两个体系构建两个不同的盒子进行模拟

高糕糕

各位老师好。

我的模拟实际过程是H2O向PAN-DMSO体系扩散，最后H2O和DMSO一起挥发，最后体系只剩PAN分子链。因为属于两个不一样的体系，所以老师就让我搭建两个不一样的盒子，让H2O能进入PAN，但PAN不能到H2O那边。

所以我想请问：
1.在模拟的过程中，真的能搭建两个不一样的盒子吗，搭建完后还能采用周期性边界条件吗？
2.Gromacs中gmx editconf和-translate这个命令能用吗？（-translate是将在其中一个在原点的盒子进行移动，另一个在原点的盒子不动，从而能实现两个盒子叠加吗？）或者Packmol能用吗？（我看到的Packmol例子只是将不同物质限制在不同位置，但还是处在一个盒子中。这样是不是不符合我说的外来H2O进入PAN体系的过程）我看到论坛上有人是将两个平衡后盒子叠加在一起，进行溶解，但我觉得那是一个双向的过程，和PAN分子链不动，H2O进入又与DMSO一起挥发离开还是不一样。所以直接叠加和搭建两个盒子是不是没有太大的区别，这两种方法哪个能实现我的目的？
3.叠加盒子或者搭建两个盒子都是要各自平衡好以后在进行模拟吗？
4.整个模拟过程是不是就没有预平衡与产生相，直接进行模拟即可？

我是刚刚学完理论知识和操作，对于更深入的还不了解，希望各位老师见谅。

sobereva

提问时不要用不常见、有歧义的缩写。别人都不知道PAN是什么

高糕糕

好的老师，我以后会注意这个问题。

PAN是聚丙烯腈分子链。

在这几天里，我又翻了手册和讲义，还有些新问题。建模我还是打算用Packmol，类似于磷脂双层膜，具体见下图。建好模是这样摆放它们的位置，但在实际模拟过程中让DMSO和H2O能在盒子里自由移动，PAN分子链限制在盒子中间的区域，以实现外来H2O和PAN-DMSO体系中的DMSO相互作用，DMSO挥发减少，H2O也挥发减少，体系中只剩下PAN分子链。

对比约束、限制、冻结后，我打算用限制下面的平底位置限制，所以有以下问题：
1.我选用的平底位置限制能实现我的目的吗？除了限制势，还有别的方法能限制PAN分子链在盒子中某个区域吗？
2.genrestr命令用来产生限制势文件，为什么我根据命令选择，算出Position restraints，没有Flat-bottomed position restraints？平底限制只能自己写吗？
3.对于平底限制，参数里力常数k是一般都设置为1000吗？r可以理解为限制运动范围的半径吗？
4.对于itp文件的产生，不采用pdb2gmx，而是用sobtop。再引用限制势文件，凑成整体的top文件可以吗？
5.我在限制的过程中要放多条分子链，是把分子链中的每一个原子都放到限制的.itp文件中吗？

以上是我了解限制势后的问题，希望老师能帮我解答一下，谢谢。