amber20如何使用plumed2.8.1

scottie

请教各位老师，最近我想复现一篇文献中的内容，使用amber18结合plumed跑Metadynamics，然后得到自由能随CV的图（是两个原子距离的差值）。
现在我已经安装好amber20和plumed2.8.1了。但是却不知道如何在amber20里面怎么使用plumed？amber20的手册里面只看到支持plumed这一句话，没有任何介绍具体使用方法，plumed官网上面的教程都是gmx的。
所以想请教各位老师，在amber20里面如何使用plumed2.8.1

霜晨月

Amber20能做ABMD（Adaptively biased MD），不用外接Plumed。
Manual说：The ABMD method grew out of attempts to speed up and streamline the metadynamics method for free energy calculations with a controllable accuracy.

sylar

Amber有ABMD，不用外接

一个用户名

首先，确保plumed安装目录已经被加入了环境变量$PATH中，同时plumed的lib目录被加入了环境变量$LD_LIBRARY_PATH中。
随后，直接在AMBER输入文件的&cntrl段落中中加入以下部分：

1. -plumed=1, -plumedfile='[plumed_file]'

复制代码

[plumed_file]为你编写的plumed控制文件。直接启动sander/pmemd，即可激活PLUMED。

scottie

一个用户名 发表于 2022-11-2 15:53
首先，确保plumed安装目录已经被加入了环境变量$PATH中，同时plumed的lib目录被加入了环境变量$LD_LIBRARY_ ...

嗯，多谢了，
我找到了一个老版本的plumed的pdf手册，里面介绍了在amber里面的用法

scottie

一个用户名 发表于 2022-11-2 15:53
首先，确保plumed安装目录已经被加入了环境变量$PATH中，同时plumed的lib目录被加入了环境变量$LD_LIBRARY_ ...

还想请教一下关于plumed的问题，如果做Metadynamic的plumed.dat里面我写了height为0.1，sigma为0.01，计算完成得到了HILL文件然后进行分析得到PMF，如果我想对这个轨迹做分析（height=1.， sigma=0.1），具体参数改变，这种情况下，我是否还需要重新跑轨迹（跑之前修改对应plumed.dat文件）？有没有方法可以直接对这个轨迹做更改了参数的分析，得到PMF

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scottie 发表于 2022-11-8 19:00
还想请教一下关于plumed的问题，如果做Metadynamic的plumed.dat里面我写了height为0.1，sigma为0.01，计 ...

MetaD参数不同，模拟出来肯定是两条完全不同的轨迹，完全没有可比性。
我觉得你可能对MetaD的基本原理缺乏理解，MetaD是在模拟过程中实时调整偏置势的，体系的轨迹与当前时刻的偏置势密切相关，怎么可能用一套参数的轨迹去做另一套参数的计算呢？