MDAnalysis编码出错

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-8 18:15:27

请问各位老师，我在使用MDAnalysis调用Universe函数时候出现gbk编码错误，请问这是什么原因产生的？应该怎么解决
我从网上获得一些解决方法，但是都不管用：1.使用encoding = 'utf-8'，2.使用notepad++进行编码转换

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-8 18:16:10

laoman · 发表于 Post on 2022-11-8 18:23:08

Jam_ 发表于 2022-11-8 18:16

一个可以在Linux尝试的命令是 dos2unix *.top
而且这里提示7565行出问题了，你检查一下top的7565行，是不是有什么特殊符号？

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-8 18:29:37

laoman 发表于 2022-11-8 18:23
一个可以在Linux尝试的命令是 dos2unix *.top
而且这里提示7565行出问题了，你检查一下top的7565行，是 ...

谢谢回答，刚试了您的方法，把top文件转换了下，还是没能解决这个问题
我的文件没有7565行，总字数也不错160多。我把用到的trr和top附上，麻烦您帮我看看

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-8 18:33:13

GWFM-COOH.top (1.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
不好意思，trr文件太大了，上传不了
这里有top应该也能测试

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-11-8 18:58:03

Jam_ 发表于 2022-11-8 18:29
谢谢回答，刚试了您的方法，把top文件转换了下，还是没能解决这个问题
我的文件没有7565行，总字数也不 ...

这里说的7565行应该指的是考虑所有#include的情况，所以只有top文件不一定能看出来问题在哪里，可以考虑用tpr和trr文件，这样可能更方便，mda.Universe('abc.tpr','abc.trr')

laoman · 发表于 Post on 2022-11-8 19:06:15

你这个是在top里面nclude了其他top/itp文件，没法检查include的文件。grompp有-pp选项，可以把所有参数到提取到一个top（大概几千到几万行）文件。你用那个top文件再试试吧

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-8 21:49:25

本帖最后由 Jam_ 于 2022-11-8 21:52 编辑

GWFM-COOH_f.rar (450.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)
@laoman 老师，我用了你的方法把所有include放在一起，然后运行程序，还是会出错，我找到具体位置，私以为和别的字符没什么区别

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-8 21:53:59

@Frozen-Penguin 老师，我使用你的方法，不知道为什么程序没有结果输出

laoman · 发表于 Post on 2022-11-8 23:53:34

Jam_ 发表于 2022-11-8 21:49
@laoman 老师，我用了你的方法把所有include放在一起，然后运行程序，还是会出错，我找到具体位置，私以 ...

你的topol文件有25301个原子，我随便找了个相同原子的pdb来当轨迹，可以正常读取。gbk编码涉及中文路径或者中文字符以及标点符号之类的。你再仔细检查一下吧。

（在ipython中先运行了import MDAnalysis as mda）

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-9 09:23:23

laoman 发表于 2022-11-8 23:53
你的topol文件有25301个原子，我随便找了个相同原子的pdb来当轨迹，可以正常读取。gbk编码涉及中文路径或 ...

谢谢老师，我昨晚试了别的方法，用tpr代替top文件配合trr生成轨迹，已经解决了
（top = 'mdd.tpr'
trj = 'md.trr'
sys = mda.Universe(top, trj, topology_format='TPR', format='XTC')

我也认为我的top文件出问题了，position 283应该代表是283个字符，但是我认真检查了第283个字符（是TAB键）和别的TAB没什么区别，很是奇怪

Jam_ · 发表于 Post on 2022-11-9 09:24:11

Frozen-Penguin 发表于 2022-11-8 18:58
这里说的7565行应该指的是考虑所有#include的情况，所以只有top文件不一定能看出来问题在哪里，可以考虑 ...

谢谢老师，昨晚我认真检查了代码，用您的方法生成了最终结果

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[程序/脚本开发] MDAnalysis编码出错