求助用公社里给的CO2拓扑文件模拟密度和实际相差大

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-10-23 15:36:29

本帖最后由高处裹棉被于 2022-10-23 15:44 编辑

各位老师好，我用公社里的CO2的EPM2拓扑文件想模拟一下373K，100bar下的密度，从NIST数据库得到密度值是188.76 kg/m3

随后我按照这个密度在5*5*5nm的盒子下放置了CO2分子数323个，并跑NVT系综，LJ参数混合规则用的comb-rule=2

但最后得到的压力为160bar左右，远偏离预期，想请问是哪里出问题了吗？

谢谢各位老师解答

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-24 05:19:02

检查你的非键作用的设置和EPM2 CO2原文里是否一致。至少原文里应该是没用能量-压力的色散校正的

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-10-24 15:29:39

本帖最后由高处裹棉被于 2022-10-24 22:59 编辑

sobereva 发表于 2022-10-24 05:19
检查你的非键作用的设置和EPM2 CO2原文里是否一致。至少原文里应该是没用能量-压力的色散校正的

谢谢sob老师回答。我按照原文取消了色散矫正，设置DispCorr=no，并设置cut-off为10 A，LJ参数混合规则用了geometric mean combining rule，设置comb-rule=3，步长2fs改成1fs，但还是得到同样差不多的结果。

另外用NPT系综在Berendsen热浴下跑了一个平衡，收敛的密度也同样偏差很大，请问还有可能是拓扑文件（但看了参数和原文献应该是对应上的）或者别的原因（我看见文献采用的是蒙特卡罗法进行模拟的）吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-25 00:00:04

先尝试重现原文里模拟的结果（尽管文章的数据是MC跑的）。能重现原文的模拟结果后，然后再说重现实验数据的事

LWM · 发表于 Post on 2023-7-13 11:46:53

楼主，能给个CO2原帖的链接么，万分感谢

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-13 11:55:08

LWM 发表于 2023-7-13 11:46
楼主，能给个CO2原帖的链接么，万分感谢

gromacs_CO2.zip (2.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 71)

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-13 12:03:47

LWM 发表于 2023-7-13 11:46
楼主，能给个CO2原帖的链接么，万分感谢

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