轨迹去除周期边界问题

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-27 22:21:52

本帖最后由 greatzdk 于 2016-5-27 22:25 编辑

跑了一段DNA，轨迹去除PBC的时候，-pbc mol -ur compact， -pbc nojump ，-pbc whole，甚至加上-trans ，-center选取中间的两条链的碱基，
还是搞不定，两条链会分开。
困扰几天了，跪求大神指点

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-27 22:43:57

通常来说都是把轨迹读入VMD以后，用VMD的pbc wrap命令
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/

大段轨迹也许会因为各种问题不能一次完美wrap，可以把轨迹分成两段来wrap（使用不同的center）

ruanyang · 发表于 Post on 2016-5-28 07:55:42

对于使用gromacs的来讲，pbcwrap不是一个很好的选择，因为一般我们都是跑长时间的模拟，加载进VMD的话会耗费很多的内存！（这一点我困扰我好久了一直没解决，听说过bigdcd这个功能，但是不太清楚如何使用）。既然你使用trjconv+上述去除周期性的命令都不能保证DNA的双链的结构不分开的，我觉的有可能是盒子的尺寸或者是top文件的问题了！

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-28 09:35:14

ruanyang 发表于 2016-5-28 07:55
对于使用gromacs的来讲，pbcwrap不是一个很好的选择，因为一般我们都是跑长时间的模拟，加载进VMD的话会耗 ...

我按照常规，DNA放在盒子中间，任一原子距离盒子10A，这个应该没有问题。只是跑的时候，DNA平动转动多，而且不同时候可能游荡在两个盒子交界处，现有工具没办法组合除掉PBC。
不知道是不是还有别的策略，来解决这个问题。

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-28 09:36:45

本帖最后由 greatzdk 于 2016-5-28 09:45 编辑

fhh2626 发表于 2016-5-27 22:43
通常来说都是把轨迹读入VMD以后，用VMD的pbc wrap命令
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbct ...

在处理GMX轨迹方面，VMD使用起来，确实不方便，太慢

ruanyang · 发表于 Post on 2016-5-28 11:54:42

可以考虑增加限制，比如位置限制等

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-28 15:59:51

ruanyang 发表于 2016-5-28 11:54
可以考虑增加限制，比如位置限制等

这个，体系能量优化的时候，是加了的。但是在production时候，则不适合了吧？
谢谢你的热情帮助。
在向别人请教加各种尝试后，解决了这个问题。问题关键在于-center 中心原子的选择。
我选的是序列中间配对的两个核苷酸，处理结果是问题多多。
而重新尝试中间某个核苷酸上的空间上中部的某个原子，则问题解决了。虽然会有个别帧，个别原子出box，但是可以再继续调中心原子。

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-28 19:51:05

ruanyang 发表于 2016-5-28 07:55
对于使用gromacs的来讲，pbcwrap不是一个很好的选择，因为一般我们都是跑长时间的模拟，加载进VMD的话会耗 ...

一般大文件都是直接在服务器上处理的，用命令行版的VMD

如果在win下处理的话一般就不载入溶剂或者调大载入帧的间隔，我也不喜欢用bigdcd

ruanyang · 发表于 Post on 2016-5-29 08:10:03

fhh2626 发表于 2016-5-28 19:51
一般大文件都是直接在服务器上处理的，用命令行版的VMD

如果在win下处理的话一般就不载入溶剂或者调大 ...

那我想在问一个问题，比如我写好了一个脚本保存成.tcl文件，在服务器上的VMD执行，但是我发现需要耗费很长的时间，我想请问一下能否直接后台运行？谢谢！（研究了一段时间，没解决）

teny · 发表于 Post on 2021-6-30 16:41:27

greatzdk 发表于 2016-5-28 15:59
这个，体系能量优化的时候，是加了的。但是在production时候，则不适合了吧？
谢谢你的热情帮助。
在向 ...

您好，我也是模拟的DNA，也出现了两条链分开的情况，但是我没看懂您最后的解决方法，请问能麻烦一下您么，稍微讲解清楚点，那个-center中心原子是在gromacs里选的么，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-1 05:01:10

teny 发表于 2021-6-30 16:41
您好，我也是模拟的DNA，也出现了两条链分开的情况，但是我没看懂您最后的解决方法，请问能麻烦一下您么 ...

teny · 发表于 Post on 2021-12-22 20:33:06

sobereva 发表于 2021-7-1 05:01

谢谢sober老师，后来研究了一下vmd手册，用pbc unwrap -sel "nucleic"这个命令把双链分开的问题解决了，我之后再尝试一下您发的这个命令有什么区别

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-22 21:21:16

teny 发表于 2021-12-22 20:33
谢谢sober老师，后来研究了一下vmd手册，用pbc unwrap -sel "nucleic"这个命令把双链分开的问题解决了， ...

这种做法是让核酸部分即便跑出盒子也继续跑，而trjconv结合-cluster则可以实现当整个核酸双链的组的质心跑到盒子外面的时候，整个双链一起弄到盒子另一头

12342234 · 发表于 Post on 2021-12-22 21:25:00

ruanyang 发表于 2016-5-29 08:10
那我想在问一个问题，比如我写好了一个脚本保存成.tcl文件，在服务器上的VMD执行，但是我发现需要耗费很 ...

exec vmd -dispdev none -e tclname.tcl > out123.out 2>> /dev/null &
用这一行命令直接调用vmd就可以后台运行，我也是参考http://bbs.keinsci.com/thread-16295-1-1.html

teny · 发表于 Post on 2021-12-22 21:45:56

sobereva 发表于 2021-12-22 21:21
这种做法是让核酸部分即便跑出盒子也继续跑，而trjconv结合-cluster则可以实现当整个核酸双链的组的质心 ...

非常感谢sober老师这么快的回复，您说的我懂了，这两种是不是都不影响结果的分析呢

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