求助：PBS提交VASP效率异常变低

含光君

各位老师好：
最近我在编译VASP 6.3.0+vaspsol+VTST完毕后，运行make test可正常结束。vaspsol与VTST功能均可正常实现。但实际使用时发现，若使用PBS提交任务（调用56核），计算效率奇慢无比，大概几十分钟一个电子步。而用 mpirun -np 56 vasp_std 在终端提交时，计算效率又很正常。（注：使用的机器为56核，超线程开启）

PBS提交脚本：

1. #!/bin/sh
   
2. #ulimit -s unlimited
   
3. #PBS -l nodes=1:ppn=56
   
4. 
   
5. source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
   
6. 
   
7. cd $PBS_O_WORKDIR
   
8. 
   
9. mpirun -np 56 vasp_std > run.log
   

复制代码

分别用top查看两种不同方式提交任务后的进程信息，发现使用队列提交时，56个进程cpu使用率超过了100%，但总cpu占用率却不到50%。而mpirun命令行提交则进程负载较为正常。如图：

qsub提交：



mpirun提交：


重新编译了不带vaspsol和VTST的版本后此问题依然不能消除，并且队列系统提交其他程序的任务也无异常。因此可能是编译VASP本身过程中存在一定问题，编译过程参考了sob老师写的《VASP最简单的安装方法》博文（http://sobereva.com/455），但排查了几天没有头绪，请各位老师指点！

附件为本人编译的过程笔记： vasp vaspsol VTST.txt (2.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

2022-11-1 12:35 上传 Uploaded

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编译笔记

万里云

这种每个进程CPU占用超过100%的，一般是编译时开了OpenMP，又没有正确设置线程数。

在脚本里把OMP_NUM_THREADS和MKL_NUM_THREADS设置成1试试。

含光君

万里云 发表于 2022-11-1 15:06
这种每个进程CPU占用超过100%的，一般是编译时开了OpenMP，又没有正确设置线程数。

在脚本里把OMP_NUM_T ...

谢谢解答！我去尝试一下！

abin

又是一个超线程受害者。
要么合理配置调度器，
要么关闭超线程。

含光君

2楼正解！