Pysimm/Lammps求助-calling Lammps with mpiexec

yaoxiaokun

大家好，第一次发帖如果有问题会尽快修正。

我刚接触分子模拟，想利用pysimm构建全原子高分子不定型晶胞，此时正在学习例子阶段。

在运行过程中，总出现：There was a problem calling Lammps with mpiexec. 具体的报错如下：
Traceback (most recent call last):
File "/home/kun/Desktop/Support/pysimm/Examples/02_methanol/gaff2/create.py", line 24, in
run()
File "/home/kun/Desktop/Support/pysimm/Examples/02_methanol/gaff2/create.py", line 15, in run
lmps.quick_min(s,min_style='fire',settings={'np':1})
File "/home/kun/pysimm/pysimm/lmps.py", line 1121, in quick_min
sim.run(np, nanohub)
File "/home/kun/pysimm/pysimm/lmps.py", line 957, in run
raise PysimmError('There was a problem calling LAMMPS with {}'.format(prefix))
pysimm.utils.PysimmError:There was a problem calling LAMMPS with mpiexec.


此报错出现在pysimm官方提供的例子example2中（构建甲醇），官方提供了两种力场，若用Deriding可顺利运行，但若用gaff2则会出现以上报错。此问题已经困扰我一段时间，希望有经验的大佬及朋友们给出一些建议，非常感谢。
运行路径及LAMMPS_EXEC都有正确设置，也尝试过设置运行核数（np=2），皆会出现以上问题。

yaoxiaokun

此问题已经解决。较新版本的LAMMPS不含user-misc这个包，但在pysimm使用除了Dreiding以外的力场都需要用到user-misc。
仅需要下载较旧版本的lammps即可。

yycpolymer

请问楼主，pysimm支持构建热固性聚合物吗

JCenter

yaoxiaokun 发表于 2022-10-20 20:05
此问题已经解决。较新版本的LAMMPS不含user-misc这个包，但在pysimm使用除了Dreiding以外的力场都需要用到u ...

大佬，如何确定lammps哪个版本拥有user-misc包呢，名字里我发现没有带着的。

yaoxiaokun

JCenter 发表于 2023-1-10 21:58
大佬，如何确定lammps哪个版本拥有user-misc包呢，名字里我发现没有带着的。

我下载后LAMMPS后在其src文件夹里看看有没有user-misc这个安装包

JCenter

yaoxiaokun 发表于 2023-2-7 05:51
我下载后LAMMPS后在其src文件夹里看看有没有user-misc这个安装包

好嘞，感谢

evenn

请问pysimm可以生成data文件吗？已经用MS建好了模型也进行了优化，可以用这个包转换成data文件吗？