计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1118|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] Multiwfn绘制ICSS问题

[复制链接 Copy URL]

66

帖子

0

威望

433

eV
积分
499

Level 3 能力者

老师您好!请问我用Multiwfn绘制化学屏蔽表面ICSS时,参数设置全部按照通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)。最后出来的图是下面这种情况,分子体系也不大,3D图竟然被截断了,可能是延展距离设为12太小了?应该设为多少,或者有其它问题?烦请不吝赐教!

dislin_1.png (633.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

3D图

3D图

dislin.png (47.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

平面图(被截断)

平面图(被截断)

Snipaste_2022-10-26_18-26-00.png (59.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

结构式

结构式

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112544

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-10-27 06:52:14 | 只看该作者 Only view this author
等值面数值(isovalue)设的不合理。数值太小的情况,等值面极度弥散,哪怕很大的延展距离也不够用。之前没用ICSS研究过别的体系的话,强烈建议先把我博文里的苯分子的例子完整重复一遍。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

66

帖子

0

威望

433

eV
积分
499

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 08:51:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-27 06:52
等值面数值(isovalue)设的不合理。数值太小的情况,等值面极度弥散,哪怕很大的延展距离也不够用。之前没用 ...

好的,谢谢!

1063

帖子

0

威望

3277

eV
积分
4340

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2022-10-27 09:56:04 | 只看该作者 Only view this author
截图请截全,dislin_1.png 图旁边还有调节窗口,也截在同一张图里就更好说明问题。

你可以手动调节 isovalue 值,同时观察等值面的变化。调节到看起来合理就可以了。

66

帖子

0

威望

433

eV
积分
499

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 11:58:23 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-10-27 09:56
截图请截全,dislin_1.png 图旁边还有调节窗口,也截在同一张图里就更好说明问题。

你可以手动调节 isov ...

感谢二位!等值面图已调好,是isovalue设的太小的问题。在绘制平面图中,将color scale设为-5,40,右边刻度出现重叠,请问如何调节刻度之间的范围呢?

202210271157593248..png (163.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

右侧刻度重叠

右侧刻度重叠

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112544

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-10-27 12:01:16 | 只看该作者 Only view this author
lycheeho 发表于 2022-10-27 11:58
感谢二位!等值面图已调好,是isovalue设的太小的问题。在绘制平面图中,将color scale设为-5,40,右边刻 ...

菜单里直接就提供了选项修改色彩刻度(Z轴)标签间隔,仔细看一遍选项便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

66

帖子

0

威望

433

eV
积分
499

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 12:10:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-27 12:01
菜单里直接就提供了选项修改色彩刻度(Z轴)标签间隔,仔细看一遍选项便知

看到了,谢谢~

1

帖子

0

威望

25

eV
积分
26

Level 2 能力者

8#
发表于 Post on 2022-11-28 09:15:58 | 只看该作者 Only view this author
lycheeho 发表于 2022-10-27 11:58
感谢二位!等值面图已调好,是isovalue设的太小的问题。在绘制平面图中,将color scale设为-5,40,右边刻 ...

您好,请问这个isovalue数值是在哪里调节的呢?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112544

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-11-28 09:27:52 | 只看该作者 Only view this author
ttzb 发表于 2022-11-28 09:15
您好,请问这个isovalue数值是在哪里调节的呢?

Multiwfn绘制等值面图的图形界面的右侧,有明确提示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 19:45 , Processed in 0.372529 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list