计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14918|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 请教orca加速问题

[复制链接 Copy URL]

108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请教各位老师,我分别用两个orca命令计算同一个物质的基态结构优化,前面一个命令计算用了大约24h,后面一个命令现在已经计算了50h了还没有算完,而且在后面一个命令里,我用了加速命令,理论上应该比前面的命令用时更短,是我后面这个命令有错误吗?

%pal nprocs 4
end
! RHF  6-31G Opt TightSCF SlowConv
! NumFreq
! COSMO(THF)
%geom Calc_Hess true; NumHess true
   end



%pal nprocs 4
end
! B3LYP RIJCOSX def2-TZVP def2-TZVP/J TightSCF Opt Numfreq
! COSMO(THF)
%geom Calc_Hess true; NumHess true
   end


51

帖子

0

威望

1267

eV
积分
1318

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2016-5-23 13:06:11 | 只看该作者 Only view this author
上面的有SlowConv,下面没有啊,而且上面的的HF,下面是DFT,上面是6-31G,下面TZVP基组大多了啊.

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
冰释之川 + 1

查看全部评分 View all ratings

1149

帖子

6

威望

6633

eV
积分
7902

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2016-5-23 14:04:29 | 只看该作者 Only view this author
"理论上应该比前面的命令用时更短" 没看出来
还有你理解"Numfreq"的意思吗?为何不用"freq"

虽然orca使用很简单,但是还是建议你把每个关键词代表的意思理解了再开始算

108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-23 15:29:49 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2016-5-23 14:04
"理论上应该比前面的命令用时更短" 没看出来
还有你理解"Numfreq"的意思吗?为何不用"freq"

我只知道Mum是算数值频率,freq是算解析频率,数值频率慢

108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-23 15:30:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingliping1108 于 2016-5-23 15:41 编辑
amani73986 发表于 2016-5-23 13:06
上面的有SlowConv,下面没有啊,而且上面的的HF,下面是DFT,上面是6-31G,下面TZVP基组大多了啊.

请问slowconv是不是在有过渡金属的时候才用啊?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2016-5-23 15:50:21 | 只看该作者 Only view this author
数值频率不仅很慢精度也比解析的差。
def2-TZVP大体在6-311G(2df,p)程度,比6-31G慢得不是一星半点。
slowconv仅当你计算出现SCF不收敛再用,平时没事没必要用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

51

帖子

0

威望

1267

eV
积分
1318

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2016-5-23 16:25:19 | 只看该作者 Only view this author
dingliping1108 发表于 2016-5-23 15:30
请问slowconv是不是在有过渡金属的时候才用啊?

看看sob的回答吧,数值频率就是NUMFREQ那个,一般都是方法没有解析频率的时候采用算的特别慢。

108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-23 16:27:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingliping1108 于 2016-5-23 16:40 编辑
sobereva 发表于 2016-5-23 15:50
数值频率不仅很慢精度也比解析的差。
def2-TZVP大体在6-311G(2df,p)程度,比6-31G慢得不是一星半点。
slo ...

谢谢sob老师指导,再请问sob老师,在寻找过度态和结构优化的时候的时候,是不是用Hybrid_Hess这个命令比用Calc_Hess true命令计算要快一些? Hybrid_Hess是不是只计算某几个原子的hess? Calc_Hess true命令是不是每一步都计算精确地hess矩阵?

%geom Calc_Hess true # calculation of the exact Hessian before the first optimization step


Hybrid_Hess # requests the calculation of a Hybrid Hessian  for the atoms 0, 1, 5 and 6 instead of the exact Hessian.
[0 1 5 6]
end


108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-23 16:41:12 | 只看该作者 Only view this author
amani73986 发表于 2016-5-23 16:25
看看sob的回答吧,数值频率就是NUMFREQ那个,一般都是方法没有解析频率的时候采用算的特别慢。

非常感谢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2016-5-23 16:54:35 | 只看该作者 Only view this author
dingliping1108 发表于 2016-5-23 16:27
谢谢sob老师指导,再请问sob老师,在寻找过度态和结构优化的时候的时候,是不是用Hybrid_Hess这个命令比 ...

Hessian肯定每一步都要计算,否则优化没法做。但是Hessian可以精确计算,也可以近似估算。
Calc_Hess true是指在第一步的时候精确计算Hessian,相当于高斯的calcfc。如果以后打算每步或隔几步精确算一次Hessian,用recalc_hess
Hybrid_Hess是指计算Hessian的时候只对其中几个原子精确计算而且它的近似估算,所以比所有原子都精确计算更省时。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-24 10:12:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-23 16:54
Hessian肯定每一步都要计算,否则优化没法做。但是Hessian可以精确计算,也可以近似估算。
Calc_Hess tr ...

谢谢sob老师指导,再请教您,您之前给我推荐的M062X这个方法,orca如果用M062X只能计算数值频率,不能计算解析频率,对于60个原子的有机物(主要原子C H O N)除了起步的B3LYP,orca还有没有别的更精确地方法?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2016-5-24 15:54:31 | 只看该作者 Only view this author
dingliping1108 发表于 2016-5-24 10:12
谢谢sob老师指导,再请教您,您之前给我推荐的M062X这个方法,orca如果用M062X只能计算数值频率,不能计 ...


如果弱相互作用对体系构象影响不明显,就用B3LYP就够了,或者用纯泛函,这样在ORCA里快得多。弱相互作用若影响明显加个D3就完了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-24 16:50:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-24 15:54
如果弱相互作用对体系构象影响不明显,就用B3LYP就够了,或者用纯泛函,这样在ORCA里快得多。弱相互作 ...

谢谢sob老师指导

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 09:24 , Processed in 0.296239 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list