已解决：pdb2gmx报错找不到原子，但是本身残基不存在

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的确是因为蛋白中残基顺序问题，重新编号后解决了
————————原文————————
我直接打开pdb文件，发现并不存在ARG的461号残基。。。有老师知道这个是什么情况吗？或者说
我这个蛋白本身就有问题，因为缺了很多残基？

执行代码

1. gmx pdb2gmx -f nlrp3.pdb -o nlrp3.gro -ignh
   

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报错

1. Residue 461 named ARG of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom CG used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed.

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更新：我在论坛翻到了Sob老师回答过的一个帖子，我这个蛋白确实不是从1开始的，我再去梳理一下顺序看看
pdb2gmx 识别氨基酸名称错误问题 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社

pdb里残基序号如果不是从1开始连续排的，pdb2gmx报错里的残基号就不是pdb里直接记录的残基号，搞清楚对应关系

MOI_001

请问您是如何解决的呀？我和你报的同样的错，可以推荐下解决的方法吗？