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楼主 Author: sobereva
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[算法与编程] 基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq

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发表于 Post on 2021-7-25 10:23:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-24 21:50
normal coordinates只有方向是有物理意义的,把整个normal coordinate矢量取负号,不改变任何物理可观测 ...

明白了,谢谢

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发表于 Post on 2022-6-8 16:57:28 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!
说明文档中提到:“Gaussian输出最终的振动频率前,会先从3N个频率中自动判断出整体平动和转动模式来,然后将它们对力常数矩阵的贡献投影掉使得振动频率更精确。”这里是如何判断整体平动转动模式的呢,是否也是和这个程序中一样去掉最小的六个。另外这里的投影可以给一下具体的数学表达吗?最近在做一些工作,想把一些笛卡尔坐标系下的矢量转换到内坐标下,对如何删除平动转动自由度感到很是困惑。

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发表于 Post on 2022-6-8 18:08:30 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2022-6-8 09:57
sob老师您好!
说明文档中提到:“Gaussian输出最终的振动频率前,会先从3N个频率中自动判断出整体平动和 ...

我不知道sob老师的做法是什么,但是一般量化程序的做法并不是对角化以后去掉最小的6个频率,而是先推导出平动和转动模式的解析形式,再把这些模式从Hessian里投影掉,然后对角化剩下的3N-6维的Hessian。这样的好处是假如有振动频率极其小的振动模式,不至于误把这个振动扔掉。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-6-8 20:49:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-8 18:08
我不知道sob老师的做法是什么,但是一般量化程序的做法并不是对角化以后去掉最小的6个频率,而是先推导出 ...

请问您有关于“推导出平动和转动模式的解析形式”这方面的资料吗

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发表于 Post on 2022-6-8 20:56:16 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2022-6-8 13:49
请问您有关于“推导出平动和转动模式的解析形式”这方面的资料吗

没有,这个就是经典力学的内容,找一本力学教材看看刚体平动和转动的简正模怎么算就知道了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 07:38:06 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2022-6-8 20:49
请问您有关于“推导出平动和转动模式的解析形式”这方面的资料吗

Gaussian有个官方文档Vibrational Analysis in Gaussian,里面有细节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-6-9 08:24:13 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian官方文档Vibrational Analysis in Gaussian

Vibrational.pdf

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发表于 Post on 2022-6-9 13:27:26 | 只看该作者 Only view this author
感谢大家的帮助!

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发表于 Post on 2022-6-10 11:41:15 | 只看该作者 Only view this author
推荐 ajz34 的讲解和代码
  1. 频率分析 (1):从 fchk 文件得到分子频率与简正模式
  2. https://ajz34.readthedocs.io/zh_CN/latest/QC_Notes/Freq_Series/freq_1.html
复制代码

另推荐他写的 python 实现双杂化泛函梯度教程,其中的量化入门部分很友好
  1. xDH 在 Python 下实现的简易教程
  2. https://py-xdh.readthedocs.io/
复制代码

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十八介姑娘一蕾花呀,白白介牙齿、红红介嘴唇,得人惜

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发表于 Post on 2022-6-10 11:49:59 | 只看该作者 Only view this author
王二葛 发表于 2022-6-10 11:41
推荐 ajz34 的讲解和代码

另推荐他写的 python 实现双杂化泛函梯度教程,其中的量化入门部分很友好

谢谢

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