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[ORCA] 求助:orca计算opt+freq速度太慢,请问可以gaussian优化结构+频率,orca算单点吗?

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发表于 Post on 2022-10-31 22:22:26 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
如题,计算Gibbs自由能时,用orca跑构型优化+频率,速度太慢,用稍大点基组(def2-TZVP)经常在跑频率时终止。尤其是加了“D”之后更是慢的要命。请问能否用Gaussian进行结构优化和频率计算,获得Correction,然后用orca计算单点?我看sob的molclus和在博文中“使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据”也是这样用。我的疑问是发表正式文章能否也这样做?谢谢大家

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发表于 Post on 2022-10-31 22:38:30 | 显示全部楼层 Show all
当然可以

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-31 22:45:25 | 显示全部楼层 Show all

非常感谢

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发表于 Post on 2022-11-1 00:00:32 | 显示全部楼层 Show all
是不是你用的旧版(4.2.1及以前)的orca,且没有开RIJCOSX?用新版orca会快很多。
一定要用高斯做opt freq的话,记得用Shermo算Gibbs energy correction,不要读高斯自己输出的数值,高斯的RRHO方法算大体系不靠谱
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2022-11-1 05:32:52 | 显示全部楼层 Show all
做opt freq几乎没有需要给def2带D的情况。而且就算真碰上负电荷特别集中在某处的情况,也建议用ma-而不是D方式加弥散,后者是给极化率计算专门优化的,原理上并不如ma-适合通用目的。
一般的opt freq目的用def2-TZVP(-f)就完全够了(要更便宜还可以6-311G*结合def2/J辅助基组),def2-TZVP都完全没必要。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 10:31:06 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-11-1 00:00
是不是你用的旧版(4.2.1及以前)的orca,且没有开RIJCOSX?用新版orca会快很多。
一定要用高斯做opt freq ...

感谢回答。我用的是5.0.3.也开了RIJCOSX,用的是autoaux,因为算的是碳量子点吸附过硫酸根阴离子,想计算弱相互作用。原先没加弥散,用B3LYP+def2-TZVP,计算opt+freq,速度非常慢,并且最后报错。改成TZVP(-f),还是不行。
坐标应该也没问题,因为是用sob老师的Molclus筛选出来的,经过Gaussian的opt+freq优化过的,orca也算过单点,都没问题也没虚频。但一旦用orca的大基组进行opt+freq,最后就报错。
下面是输入文件
! B3LYP D3 def2-TZVP autoaux RIJCOSX opt freq CPCM(WATER) tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  7000
%pal nprocs  16 end

* xyz   -1   1
  C   -1.70628387211022      6.22483360873826      1.39534028258150
  C   -1.21717620228967      4.89628646152625      1.40200597224086
  C   0.11404591488175      4.62290430272119      0.97199200411315
  C   0.94493744239759      5.67216751103268      0.53466921836921
  C   0.45329216182292      7.00768649867219      0.52575689870352
  C   -0.86727465974248      7.27903889116882      0.95613198917310
  C   2.27045838909075      5.40064012523767      0.10074804771741
  C   3.10492211953986      6.47407970950472     -0.34657545641130
  C   2.61668957469062      7.80440412533293     -0.34819931355461
  C   1.28538427515131      8.06278944916311      0.08539476172878
  C   0.60655927754520      3.28890962165826      0.98392410213745
  C   1.92800841867811      3.02056668897993      0.55821023864867
  C   2.75647086968352      4.07952952994243      0.11337395659803
  C   4.09050869325809      3.80011313199282     -0.32525299984702
  C   4.91336733528666      4.86207935255847     -0.77734679607963
  C   4.41955195285621      6.19726651533946     -0.78627362750152
  C   5.23511733419725      7.26862613872991     -1.23811038256189
  C   4.74551110074915      8.57374788636183     -1.23380341533581
  C   3.45828866927457      8.87410410453982     -0.78702203664384
  C   6.23597853121854      4.61383404915085     -1.22530492512592
  C   7.04539647172343      5.69011194714034     -1.67964264872918
  C   6.56743642243262      6.96740546941383     -1.68787467594826
  C   -2.04484307651477      3.83725316332847      1.83367968812571
  C   -1.55872485320375      2.50375959042195      1.84466341478720
  C   -0.23166952571856      2.22927877286707      1.42454182491103
  C   0.26980872749087      0.90170804102763      1.43998493488002
  C   1.58920738011595      0.65869164964363      1.01619568821600
  C   2.40992282813213      1.67787903042170      0.58307222750333
  C   3.78755117598129      1.36421744814304      0.14770964706286
  C   4.60433842988140      2.49035461844191     -0.31881241274883
  C   5.91322181626743      2.25309309973415     -0.75979014527456
  C   6.71392283648454      3.28246339224435     -1.20475896437345
  O   4.22778921849163      0.20787396487111      0.17637693809009
  C   2.91302777841516     10.21727299555122     -0.77479605411206
  H   8.05248083189286      5.48909744805675     -2.01939991541968
  H   6.29227692330617      1.23868624309949     -0.74879028390006
  H   5.38566623662620      9.36749938261463     -1.57657479374186
  C   -2.38331706428747      1.43826194773332      2.27351933757212
  C   -0.59032355033795     -0.14308564785498      1.89016588127834
  C   -1.87805906811600      0.12198949958640      2.28981437737297
  H   -2.51284414670618     -0.68747082822472      2.62492453972054
  C   -3.04340044239443      6.48342519859398      1.83380974935876
  C   -3.37217942141520      4.10130314276867      2.26016366757580
  C   -3.72627135611335      1.73264615494581      2.68733551672128
  C   -4.19297611441198      3.02032366533564      2.68068023288739
  C   -3.83888815989384      5.42442435068356      2.25526821556780
  H   -5.20583375633567      3.22935397144687      2.99871463181932
  H   -4.85461701745660      5.58489923509219      2.59565610220663
  H   1.97635220219691     -0.34962941964549      1.02618273945358
  O   -0.06757751656855     -1.39576209999649      1.89966615154807
  H   -0.72668743396379     -2.02453886568935      2.22752623152998
  C   -3.50201137732690      7.85455862490542      1.81578578441077
  C   -1.36176130003907      8.61839494891195      0.94889383127558
  C   -0.52864613923816      9.64346186717232      0.50728398187166
  H   -0.89746636277344     10.66215429795760      0.49601740852087
  C   1.62681061768791     10.43800537285522     -0.37281181803162
  H   1.23284827422059     11.44447113394205     -0.36697342266453
  C   3.74259844606237     11.39705895398030     -1.13197673525444
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  C   0.77746417825817      9.38815373160248      0.07601260622971
  O   4.95154772169478     11.46855748164198     -1.03932368410067
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  H   8.20973205943319      2.14083724347412     -1.58449529615530
  O   7.30548546968255      8.02574526238044     -2.10953911417997
  H   8.18164552294906      7.72297333899390     -2.38923452251491
  O   -4.47559882796261      0.67601689970822      3.07279127158462
  H   -5.36207779277821      0.97306098878628      3.38916534423407
  S   -7.06958962741926      2.22982786576669      5.15804104097883
  O   -7.10540185282405      3.65147601955983      4.86905882585286
  O   -5.58151832090721      2.17181104808481      5.93481008783130
  O   -6.92918310004836      1.37084374075897      3.97712123969353
  O   -8.03979482204307      1.73774764481751      6.11798583445881
  O   -5.31559711134998      0.81561044778439      6.38072010148041
  H   -5.75087524494251      0.80987926075857      7.25134511690153
*

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 10:57:48 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-11-1 05:32
做opt freq几乎没有需要给def2带D的情况。而且就算真碰上负电荷特别集中在某处的情况,也建议用ma-而不是D ...

感谢sob大神。我们课题组上个月闲聊,说sob老师对国内量化计算的贡献比那些院士们大多了,是真正的大牛,多少人是看着您的帖子听着您的课学会量化计算的。
像上面回复非常热心的wzk老师,我做的是碳量子点吸附过硫酸根负离子,最早没有加弥散,都很顺利。但是后来想起来,那样做不严谨,于是想弥补一下。先用Multiwfn生成加弥散(ma-),结果运行出错,报错:“Warning! Potentially linear dependencies in the auxiliary basisf.....”,SHARK is not equipped to deal with this ....   SHARK都没启动
————我知道哪里的问题了,应该是Multiwfn生成的文件里用的是“autoaux”,这里联用“ma-”是不是有问题,我马上试试改为“def2/J”,有结果了再回复,非常感谢帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 11:03:14 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-11-1 05:32
做opt freq几乎没有需要给def2带D的情况。而且就算真碰上负电荷特别集中在某处的情况,也建议用ma-而不是D ...

sob老师,看来是“autoaux”与“ma-”不太匹配,把autoaux改为def2/J,用"ma-"可以正常运行了。后面我改小一点基组再试试freq。非常感谢!

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发表于 Post on 2022-11-1 11:37:15 | 显示全部楼层 Show all
reid 发表于 2022-11-1 10:57
感谢sob大神。我们课题组上个月闲聊,说sob老师对国内量化计算的贡献比那些院士们大多了,是真正的大牛, ...

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发表于 Post on 2022-11-2 07:39:51 | 显示全部楼层 Show all
reid 发表于 2022-11-1 11:03
sob老师,看来是“autoaux”与“ma-”不太匹配,把autoaux改为def2/J,用"ma-"可以正常运行了。后面我改 ...

用ma-的主基组时,autoaux自动产生的辅助基组往往弥散程度太高,导致线性相关,是常见问题。论坛里之前有不少讨论可以搜到
def2/J是为不带弥散函数的标准的def2设计的辅助基组,结合带ma-的情况原理上说不通,虽然很多人实测也没明显问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-19 21:44:17 | 显示全部楼层 Show all
再次感谢sob大神的回复。前面用了各种招数,加ma后要么不收敛,要么无限期计算,均以失败告终。使用gCP吸附能仍旧是正值,最后采用sob老师的《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html,不加弥散,使用了较大基组def2-TZVPP,最终获得了负的吸附能

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发表于 Post on 2022-11-19 22:01:04 | 显示全部楼层 Show all
就我的体感而言,ORCA算40个原子以上的频率的时候消耗系统资源比Gaussian大得多(虽然速度不慢),很多时候每核给1500MB内存都完成不了计算。Gaussian同样条件下就能够完成计算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-24 11:12:43 | 显示全部楼层 Show all
ionexchangeC 发表于 2022-11-19 22:01
就我的体感而言,ORCA算40个原子以上的频率的时候消耗系统资源比Gaussian大得多(虽然速度不慢),很多时候 ...

同感!以前用windows版只是觉得慢,后来改成linux版,一直死掉,后来发现是给的内存太少,现在用linux版一般是不能少于10G/核。为了计算频率,刚把服务器内存升级成64G/条

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