簇模型研究酶催化反应时手动放置催化水分子遇到的问题

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-11-1 17:23:43

各位老师好！最近在做一个钙离子依赖酶的簇模型搭建与分析，我把底物放置进簇模型中后，考虑了结合口袋附近组氨酸三种不同的质子化状态（HID,HIP,HIE），首次结构优化，并没有放置催化水分子，最终三种组氨酸不同的质子化状态的簇模型都优化成功，符合预期，但是去放置水分子的时候，优化的结构跑偏了，当时考虑时SN2反应，水分子（O），底物羰基(C)，以及断裂的C-O，角度设置为120°左右，然后将催化水与攻击底物羰基O的距离设置为2埃左右。请问这样操作有什么问题？该如何解决

PS：催化机理的预测与推断是，首先与金属配位的Asp抽取催化水分子的质子，导致水分子的亲核性提升，然后再攻击底物的羰基C

mol · 发表于 Post on 2024-4-6 10:35:11

lz请问最终这一问题有答案了吗？

sun877469558 · 发表于 Post on 2024-4-17 02:00:24

mol 发表于 2024-4-6 10:35
lz请问最终这一问题有答案了吗？

不好意思，后续没有再跟进

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[综合交流] 簇模型研究酶催化反应时手动放置催化水分子遇到的问题