采用Molclus程序调用xTB程序进行分子构象搜索总是出错

GHL · 发表于 Post on 2022-11-4 19:20:25

采用的是gfn 0 级别进行优化
报错信息
Current date: 2022-11-04 Time: 19:12:11
Loading geometry    15366 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 > xtb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    0 s

但是如果采用gfn 1 级别的就可以，每个分子耗时3s(16核CPU),但是我的分子构象候选比较多，一个分子由gentor 产生20000多，得耗时13小时
有什么办法解决gfn 0 级报错，可以快一些筛选吗

谢谢大家！

yjb · 发表于 Post on 2022-11-5 22:25:47

增加一个迭代次数

GHL · 发表于 Post on 2022-11-6 00:10:41

yjb 发表于 2022-11-5 22:25
增加一个迭代次数

谢谢指导，我用的是win版的，也是刚入门，不知道从哪设置这块？

yjb · 发表于 Post on 2022-11-6 00:20:17

GHL 发表于 2022-11-6 00:10
谢谢指导，我用的是win版的，也是刚入门，不知道从哪设置这块？

没用过win版本

yjb · 发表于 Post on 2022-11-6 00:21:08

GHL 发表于 2022-11-6 00:10
谢谢指导，我用的是win版的，也是刚入门，不知道从哪设置这块？

xtb.xyz --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 --iterations 10000 > xtb.out 把命令加进去就行

GHL · 发表于 Post on 2022-11-6 08:45:03

yjb 发表于 2022-11-6 00:21
xtb.xyz --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 --iterations 10000 > xtb.out 把命令加进去就行

我加进去之后还是报错了
Current date: 2022-11-06 Time: 08:44:26
Loading geometry       8 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 1 --uhf 1 --iterations 10000 > x
tb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    0 s

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-6 11:36:05

GHL 发表于 2022-11-6 08:45
我加进去之后还是报错了
Current date: 2022-11-06 Time: 08:44:26
Loading geometry 8 fro ...

显然打开看xtb.out才能判断原因
3秒钟算一个也没多慢。而且按下文末尾的方法批量计算，还能令筛选过程耗时降低几倍
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

snljty2 · 发表于 Post on 2022-11-6 12:45:57

参照http://bbs.keinsci.com/thread-23002-1-1.html设置环境变量XTBPATH了么？

GHL · 发表于 Post on 2022-11-7 16:06:24

snljty2 发表于 2022-11-6 12:45
参照http://bbs.keinsci.com/thread-23002-1-1.html设置环境变量XTBPATH了么？

设置了，还是照旧报错

GHL · 发表于 Post on 2022-11-7 16:07:24

GHL 发表于 2022-11-7 16:06
设置了，还是照旧报错

我用的是win版的，没看到out文件，不知道哪儿错了，只能用gfn 1级别，近5万个分子构象

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[Molclus] 采用Molclus程序调用xTB程序进行分子构象搜索总是出错