师
1：晶体结构，我用ONIOM来优化，
%nprocshared=19
%mem=2GB
%chk=fan-five-1.chk
# ONIOM(pbe1pbe/6-31g(d):UFF=QEq)=Embedcharge geom=connectivity opt=calcall

TPA-AC

0 1
N           -1   3.41713000    7.58693000   16.22780000 L
N           -1   2.79500000    7.61350000   18.51740000 L
N           -1   2.08793000    5.82938000   17.11820000 L
...
2：优化完之后，我对中间的分子求频率，是通过添加背景电荷的方式：
%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=fan-TPA-AC.chk
#p pbe1pbe/6-31g(d) freq charge

TPA-AC

0 1
N      -2.89455700    1.23567600   -3.90560600
N      -5.16303400    1.85454500   -3.69572000
N      -3.62237000    2.42101300   -1.99073100
......
这样求出来一直有虚频。
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies ---  -15.8586  -14.1926  -11.7063  -10.4895   -9.3975   -7.0118
Low frequencies ---   -4.1594    2.6072    5.8612
******    3 imaginary frequencies (negative Signs) ******
Diagonal vibrational polarizability:
       84.3248313      61.5880741      64.8514563
Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),
and normal coordinates:
                      1                      2                      3
                      A                      A                      A
Frequencies --    -14.9066                -9.8311                -7.3698
Red. masses --      6.1587                 6.1502                 5.5350
Frc consts  --      0.0008                 0.0004                 0.0002
IR Inten    --      0.0506                 0.0182                 0.0055

3：如果我求中间分子的频率的时候，不添加背景电荷，求频率是这样的，也有虚频：
%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=fan-TPA-AC.chk
#p pbe1pbe/6-31g(d) freq

TPA-AC

0 1
N         -2.89306200    1.23548400   -3.90623000
N         -5.16167700    1.85404900   -3.69680400
...

Low frequencies ---  -14.3899  -13.4845  -10.1259   -8.4460   -5.6645   -0.0023
Low frequencies ---   -0.0021   -0.0006    3.1232
******    3 imaginary frequencies (negative Signs) ******
Diagonal vibrational polarizability:
       49.1116452      75.1232241      41.2636142
Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),
and normal coordinates:
                      1                      2                      3
                      A                      A                      A
Frequencies --    -13.8307               -12.1785                -2.1856
Red. masses --      5.5261                 5.6764                 6.6477
Frc consts  --      0.0006                 0.0005                 0.0000
IR Inten    --      0.0455                 0.0185                 0.0024
这个怎么再调节呢？谢谢老师，实在是找不出办法了，望老师指点一二、

sobereva

小范范1989 发表于 2016-7-22 15:07
sob老师好，关于之前的这个计算问题，再次来麻烦sob老师
1：晶体结构，我用ONIOM来优化，
%nprocshared ...

这没辙。你在ONIOM下，低层原子不光与高层有静电相互作用，还有vdW项，你在计算中间分子频率的时候并未体现。

小范范1989

sobereva 发表于 2016-7-22 15:30
这没辙。你在ONIOM下，低层原子不光与高层有静电相互作用，还有vdW项，你在计算中间分子频率的时候并未体 ...

偶，谢谢sob老师。、
也就是，我在ONIOM优化计算的时候，泛函没有加色散，只是考虑了静电作用。
同时在计算频率的时候，也是没有加入色散校正。
所以，以上的计算忽落了色散的作用，
现在如何解决呢？
1：ONIOM优化的时候，就对泛函加色散？
# ONIOM(pbe1pbe/6-31g(d):UFF=QEq)=Embedcharge geom=connectivity opt=calcall empiriticaldispersion=GD3BJ  ？这样写对吗。
2：在计算单个中心分子的时候，用背景电荷的方式，然后泛函加色散？
#p pbe1pbe/6-31g(d) freq charge empiriticaldispersion=GD3BJ？这样写对吗？
3：如果做修改，是不是这个微小的虚频是可以接受，结果可以被应用呢？
谢谢sob老师指点。懂得比较少，问的比较菜，谢谢老师的耐心指点。

sobereva

小范范1989 发表于 2016-7-22 20:48
偶，谢谢sob老师。、
也就是，我在ONIOM优化计算的时候，泛函没有加色散，只是考虑了静电作用。
同时在 ...

我说的MM与QM间的范德华作用和泛函是否考虑色散作用完全是两码事。
MM力场会用LJ势描述范德华作用，因此QM原子与MM间在ONIOM(QM:MM)计算时也相当于有范德华作用项。

小范范1989

sobereva 发表于 2016-7-23 00:00
我说的MM与QM间的范德华作用和泛函是否考虑色散作用完全是两码事。
MM力场会用LJ势描述范德华作用，因 ...

偶，明白了，谢谢sob老师指点。谢谢老师

RickyE

sobereva 发表于 2016-7-23 00:00
我说的MM与QM间的范德华作用和泛函是否考虑色散作用完全是两码事。
MM力场会用LJ势描述范德华作用，因 ...

Sob 老师，对于ONIOM 的频率计算我也有类似的问题。我的问题是溶剂中分子两种构象的能量对比，隐式溶剂经过测试无法反应正确的能量，所以用了ONIOM并把溶剂指定为low层，得到的单点能符合实验结果，现在考虑通过freq计算自由能进一步对比。请问我应该对整个体系做freq，还是去掉low层的溶剂分子对high层分子做freq吗，或者是有什么更合理的方法吗？ 谢谢您！

sobereva

RickyE 发表于 2016-9-13 00:20
Sob 老师，对于ONIOM 的频率计算我也有类似的问题。我的问题是溶剂中分子两种构象的能量对比，隐式溶剂经 ...

只能对整体做freq。只抠出来high层做freq，但又是对real优化的，完全对应不上

小范范1989

RickyE 发表于 2016-9-13 00:20
Sob 老师，对于ONIOM 的频率计算我也有类似的问题。我的问题是溶剂中分子两种构象的能量对比，隐式溶剂经 ...

对，ONIOM好像是做freq的时候，是全部的。
这不我才用了背景电荷的方式：就是把low层作为背景电荷，然后计算high的freq。
当然，应该和真是的构型也是有差距的。不过遮阳至少包括了静电部分是吧？
我的理解哈，不一定对，具体的还要咨询sob老师

RickyE

sobereva 发表于 2016-9-13 04:53
只能对整体做freq。只抠出来high层做freq，但又是对real优化的，完全对应不上

谢谢Sob老师，您的意思我明白了。请问这样对整体做freq之后得到的能量（以及之前得到的oniom extrapolated energy）可以作为判断溶剂中两种构象相对稳定性的判断依据吗？谢谢您！

RickyE

小范范1989 发表于 2016-9-13 07:54
对，ONIOM好像是做freq的时候，是全部的。
这不我才用了背景电荷的方式：就是把low层作为背景电荷，然后 ...

谢谢小范范。我也看到了您关于背景电荷的讨论，请问这个设定是怎么实现的呢，我查看了gaussian里的charge关键词，但是还是不太明白怎么设置，low层的电荷是从oniom输出得到然后受动添加的吗，方便的话可否提供输入文件例子呢？ 多谢啦！

sobereva

RickyE 发表于 2016-9-14 00:31
谢谢Sob老师，您的意思我明白了。请问这样对整体做freq之后得到的能量（以及之前得到的oniom extrapolate ...

姑且可以，但还是建议少用显式水。就在溶质附近关键位置加一个或几个水，其余的都用隐式溶剂模型表现为宜。要不然还牵扯溶剂分子之间相互作用对整体能量的影响。

小范范1989

RickyE 发表于 2016-9-14 00:35
谢谢小范范。我也看到了您关于背景电荷的讨论，请问这个设定是怎么实现的呢，我查看了gaussian里的charge ...

你好，其实很简单，高斯中的charge关键词。输入文件如下
%nprocshared=12
%mem=2GB
%chk=test.chk
# b3lyp/6-31g(d) td freq charge

Title Card Required

0 1
C             -3.21947657   -0.61046511    0.00000000
C             -1.82431657   -0.61046511    0.00000000
C             -1.12677857    0.59728589    0.00000000
C             -1.82443257    1.80579489   -0.00119900
C             -3.21925757    1.80571689   -0.00167800
C             -3.91685857    0.59751089   -0.00068200
H             -3.76923557   -1.56278211    0.00045000
H             -1.27480857   -1.56297811    0.00131500
H             -0.02709857    0.59736589    0.00063400
H             -1.27423257    2.75793789   -0.00125800
H             -3.76937957    2.75799789   -0.00263100
H             -5.01646257    0.59769389   -0.00086200

-3.17415692    1.67509549    2.00483475 0.50000000
-2.81750250    0.66628548    2.00483475 -0.50000
-2.81748408    2.17949368    2.87848625 0.640000
-2.81748408    2.17949368    1.13118324 0.340000
-4.24415692    1.67510867    2.00483475 -0.250000

lonemen

很实用，收藏备用。

小范范1989

lonemen 发表于 2019-8-31 18:56
很实用，收藏备用。

哈哈哈，看来都是打篮球的人啊。