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[GROMACS] 离子液体在GMX中的模拟使用gromos 54a7力场是否合适?

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楼主
请问:1. 胆碱类的离子液体能否用gromos54 a7力场来描述?当然用GAFF肯定可以,那要如何判断哪个更适合自己的体系呢?
          2. 如果用gromos54 a7力场描述合适,我在ATB上找到了itp参数,看了一些帖子,都推荐使用联合原子力场,那gro或pdb文件中的H要自己手动删去吗?
谢谢了!!!

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发表于 Post on 2022-11-19 00:05:40 | 只看该作者 Only view this author
若无特殊情况,一律建议用GAFF。又兼容AMBER派系力场,又有标准的原子电荷计算方法,又能通过灵活的sobtop产生各类体系的拓扑文件,没理由不用GAFF而用GROMOS
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-19 09:59:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-19 00:05
若无特殊情况,一律建议用GAFF。又兼容AMBER派系力场,又有标准的原子电荷计算方法,又能通过灵活的sobtop ...

谢谢社长,这个我是知道的;sobtop+RESP2的脚本,用起来不要太方便;
开始我用的就是AMBER99SB-ILDN+GAFF,结果差异不明显,看文献中用的是gromos54 a7,我也试了一下,虽然过程很麻烦,但结果很显著,所以就想咨询一下,gromos54 a7对于胆碱类的是否合适

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发表于 Post on 2022-11-19 22:28:22 | 只看该作者 Only view this author
莫落 发表于 2022-11-19 09:59
谢谢社长,这个我是知道的;sobtop+RESP2的脚本,用起来不要太方便;
开始我用的就是AMBER99SB-ILD ...

合适
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