antechamber计算去质子化聚丙烯酸AM1-BCC原子电荷求助

Joceeen · 发表于 Post on 2022-11-3 16:40:14

使用ambertool计算聚合度为24的完全去质子化的聚丙烯酸，结构如下，使用了“./acpype.py -i PAA.mol2 -n -24”命令。但是却出现了如下报错：

参考社长对其他类似问题的答复，是键连方式无法识别，但是聚丙烯酸中C键连应该是单键，这里应该没有问题。

请问若还想用ambertool计算，该怎么处理这种情况？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-3 21:36:55

sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）比acpype好用多了去了，没任何理由再用acpype。怎么产生聚合物的拓扑文件在网页里也提了

并且分清楚ambertools和acpype的关系。acpype根本不属于ambertools

Joceeen · 发表于 Post on 2022-11-4 08:56:14

sobereva 发表于 2022-11-3 21:36
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）比acpype好用多了去了，没任何理由再用acpype。怎么产生聚合物 ...

谢谢社长回复，我已经使用sobtop得到了MMFF94电荷的top文件，现在想用acpype来计算AM1-BCC电荷，来比较一下区别，所以想请假一下如何得到AM1-BCC电荷。

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[Amber] antechamber计算去质子化聚丙烯酸AM1-BCC原子电荷求助