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[GROMACS] 请教怎么用gmx trjconv去除gro文件的水分子?

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我想把模拟完的体系用vmd查看轨迹,但是不知道怎么把水分子删掉。。。看到论坛里提到用gmx trjconv去除水分子,请问命令是什么呀,我自己没有搜索到

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发表于 Post on 2022-11-9 14:02:52 | 只看该作者 Only view this author
保存轨迹/结构时,selected atoms用not water,参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 14:41:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-9 14:02
保存轨迹/结构时,selected atoms用not water,参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com ...

谢谢老师!
请问老师我做的是蛋白和有机小分子的模拟,查看轨迹发现某些帧配体会突然跳出来,然后下一帧又回去了,请问这是什么原因呀老师,该怎么解决呢?或者说这个问题跟您文章“谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因”http://sobereva.com/632 是一样的吗?

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发表于 Post on 2022-11-10 11:05:41 | 只看该作者 Only view this author
Yothy 发表于 2022-11-9 14:41
谢谢老师!
请问老师我做的是蛋白和有机小分子的模拟,查看轨迹发现某些帧配体会突然跳出来,然后下一帧 ...

原因一样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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