关于ONIOM模型的使用咨询，谢谢指点

暖空 · 发表于 Post on 2019-11-12 18:54:41

sobereva 发表于 2016-5-31 08:42
是
pop=CHELPG

sob老师好！
在固定MM层用oniom计算freq时，freq写在外面计算的是整体的频率。我看输出的freq只有3N个简正振动模。是不是虽然输出的是QM层的振动模，但是这个振动模不是纯粹的QM的，而是包含了QM层和MM层原子耦合的振动模，也就是'整体'的freq。请问我这种理解对不对？
还有，单分子计算freq的时候输出的是3N-6的振动模，为啥这里输出的是3N个呢？
谢谢老师指点。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-13 22:12:06

暖空发表于 2019-11-12 18:54
sob老师好！
在固定MM层用oniom计算freq时，freq写在外面计算的是整体的频率。我看输出的freq只有3N个简 ...

freq算的就是整体的频率，相当于用ONIOM方法产生组合出的力常数矩阵然后对角化

忘了

暖空 · 发表于 Post on 2019-11-13 22:17:58

sobereva 发表于 2019-11-13 22:12
freq算的就是整体的频率，相当于用ONIOM方法产生组合出的力常数矩阵然后对角化

忘了

恩恩，谢谢老师！

shuifangren · 发表于 Post on 2020-9-21 13:44:03

sobereva 发表于 2016-6-13 12:21
就用别的泛函呗，那个mpw某某某的破泛函也没什么好处

sob 老师，我想问一下，ONIOM模型计算怎么算结合能呢？套用之前的定义，E=E(AB)-EA-EB,
在QM/MM计算中，假设A在high层QM区,B在low层MM区，E=E(total)-EA(QM)-EB(MM),老师这样对嘛？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-9-21 14:36:43

shuifangren 发表于 2020-9-21 13:44
sob 老师，我想问一下，ONIOM模型计算怎么算结合能呢？套用之前的定义，E=E(AB)-EA-EB,
在QM/MM计算中， ...

一般把A和B彼此距离比较近的地方算作QM区，其他地方算作MM区
然后分别用ONIOM计算A、B、AB，E(AB)-E(A)-E(B)就行了。也就是要做3个ONIOM计算
ONIOM的精髓在于反应过程中变化大的部分用精确的方法，变化小的部分用粗糙的办法，如果A和B一个用QM一个用MM，就失去了用ONIOM的意义了，因为QM区和MM区的相互作用只有MM的精度。

shuifangren · 发表于 Post on 2020-9-22 08:43:13

谢谢您的回复，但我还是没有明白您的意思，假设A和B接近的部分是+1,那么QM区就是A+1，MM区就是B-1,如何用ONIOM计算A和B呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-22 22:44:05

shuifangren 发表于 2020-9-21 13:44
sob 老师，我想问一下，ONIOM模型计算怎么算结合能呢？套用之前的定义，E=E(AB)-EA-EB,
在QM/MM计算中， ...

QM/MM和ONIOM(QM:MM)的原理截然不同

ONIOM下具体怎么算最好把体系截图发出来，要不然很难解释准确

pony · 发表于 Post on 2021-3-9 10:42:56

小范范1989 发表于 2016-5-31 08:57
非常感谢sob老师的指点，受益匪浅啊，自己摸索，懂得很少，所以一直来麻烦sob老师。谢谢老师。
ps：对3 ...

老师，能不能留个QQ号咨询下ONIOM计算的问题，可以有偿

wugaiyan · 发表于 Post on 2021-11-10 21:18:21

小范范1989 发表于 2016-9-14 07:51
你好，其实很简单，高斯中的charge关键词。输入文件如下
%nprocshared=12
%mem=2GB

范老师，我看你前面部分命令行用的qeq，那你这个背景电荷用的哪种电荷？可以求qeq的背景电荷吗

DLJS · 发表于 Post on 2023-7-4 10:11:25

sobereva 发表于 2020-9-22 22:44
QM/MM和ONIOM(QM:MM)的原理截然不同

ONIOM下具体怎么算最好把体系截图发出来，要不然很难解释准确

sob老师您好，我用oniom模型考察蛋白配体结合能，选取了配体5A范围内的残基，高层包含配体小分子和部分有关键作用的残基，其余的为低层，不明白如何计算结合能，希望得到老师的帮助。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 02:10:16

wugaiyan 发表于 2021-11-10 21:18
范老师，我看你前面部分命令行用的qeq，那你这个背景电荷用的哪种电荷？可以求qeq的背景电荷吗

强烈不建议图省事用QEq作为背景电荷，对静电势重现性极差，此文说了
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 02:11:15

DLJS 发表于 2023-7-4 10:11
sob老师您好，我用oniom模型考察蛋白配体结合能，选取了配体5A范围内的残基，高层包含配体小分子和部分有 ...

1 ONIOM计算整体能量
2 ONIOM计算蛋白质能量
3 DFT计算配体能量

然后E(1)-E(2)-E(3)。其中1、2中ONIOM模型、划分需要一致

DLJS · 发表于 Post on 2023-7-5 09:54:36

sobereva 发表于 2023-7-5 02:11
1 ONIOM计算整体能量
2 ONIOM计算蛋白质能量
3 DFT计算配体能量

明白啦，非常感谢sob老师~
老师我还有一点疑问：提高基组算1和2的能量都是把DFT部分的基组提高就好了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 10:07:06

DLJS 发表于 2023-7-5 09:54
明白啦，非常感谢sob老师~
老师我还有一点疑问：提高基组算1和2的能量都是把DFT部分的基组提高就好了吗 ...

是

Lipy · 发表于 Post on 2023-8-7 10:22:05

您好，请问您在用ONIOM计算完频率后，是否是使用了MOMAP进行后续计算？MOMAP可以用ONIOM的频率计算结果来进行非辐射跃迁速率的计算吗？

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[综合交流] 关于ONIOM模型的使用咨询，谢谢指点