公社群聊Q&A整理：2016.05.18 06 ~ 2016.05.19 09 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-22 15:58:19

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2016.05.18 05:13:32
Q:
我这一直有个矛盾，CIS和TDDFT给出的结论是～和基态相比激发态构型变化比较大，然而这和我的实验结果对不上。。。请问哪位大神用过CAC-CI优化，频率分析吗，感觉好复杂的样子[表情]
我这一直有个矛盾，CIS和TDDFT给出的结论是～和基态相比激发态构型变化比较大，然而这和我的实验结果对不上。。。请问哪位大神用过CAC-CI优化，频率分析吗，感觉好复杂的样子/晕
共振增强，看带头强弱
如果构型变化大，带头不该是很强的
嗯啊，我之前想的是如果构型变化不大，那么实验也有可能得到很强的吸收。然而，我将计算的基态和激发态放一起，算电子激发谱，就有问题了，提示我FC积分太小
A:
根本没必要SAC-CI，比起EOM-CCSD也没任何优点
构型变化大小也可以看斯托克位移
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2016.05.18 05:42:56
Q:
问下，Multiwfn的显示问题
[图片]
怎样让这个显示区域变大一点，这样图像更为清晰
A:
zoom out
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2016.05.18 05:43:35
Q:
Hartree-Fock方法包含哪些基组？
问错了，Hartree-Fock理论包括哪些方法，如DFT包括pbepbe,b3lyp等
A:
HF就是HF。看讲义
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2016.05.18 05:50:12
Q:
[图片]老师这个反应正向已经算好了，到了逆向导入分子后就报错
A:
检查文件有无错误，无错误的话把文件发给开发者，回复很快
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2016.05.18 06:02:50
Q:
[图片] 老师这列E的数值是怎么从文件中哪里取的啊？
我从文件中一直没找到
[图片]就是文件thermo\H2O_dimer\里面的文件
[图片]就是文件thermo\H2O_dimer\里面的文件，这个E值怎么来的？
？
A:
直接看.out文件输出的单点能
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2016.05.18 06:25:28
Q:
请问乙酸根离子的在水溶液中的lennard-jones参数在什么地方可以查到？是作为一个整体还是怎么弄的？[图片]这是一个lennard jones 参数的设置例子
A:
常用力场中，每个原子都有对应的LJ参数
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2016.05.18 06:32:06
Q:
请问gaussian可以输出3阶往上的导数吗
今天看人说好像做非谐振需要4阶的来着
频率不是能量的二阶导么。。。g09算非谐振也是二阶导把
A:
三阶就可以考虑非谐振，但阶数越高考虑得越准确。高斯里非谐振VPT2方法考虑到四阶导
Q:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=93&highlight=%B5%BC%CA%FD
找到了个好帖
非谐振是要4阶
谢谢老师我是想要三阶四阶导的数值不知道gaussian会输出吗
A:
高斯做非谐振计算时候直接就会输出三、四阶导数
Q:
高斯做非谐振计算时候直接就会输出三、四阶导数
这些都是数值差分的方法算的把?
A:
DFT的话有三阶解析导，所以数值差分一次得到4阶导
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2016.05.18 06:43:48
Q:
请教下芳香大分子的二聚体间的间距怎么测，看到很多文章说between two centers of sheets
A:
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
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2016.05.18 07:09:17
Q:
sob老师，相互作用能的大小是否定性能说明溶解性强弱的吗
A:
能
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2016.05.18 07:12:24
Q:
zoom out是把分子放小，但这样会影响显示效果的
A:
不影响啊
而且save picture得到的还是高像素的大图
Q:
但是保存后的图被截断了
A:
你缩小到整个体系都能显示，然后保存图片就还是完整的
大不了索性VMD观看
或者把格点延展距离设大
Q:
把格点延展距离设大，这个怎样设置？
A:
计算前让你设定格点的时候设extension distance
Q:
设定格点的时候设extension distance，这个也不会[表情]
设定格点的时候设extension distance，这个也不会/流泪
A:
[图片]
-10
还是zoom out好
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
看2.8节
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2016.05.18 16:34:45
Q:
gaussian，d版本和a版本差别很大么，我用a版本，qst2 搞出来的过渡态，同样输入，换d版本就不能算。还真奇怪了
A:
差不少。A如果搞出来了过渡态，拿它当初猜用opt=TS在D里面再搞一下
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2016.05.18 17:13:23
Q:
def2tzvp 算EA还是偏小了，能不能加个合适的弥散函数？
A:
算EA必须用弥散，否则和加弥散结果差好多
Q:
那怎么在def2tzvp的基础上加弥散？
自己设置一个弥散函数好使吗？
A:
看5月份基础量化培训讲义基组部分33页
给出了四种做法
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2016.05.18 17:14:08
Q:
请问nwchem如何设置内存？
A:
MEMORY用来设定内存使用量，如memory 8 mb。
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2016.05.18 18:06:11
Q:
请问老师，在linux版的G09D之前的版本是否有方法使用def系列的基组？
如果使用自定义基组输入def2-tzvp，会出现如下报错：
End of file reading basis center.
Error termination via Lnk1e in /home/user//g09/l301.exe at Wed May 18 10:01:30 2016.
没有用横线，我用的是自定义呀。
#p m062x/gen
09D版本以前不是没有def系列基组么？之前用m062x/def2tzvp也不行
我老师买的是G09 A01，输入“ #p m062x/def2tzvp”会有如下报错：
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p m062x/def2tzvp
'
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr= 9
Error termination via Lnk1e in /home/user//g09/l1.exe at Wed May 18 10:12:21 2016.
A:
B.01才开始支持M062X和def2TZVP
Q:
谢谢老师。那想请问大家，如果购买的是老版本的高斯，文章中是不是不能用这种方法和基组的数据了？[表情]
A:
你可以用网上的D.01，发文章的时候不写明修订版号
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2016.05.18 18:09:20
Q:
各位老师，跑分子动力学是不是一般都比较昂贵？谢谢
100多个原子的体系
[表情]没用过分子动力学，所以，想请教一下，谢谢
A:
100个原子如果经典力场瞬间就完事，如果基于DFT慢得很，如果半经验还凑凑合合
----------------------------------------------------
2016.05.18 18:10:58
Q:
各位老师好,不给轻原子添加极化有对几何优化的影响大不大,体系里含有8个连在碳上的氢[图片]
A:
氢不加极化对此结构基本没有影响
----------------------------------------------------
2016.05.18 18:23:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
----------------------------------------------------
2016.05.18 18:28:19
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
老师，我的服务器中高斯版本是 Cite this work as:
Gaussian 09, Revision A.01，但是用 # m062x/6-311+g(d,p)计算单点能的时候能成功运算完呀。按照您说的B.01后才支持m062x，那做出来的单点能数据可信吗？
A:
记错了，A01支持m062x，def2是从B.01直接支持的
可信。
Q:
求教各位老师由没文献说明M06-2x-D3适用于研究有机物质之间的范德华作用
A:
这都不需要什么文献了，已经成为常识了
Q:
老师能否提供一个linux版的G09 D.01安装包？[表情]
A:
群共享有人传
Q:
[表情]...我积分不够....有同学可以帮个忙吗？
A:
也是找碴，M06-2X本身就不错了。非要加D3，有改进，但没那么明显
我都发给你连接了[表情]
随便找点弱相互作用文献就完了DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00526、DOI: 10.1039/c0cp02984j、DOI: 10.1002/wcms.30、DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00533
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2016.05.18 18:31:23
Q:
求教：multiwfn如何将画的图转90°后保存
A:
ps
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2016.05.18 18:39:58
Q:
[图片][图片]老师，我打算用gamess做一个优化，输出文件把坐标读完就出错，我没检查出来我哪儿错了？
A:
显然是原子间距离太近了
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2016.05.18 18:47:14
Q:
请问老师，我在用D3方法优化甲苯分子时，一直出现一个-31的虚频，我分别用了tight，verytight，calcall，iop(1/8=1)进行优化还是会有这样的虚频，接下来该怎么解决呢？
A:
优化甲苯用什么D3
如果用了BJ阻尼也是自找虚频
Q:
我就是想用D3方法算一下甲苯
那有什么解决办法吗？我实在是想不出来啥办法了
A:
关键词贴出来
Q:
[图片]
A:
不要把简单问题搞复杂
甲苯这么个东西B3LYP/6-31G* opt freq就完了
Q:
一直有虚频，我就多设了几个关键词
A:
若有虚频，看振动方向，是否一开始结构有对称性导致的等等
Q:
恩，我根据振动调了一下，还是会有呢
A:
另外，BMK根本就不怎么理想
直接涉及到氢的，氢转移、氢键等等，才很有必要给氢加极化，否则用处不大
Q:
我是看一篇文献提到了该方法，就想算一下D3方法下的几个小分子，比较一下
那我再试着调一下，因为我想算一下速率，这个虚频对于结果影响会很大吗
A:
瞎搞
Q:
好的,谢谢sob老师.另外想问下,什么样的结构才会对添加第二个极化敏感?这点在讲义上没有理解很清楚 ,
A:
什么叫第二个极化函数？
Q:
噢噢,我表述的有错误,就是在6-31G系列基组里第一个极化是对重原子,第二个是对轻原子的极化函数
哦,可以这样理解吗,就是旁边有很多重原子了,而这个轻原子的极化本来作用不是很大,相对于重原子来说就很小了,所以才影响不大.在涉及到氢键和氢转移过程中,氢键也属于比较强的弱相互作用了,所以才需要着重考虑对轻原子的极化?
A:
对
Q:
就是能够表述氢电子波函数畸变性质，是这样吗
A:
算是吧
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2016.05.18 18:58:29
Q:
def2-tzvpd也很好，这个在高斯里面能直接用吗？@琼龙神音
A:
不能
EMSL上有
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2016.05.18 18:59:40
Q:
请问，怎么能够把.mol.out等格式的文件转换成.wfn文件呢？
A:
[图片]
你一开始就生成wfn或fch文件不就完了
如果没生成这些，光有.out，什么用也没有
不可能转换，因为里面没有波函数信息
只能把信息量大的文件转换成信息量少的文件，反之不行
Q:
那这样的话，我想用multiwfn处理文件的话，岂不是很受限制啊？
A:
参看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.05.18 19:00:23
Q:
[图片]老师，我选edit-delete-all redundant atoms 为什么晶格外面的原子没有被删掉呢
A:
本身就不是这个按钮
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2016.05.18 19:05:09
Q:
您写的有计算荧光的帖子吗？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.05.18 19:06:35
Q:
像大神们求助WHAM的压缩包
不知道哪里可以下载额
请大家帮帮忙
A:
http://membrane.urmc.rochester.edu/content/wham
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2016.05.18 19:09:08
Q:
老师，我还想请教一个问题，能不能够用高斯模拟猜想的晶体物质的pxrd图谱从而与所测得的实际pxrd图谱对比？因为暂时养不出单晶，解不了结构。如果高斯算不了，老师有没有推荐的软件或者方法呢？
A:
MS里的Reflex你可以看看对你有无用处，我不怎么用
高斯模拟不了这种谱图
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2016.05.18 19:10:44
Q:
老师在优化好的结构上进行单点能计算为什么会报错？[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.05.18 19:10:59
Q:
老师您好，我用vmd做RDG分析的可视化，同样的等势面不同的分子在一定的区域内的等势面如右边的图所示：[图片]这样子代表吸引作用[图片]这样子代表互斥作用对吗
A:
第一张图有强互斥也有强吸引，第二张图有强吸引和弱互斥。但净效果，是吸引还是互斥，没法确切去说
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2016.05.18 19:11:00
Q:
老师，我下载了这个，然后安装解压的时候解压不了。不知道为什么？[图片]
老师，别人的wham解压之后会有一些子目录出来，而我的解压以后却没有，是不是文件下载不对呢？
A:
[图片]
Q:
老师，为什么我的解压以后却是这样的。[图片]
好奇怪
A:
索性把.zip格式的传群共享了
Q:
好的好的，谢谢老师，一上午搞这个都没有搞成功
[图片]老师，我在wham目录下make以后，接下来应该怎么处理呢？
麻烦老师指点一下，第一次自己装东西
A:
直接make[图片]
得到这俩就完事了
[图片][图片]
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2016.05.18 19:12:54
Q:
sob老师您好，群头像是分子的低能电子衍射图吗
A:
只考虑某些轨道情况下苯的ELF图
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2016.05.18 19:16:43
Q:
算 Au-O，Au-S的键能，发现用B97D3最好，这有什么说道吗？D3表明包含了弱作用很重要？
A:
不加D3改变多大？
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2016.05.18 19:17:12
Q:
请问群里有算过轨道延伸度的吗，可不可以指点一下，谢谢了
A:
你先得想个方式来定量表征这个概念
如果是诸如用rdf来描述，或者用ELF描述等，用Multiwfn计算很easy
可以看此文
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
以及DOI: 10.3866/PKU.WHXB20112786
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2016.05.18 19:21:09
Q:
B97D3去掉D，应该使用 B971或者B972吗？在G09中。
B97D3和B97D，算的结果Done 那里的能量一模一样
A:
我是指和B97比
要是和B97也差不多，B97好多半是巧合，目前没有什么证据表示这个泛函算键能有多好
Q:
错了，B97D和D3不一样。
B97在G09里面没有单独的，只有B971或B972，是试试这两个？
A:
B97D会输出色散校正能，把它扣掉即可
也可以尝试B98、B97-1、B97-2
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2016.05.18 19:25:44
Q:
sob老师出书，我要买两本
老师书是英文的吗
A:
中文
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2016.05.18 19:26:38
Q:
请问分子动力学时间是真实时间吗？
A:
是
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2016.05.18 19:29:33
Q:
请问一下能不能通过对比不同有机物的HOMO-LUMO值的大小来比较各个物质的稳定性呢？@Sobereva
A:
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
----------------------------------------------------
2016.05.18 19:30:07
Q:
sob老师，能推荐几篇用cas做基态和激发态势能面交叉的文献吗？谢谢老师
A:
J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8849-8856、J. Phys. Chem. A 2010, 114, 5195–5204、J. Org. Chem. 2013, 78, 3814−3820
----------------------------------------------------
2016.05.18 19:30:41
Q:
请问大家Isotropic polarizability高斯里面如何算呢？谢谢各位
A:
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
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2016.05.18 19:34:20
Q:
，请问采用溶剂模型计算二肽分子和一金属离子形成的复合物的结合能，是否跟气相中用复合体分别减掉两个单体的一样？
A:
肯定不一样，溶剂化能会改变，会影响相互作用能
Q:
，不是说数值，方法是否一样？
A:
一样
Q:
每个单体都计算了溶剂场效应，感觉被多减了一回？
计算复合物时考虑了一次溶剂场效应，计算每个单体时各考虑了一次溶剂场效应，算结合能时是不是减了两个溶剂场效应，多减了一个？@Sobereva
A:
不会多减
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2016.05.18 19:53:22
Q:
我把He单个原子Exchange term提取出来了。这个值是1个hartree，应该是0.
是不是这个就是自相互作用的问题啊
A:
更严格的说法，是对于类氢原子体系，如果电子间静电相互作用能（包括库仑+交换+电子相关）不为0，说明当前有SIE问题。HF的话交换项会把库仑项精确抵消，但DFT的话，交换泛函没法精确做到这一点，留下的那一点库仑作用就是SIE
----------------------------------------------------
2016.05.18 20:42:19
Q:
麻烦请教一下B3LYP中LYP表示什么含义？
A:
Lee-Yang-Parr相关泛函
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2016.05.18 20:43:48
Q:
[图片]这种看起来高大上的图，用什么软件可以做出来
A:
VMD、Pymol、chimera、jmol、sirius等等
我说的这些都是免费的
Q:
嗯，多谢sob老师，我研究研究
[图片]
用ChemBio3D出来这效果看起来不太好
A:
本来chem3D的图形效果就挺烂
----------------------------------------------------
2016.05.18 22:18:13
Q:
老师，请问一下在高斯优化作业中，关键词的5D,7F是什么意思？什么情况下需要加？
A:
球谐型与笛卡尔型Gauss函数的转换关系
http://sobereva.com/97
在基组那部分也已经讲了
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2016.05.18 22:27:22
Q:
sob老师，在NTO分析中hole，和前线分轨道中LUMO还是HOMO对应？(HOMO,LUMO 在跃迁中占主导)
A:
NTO里并没有hole的概念
multiwfn里的electron-hole分析对于此时hole对应HOMO
Q:
老师，hole代表空穴，为什么和占据轨道对应呢？
A:
电子激发可表示为 hole->electron 的跃迁
电子走了自然就留个空穴了
----------------------------------------------------
2016.05.18 23:15:47
Q:
请问老师，研究有机物反应能垒时计算单点能，M062X和双杂化泛函B2PLYP哪个精度更高呢？
A:
显然是后者。否我讲理论方法选择的时候不可能把双杂化放到更高位置
----------------------------------------------------
2016.05.19 01:12:22
Q:
请问输出文件里的这句话怎么理解：Number of steps in this run= 423 maximum allowed number of steps= 432
它与优化过渡态的实际步数分别如何理解
[图片]优化的分步看是跑了54步？
没理解
例如输出文件里显示Step number 4 out of a maximum of 423
这些到底有什么区别和联系
A:
allowed number of steps是程序里对当前任务根据内部规则确定的最大的步数，无论maxcyc设多大也不允许超过这个值。Number of steps in this run是当前实际最大步数上限
一般完全没必要管这个
----------------------------------------------------
2016.05.19 01:20:38
Q:
Error: segmentation violation
sob老师 Linux出现这个错误是什么原因要怎么解决？@Sobereva
A:
没有绝对能解决的办法
如果所有输入文件都有这个报错，换个高斯版本
----------------------------------------------------
2016.05.19 01:23:09
Q:
有的任务中间会用maximum force 看是否收敛了，如果收敛了，可以对应取出哪一步的结构，那它对应的当前步数，怎么确定？
A:
一看输出信息就能知道那个对应第多少步
----------------------------------------------------
2016.05.19 01:30:13
Q:
高斯怎么计算同位素
需要什么命令么
比如需要算10B的物质
A:
这种问题手册一搜Isotopes自行就解决了
----------------------------------------------------
2016.05.19 01:33:11
Q:
[图片]请问下这是什么问题
A:
自定义基组格式不对
----------------------------------------------------
2016.05.19 01:43:41
Q:
谢谢老师~我还想请问一下老师，使用 # b2plyp/def2qzvp输入，结果报错：
DoSCS=T DFT=T ScalE2(SS,OS)= 0.270000 0.270000
Fully direct method using O(OVN) memory.
Internal consistency failure #1 in GetIJB.
Error termination via Lnk1e in /home/user/g09D01/l906.exe at Wed May 18 16:45:26 2016.
要如何处理呢？
A:
输出文件传上来
程序bug
def2TZVP、cc-pVQZ都试试
Q:
跟老师汇报一声def2tzvp可以顺利算出来，cc-pvqz还是会出现上述的错误。[表情]
A:
这种基组至多用def2-TZVPP或cc-pVTZ也就够了
----------------------------------------------------
2016.05.19 01:47:14
Q:
Sob老师您好，用MECP算有机小分子的T1态和S1态的能量交叉点的命令怎么写
谢谢
谢谢你，我知道s0态和T1态的命令怎么写，但不知道s1态与T1态能量交叉点的命令怎么写，它们的命令有什么不同？
A:
把原先算基态对应的关键词改成算S1的关键词（如TD(root=1))，并适当修改extract_energy当中的内容以能够提取S1态的能量即可
----------------------------------------------------
2016.05.19 02:12:43
Q:
订阅CCL之后会发生什么？一天了邮箱里并没有动静(⊙o⊙)
A:
CCL近年来讨论量没以前多了
刚订阅的话一天内还没收到邮件是正常的
----------------------------------------------------
2016.05.19 02:17:00
Q:
老师，我用B3LYP-D3/6-311+G**/lanl2TZ(Mn)优化构型，如果算单点，用M06-2X-D3配什么基组计算比较好？
A:
基组没必要变
Q:
基组这样就可以了是吗？只需要把方法提高一点就可以？
用B2PLYP-D3如何？
A:
基组要想好点，def2-TZVP，如果必须有弥散再加个ma-
基组可以Lanl2TZ(f)
可以
Q:
因为计算结合能依然为负，我想是不是该提高一点精度
老师，may-def2-TZVP在基组库里没找到
去他们的官网找吗？
整体都用def2-TZVPD可以吗
A:
看讲义里基组部分关于def2加弥散的说明
Q:
我看到了，老师，得去那个网站自己拷贝了
明尼苏达基组数据库
老师，明尼苏达基组库里只有ma-def-TZVP
[表情]还是用def2-TZVPD吧
A:
明尼苏达基组库里没有ma-def-TZVP，有的是ma-TZVP，这是ma-def2-TZVP的缩写
----------------------------------------------------
2016.05.19 02:23:01
Q:
请问下，下午冒死去了中关村，然后找了几个服务器报价，，麻烦老师帮忙看看哪个可以考虑[图片]
A:
看讲义里基组部分关于def2加弥散的说明
主板都买双路了，还用单CPU，多亏
如果做量化，16GB根本不够
Q:
那第三个怎么样？买回来就用高斯算算激发态然后用用MS
A:
内存白菜价，还不多来点
Q:
内存可以再加
我看他给的三星8G的300块
A:
还不如努把力，上2630 v2，频率增加0.5G
以后内存绝对不可能比现在更低，再加还麻烦，而且一次四条直接四通道也比双通道性能略好点
以后内存价绝对不可能比现在更低，再加还麻烦，而且一次四条直接四通道也比双通道性能略好点
Q:
[图片]这样
这个主板没听过
A:
一条16GB DDR3 ECC也就500左右，也就加1000就能升到16GB
Q:
嗯，老师，那大概这个思路和价格可以吗，，，不晓得这家价格怎么样
A:
价格凑合
Q:
老师，这是第一次攒，，这么搭配，能满足简单的计算吗？或者说攒的凑合吗？
A:
凑合
----------------------------------------------------
2016.05.19 02:40:11
Q:
请问第一性原理波函数分析的lobster软件官网是哪个
A:
http://www.cohp.de/
Q:
lobster下不下来啊
http://www.cohp.de/
A:
http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6
[图片]
----------------------------------------------------
2016.05.19 02:50:49
Q:
请问sob老师：高斯09里面算构型的时候，能量越算越大是怎么回事呀？该怎么解决呢？
老师，这个构型已经用M06L方法优化过了，是用它的最低能量的坐标，再算BP86方法的时候出现的能量越算越大的情况呀！
A:
没什么新鲜的
调整初猜结构、尝试别的级别、calcall等等
----------------------------------------------------
2016.05.19 02:55:37
Q:
老师，我请教一个问题，就是我有一个过渡态，设定步长为5的时候，只跑出两个点；设定步长为20的时候，任然只能跑出两个点。这个应该怎么解决？谢谢！
A:
找过渡态根本没法设步长，每一步的步长和方向是根据优化算法决定的，能设的仅是步长上限
----------------------------------------------------
2016.05.19 03:09:06
Q:
请教一个有点泛的问题，ONIOM在Layer的选取上，除了需要研究的对象要考虑更加昂贵的办法意外，还有什么需要注意的问题吗？
比如说，一个簇，如果使用ONIOM，只把金属原子指定为Def2SVP，其他的非金属原子指定为PM6，这样做会不会有什么计算上的局限性？
不好意思说错了，金属原子指定为B3LYP，其他的非金属原子指定为PM6，这种
我大概明白你的意思了，那么还有一个问题，如果按你所说是按空间划分的，比如说一个苯环被拆成了两个Layer，这样的结果是否可以被接受？
空间上相邻的两个Layer的意思
A:
完全不能被接受。ONIOM的大忌就是分层时候打断共轭的键
没特殊必要非用ONIOM的时候一定不要用
能用混合基组解决问题就用混合基组
----------------------------------------------------
2016.05.19 03:09:06
Q:
sob老师，您上课说弥散函数对势垒计算精度有不小改进，但在单点能的案例中基本没看到有加弥散的。因此在计算势垒的单点能时是否需要加弥散呢？（计算量充裕的时候）
A:
如果基组已经3-zeta了，计算量还有富裕，可以加弥散
----------------------------------------------------
2016.05.19 03:33:18
Q:
老师，我可能表达有歧义。我的意思是说我已经算出一个过渡态，现在是用IRC验证，但是在验证的过程中发现，设定步长为5的时候，只跑出两个点；设定步长为20的时候，任然只能跑出两个点。
A:
过渡态定位精度不够
Q:
您的意思是说：这个过渡态可能还不是鞍点？
A:
看具体报错提示
Q:
他的意思好像是正常结束，跑了2个点一边一个
A:
此时跟LQA无关
老生常谈的一张图，发过N遍
[图片]
----------------------------------------------------
2016.05.19 03:36:10
Q:
sob老师，计算弱相互作用，我是不是可以先用 B3LYP/6－311优化和计算频率，然后再用B3LYP/6－311＋＋（d，p）水平，并加D3校正，计算单点能？极化函数和弥散函数和D3校正，对构型和频率的影响不大，但是对能量精确度影响较大？这样理解对吗？谢谢老师。
A:
不存在6－311
6-311G不加极化根本没法用
Q:
大体系算起来太慢了
A:
如果连6-311G*都优化不动，看
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
优化时候直接加D3
----------------------------------------------------
2016.05.19 03:39:37
Q:
[图片]老师ppt上的这个图有计算实例吗？
A:
原子电荷怎么算第四天下午讲了啊
----------------------------------------------------
2016.05.19 03:47:48
Q:
但是，有时候我的过渡态的scf=8，走irc也出现这种情况，为什么呢
A:
根本不一码事
默认就是scf=conver=8
----------------------------------------------------
2016.05.19 03:48:47
Q:
现在scihub网站失效了？
有新网址不？
A:
看群规
见群共享
----------------------------------------------------
2016.05.19 04:02:46
Q:
我用下面两种方法做NTO，结果差别很大，请问哪个对？
第一个：
#p Geom=Check cam-b3lyp/genecp Guess=(Read,only) nosymm density=(check,transition=1) pop=(saveNTO,NTO) test
第二个：
#p Geom=Check TD=(NStates=10,singlets) cam-b3lyp/genecp scrf=(cpcm,solvent=thf) Guess=Read nosymm density=transition=1 pop=(saveNTO,NTO) test
A:
2
不要写垃圾关键词test
Q:
请问第一个错在哪里？
A:
连TD都不写作何NTO分析
----------------------------------------------------
2016.05.19 04:14:56
Q:
请教一下，用GAMESS程序的时候有个对应的SBKJC基组表，但是其中没有U原子的，怎么办呢，自编的基组在这个程序中不能用
A:
自定义基组能在GAMESS-US利用，自己拷SDD的定义就完了
----------------------------------------------------
2016.05.19 04:18:18
Q:
SOB老师论坛密码忘了，找回密码一直收不到邮件
A:
把你的注册信息，包括用户名，邮箱等等都发给我，我给你重置
----------------------------------------------------
2016.05.19 04:48:46
Q:
编写的基组对于U原子
U 0
S 4 1.00
12.125253 0.021921
7.161545 -0.225160
4.774836 0.560299
2.011693 -1.071209
S 1 1.00
0.586852 1.000000
S 1 1.00
0.279115 1.000000
S 1 1.00
0.063372 1.000000
S 1 1.00
0.025611 1.000000
P 4 1.00
17.254770 0.001398
7.735356 -0.033346
5.155878 0.110578
2.241670 -0.317268
P 1 1.00
0.581858 1.000000
P 1 1.00
0.267908 1.000000
P 1 1.00
0.083442 1.000000
P 1 1.00
0.032130 1.000000
D 3 1.00
4.841070 0.005731
2.160162 -0.057236
0.575630 0.238828
D 1 1.00
0.278136 1.000000
D 1 1.00
0.124879 1.000000
D 1 1.00
0.051548 1.000000
F 3 1.00
2.436441 0.355011
1.144682 0.400846
0.529693 0.304679
F 1 1.00
0.240596 1.000000
F 1 1.00
0.101867 1.000000
G 1 1.00
1.18 1.000000
G 1 1.00
0.42 1.000000
****
U 0
U-ECP 5 78
G POTENTIAL
1
2 1.000000 0.000000
S-G POTENTIAL
3
2 4.063653 112.920103
2 1.883995 15.647500
2 0.886567 -3.689971
P-G POTENTIAL
3
2 3.986181 118.758016
2 2.000160 15.077228
2 0.960841 0.556720
D-G POTENTIAL
3
2 4.147972 60.855892
2 2.234563 29.280047
2 0.913695 4.998029
F-G POTENTIAL
3
2 3.998938 49.924035
2 1.998840 -24.674042
2 0.995641 1.389480
G-G POTENTIAL
2
2 3.817422 -36.040977
2 0.262501 -0.090511 GAMESS程序显示有不能识别的内容
A:
你用GAMESS程序，哪能用高斯的格式
Q:
那相应基组怎么改成GAMESS程序识别的格式呢 Sob老师
A:
[图片]
Q:
老师，U原子对应的只有这几个基组可以用，一般哪个比较常用呢[图片]
A:
stuttgart
----------------------------------------------------
2016.05.19 04:58:47
Q:
真是个纠结的问题，使用高斯里的amber力场方法算蛋白，关键字：#p opt amber nosymm geom=connectivity。有人说，如果不加电荷的话，程序会自动为每个原子添加电荷。真的这样吗？
A:
自己不设电荷，又没写=qeq，是不会自动给原子添加电荷的
----------------------------------------------------
2016.05.19 05:05:16
Q:
各位老师好，我计算频率的时候，stdout输出文件是这样的[图片]
这是不是有问题啊
没有波数也没有频率啊
出现的都是能量的样子，感觉不是在算频率....
A:
Hessian是能量对坐标的导数，有限差分显然得计算不同位移坐标时候的能量
----------------------------------------------------
2016.05.19 06:03:54
Q:
老师，Au的def2tzvpd 自定义赝势基组总是输不对，怎么改[图片]
A:
上传输入文件
----------------------------------------------------
2016.05.19 06:14:00
Q:
老师，采用SCIPCM模型自定义溶剂（按照PCM模型那种自定义溶剂）时运行出错，[图片]，这里哪错了？谢谢老师@Sobereva
A:
输入文件格式不对
Q:
%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=DMDSS.chk
# mp2/6-31++g(d,p) scrf=(scipcm,solvent=generic,read) geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C 1.78812300 0.81804700 0.38390700
H 1.31676700 1.78449200 0.21840900
H 1.84462500 0.61150900 1.44991300
H 2.79584100 0.84633700 -0.02979900
C -1.78812300 0.81804700 -0.38390700
H -1.84463100 0.61150500 -1.44991200
H -2.79583900 0.84634200 0.02980400
H -1.31676300 1.78449100 -0.21841500
S 0.90905000 -0.50941400 -0.48111100
S -0.90905000 -0.50941400 0.48111100
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 9 1.0
2
3
4
5 6 1.0 7 1.0 8 1.0 10 1.0
6
7
8
9 10 1.0
10
EpsInf=2.208
Eps=45.60
Rsolv=4.00
老师，这是我的输入文件@Sobereva
A:
geom=connectivity和连接关系部分都去掉
PS: SCIPCM比默认的IEFPCM一丁点好处没有，多费时间不少
----------------------------------------------------
2016.05.19 06:37:39
Q:
请教一下色散校正若是用在强相互作用上结果会怎样
从结果看好像是高估了好多相互作用能
A:
没用
根本不是色散校正的事
讲义中说了色散校正用了阻尼函数，近距离（强相互作用范围）色散校正本身不会起到任何作用
----------------------------------------------------
2016.05.19 07:05:00
Q:
[图片]
[图片]
这表示是提交成功了么@乐平
[图片]这样表示成功了么？@乐平
top查看没有PID=19585的
A:
[图片]
Q:
[图片]@乐平
[图片]
A:
好好写source
根本没必要手动把目录加到PATH里
----------------------------------------------------
2016.05.19 07:08:40
Q:
sob老师，长程校正的公式中erf代表什么？
A:
error function
详见wiki
----------------------------------------------------
2016.05.19 07:09:48
Q:
[图片]老师我在用multiwfn+VMD研究弱相互作用。左边的图是师兄画的，右边的是我画的。但是我的等值面没有显示红色（位阻效应）。没有他的图形的等值面好看。请问该怎么调？@Sobereva
A:
如果你认为他的是正确的就错了
他的等值面数值取得太大
[图片]
Q:
他增大了spike对应等值面的RDG值？
A:
恩
Q:
那也就是说我的反而相对来说正确一点
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.05.19 07:42:46
Q:
windows 32位的VMD能在64位系统下工作吗？
为什么MOValue.cub文件拖不进主窗口
[图片]
拖不进去
A:
用multiwfn打开movalue.cub，在主功能0看看是否能正常观看等值面以确认cube文件没问题
Q:
[图片]
没问题
[图片]
load也不行
系统是win10
A:
文件发给我
能载入，一拖就进去
[图片]
----------------------------------------------------
2016.05.19 08:05:59
Q:
请教个问题，orca里的ri-mp2能算动基函数1500的体系？只做单点，不opt
这么强大啊
ri-mp2算出来的能量准确性怎么样
A:
没问题
不过能算得动MP2就不如用双杂化
Q:
sob老师说的orca里的双杂化吧？
我试过gaussian里的mp2，基组1300还不到，单点都搞不动
A:
高斯里MP2和ORCA的ri-MP2计算耗时不是一个数量级的
Q:
用习惯高斯，嘿嘿
看来得学学orca了
A:
1500基函数，四核机子ORCA RI-MP2一个小时就能算出来
Q:
这效率提高的也太大了吧
用了RI的双杂化泛函也是这般的效率？
A:
y
Q:
那精确度呢，ri-mp2得到的能量和不用ri比，能量差在什么级别？
A:
差异对于一般化学问题的研究可以忽略
Q:
这么牛的技术，高斯怎么不用啊
A:
高斯早晚要把RI整好
----------------------------------------------------
2016.05.19 08:19:54
Q:
通常说来MP2给出最优结构趋势，与CC给出的是一致的吗……按理应该一致吧
A:
绝大多数情况极小点是差不多的
不过有些MP2搞不好的问题还是会有差异，诸如牵扯到过渡金属、电子结构复杂的情况
Q:
就考虑纯单参考体系
A:
这种情况结构没什么差别
----------------------------------------------------

复制代码

一直走 · 发表于 Post on 2016-5-22 18:59:52

看到自己问的弱智问题，才知道 Li 整理的是多详细，都不带换符号的~

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-22 20:49:37

一直走发表于 2016-5-22 18:59
看到自己问的弱智问题，才知道 Li 整理的是多详细，都不带换符号的~

写好的程序自动干了大多数事情，想去换符号还麻烦了。。。
作为一个重复三次以上的电脑操作就会想办法自动化的人，是绝对绝对不可能挨个copy-paste的。。。

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