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[Gromacs] 轨迹去除周期边界问题

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发表于 2016-5-27 22:21:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 greatzdk 于 2016-5-27 22:25 编辑

跑了一段DNA,轨迹去除PBC的时候,-pbc mol -ur compact, -pbc nojump ,-pbc whole,甚至加上-trans ,-center选取中间的两条链的碱基,
还是搞不定,两条链会分开。
困扰几天了,跪求大神指点

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发表于 2016-5-27 22:43:57 | 显示全部楼层
通常来说都是把轨迹读入VMD以后,用VMD的pbc wrap命令
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/

大段轨迹也许会因为各种问题不能一次完美wrap,可以把轨迹分成两段来wrap(使用不同的center)

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发表于 2016-5-28 07:55:42 | 显示全部楼层
对于使用gromacs的来讲,pbcwrap不是一个很好的选择,因为一般我们都是跑长时间的模拟,加载进VMD的话会耗费很多的内存!(这一点我困扰我好久了一直没解决,听说过bigdcd这个功能,但是不太清楚如何使用)。既然你使用trjconv+上述去除周期性的命令都不能保证DNA的双链的结构不分开的,我觉的有可能是盒子的尺寸或者是top文件的问题了!

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 楼主| 发表于 2016-5-28 09:35:14 | 显示全部楼层
ruanyang 发表于 2016-5-28 07:55
对于使用gromacs的来讲,pbcwrap不是一个很好的选择,因为一般我们都是跑长时间的模拟,加载进VMD的话会耗 ...

我按照常规,DNA放在盒子中间,任一原子距离盒子10A,这个应该没有问题。只是跑的时候,DNA平动转动多,而且不同时候可能游荡在两个盒子交界处,现有工具没办法组合除掉PBC。
不知道是不是还有别的策略,来解决这个问题。

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 楼主| 发表于 2016-5-28 09:36:45 | 显示全部楼层
本帖最后由 greatzdk 于 2016-5-28 09:45 编辑
fhh2626 发表于 2016-5-27 22:43
通常来说都是把轨迹读入VMD以后,用VMD的pbc wrap命令
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbct ...

在处理GMX轨迹方面,VMD使用起来,确实不方便,太慢

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发表于 2016-5-28 11:54:42 | 显示全部楼层
可以考虑增加限制,比如位置限制等

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 楼主| 发表于 2016-5-28 15:59:51 | 显示全部楼层
ruanyang 发表于 2016-5-28 11:54
可以考虑增加限制,比如位置限制等

这个,体系能量优化的时候,是加了的。但是在production时候,则不适合了吧?
谢谢你的热情帮助。
在向别人请教加各种尝试后,解决了这个问题。问题关键在于-center 中心原子的选择。
我选的是序列中间配对的两个核苷酸,处理结果是问题多多。
而重新尝试中间某个核苷酸上的空间上中部的某个原子,则问题解决了。虽然会有个别帧,个别原子出box,但是可以再继续调中心原子。

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发表于 2016-5-28 19:51:05 | 显示全部楼层
ruanyang 发表于 2016-5-28 07:55
对于使用gromacs的来讲,pbcwrap不是一个很好的选择,因为一般我们都是跑长时间的模拟,加载进VMD的话会耗 ...

一般大文件都是直接在服务器上处理的,用命令行版的VMD

如果在win下处理的话一般就不载入溶剂或者调大载入帧的间隔,我也不喜欢用bigdcd

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发表于 2016-5-29 08:10:03 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2016-5-28 19:51
一般大文件都是直接在服务器上处理的,用命令行版的VMD

如果在win下处理的话一般就不载入溶剂或者调大 ...

那我想在问一个问题,比如我写好了一个脚本保存成.tcl文件,在服务器上的VMD执行,但是我发现需要耗费很长的时间,我想请问一下能否直接后台运行?谢谢!(研究了一段时间,没解决)

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发表于 2017-1-12 17:55:52 | 显示全部楼层
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