关于用GROMACS模拟MOF的形成的文献如何重复的问题

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-11-18 11:47:10

一般来讲，GROMACS无法模拟键的形成，最近我看到一篇文献用GROMACS模拟MOF的形成，请问这种方法合理吗？如何生成这样的拓扑文件呢？
附件是文献的原文及SI.

c5cp00379b.pdf (3 MB, 下载次数 Times of downloads: 42)

c5cp00379b1.pdf (108.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

lyj714 · 发表于 Post on 2022-11-18 14:23:40

本帖最后由 lyj714 于 2022-11-18 14:25 编辑

文中哪有键的形成，单纯的小分子自组装成大的类mof结构罢了。注意别人用的势函数，要用到gmx的table势。本质上就分子间的相互作用，并没有化学反应。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-11-19 21:03:21

lyj714 发表于 2022-11-18 14:23
文中哪有键的形成，单纯的小分子自组装成大的类mof结构罢了。注意别人用的势函数，要用到gmx的table势。本 ...

感谢您的回复，请问这种应该怎么设置呢？初学者对这个不太了解，能否请您详细讲解一下具体操作，谢谢。

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