求助如何给定pH，酶在此pH下跑出带负电荷的结构

qq374347126 · 发表于 Post on 2022-10-26 14:47:19

我要做一个正电荷的大的配体与负电荷的酶静电络合结构，酶在处理的过程中想让他在pH=8＞pI，此时酶表面带负电荷，目前得不到这样的一个带负电荷的酶，就没法进行下一步与正电荷配体的模拟，想问一下Sob老师和各位，如何获得这样一个表面负电荷的酶结构。蛋白的PDB ID：1TCA。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-26 16:24:34

PROPKA等程序可以预测实际蛋白质中各残基的pKa，对比各个残基的pKa和pH就能判断各个残基在当前pH环境下应该是什么质子化态，pdb2gmx时结合-inter或-his等选项将质子化态指定成应有的情况就行了

qq374347126 · 发表于 Post on 2022-10-26 19:06:46

sobereva 发表于 2022-10-26 16:24
PROPKA等程序可以预测实际蛋白质中各残基的pKa，对比各个残基的pKa和pH就能判断各个残基在当前pH环境下应该 ...

好的sob老师，那个在做模拟的时候我可否用质子化的蛋白结构在水盒子里跑，gromacs好像无法指定ph。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-27 05:03:52

qq374347126 发表于 2022-10-26 19:06
好的sob老师，那个在做模拟的时候我可否用质子化的蛋白结构在水盒子里跑，gromacs好像无法指定ph。

用处于恰当质子化态的蛋白质跑，前面说了，pdb2gmx时可以指定质子化态
GROMACS有额外的支持constant pH模拟的第三方修改版http://bbs.keinsci.com/thread-32341-1-1.html

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-10-27 21:24:43

qq374347126 发表于 2022-10-26 19:06
好的sob老师，那个在做模拟的时候我可否用质子化的蛋白结构在水盒子里跑，gromacs好像无法指定ph。

你的pH变化不就是会导致一些残基处于质子化或去质子化状态么，你只要根据你模拟的pH，修改残基的质子化状态不就可以？

qq374347126 · 发表于 Post on 2022-10-29 12:35:58

sun877469558 发表于 2022-10-27 21:24
你的pH变化不就是会导致一些残基处于质子化或去质子化状态么，你只要根据你模拟的pH，修改残基的质子化状 ...

谢谢您，我明白您的意思了，我现在已经用PROPKA软件输出了pka情况，也在pymol中打开了.pqr文件利用APBS查看了表面静电荷情况。现在不知道如何去看每个氨基酸是去质子化的还是质子话的。能否请教一下如何查看氨基酸的质子话状态。谢谢。

qq374347126 · 发表于 Post on 2022-10-29 12:38:43

sobereva 发表于 2022-10-27 05:03
用处于恰当质子化态的蛋白质跑，前面说了，pdb2gmx时可以指定质子化态
GROMACS有额外的支持constant pH ...

谢谢sob老师，我现在已经用PROPKA软件输出了pka情况，也在pymol中打开了.pqr文件利用APBS查看了表面静电荷情况。现在不知道如何去看每个氨基酸是去质子化的还是质子话的。能否请教一下如何查看氨基酸的质子话状态。我主要是实验化学为主，虽然这很基础但是对于我来讲稍微有点困难，准备1月份报sob老师的培训班，谢谢sob老师。

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