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[综合交流] 求助模拟两个离子的结构优化的问题

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各位老师,请问我现在要模拟优化两个离子,是必须要挖团簇、加入背景电荷和抗衡离子这些吗?只是想优化两个离子收敛,两个阴离子(处于固体熔融态)

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发表于 Post on 2022-11-23 15:28:06 | 只看该作者 Only view this author
对。本来有的情况下用隐式溶剂模型来近似就可以了,但是你这种情况下有以下问题:(1)如果不加抗衡离子,即使加溶剂模型,两个阴离子也会飞到无穷远;(2)如果加抗衡离子,必须对抗衡离子做显式溶剂化;(3)但是你的体系其实不是溶剂,而是离子固体,所以一旦对抗衡离子做显式溶剂化,就需要加更多的阴离子,这些阴离子又需要更多的抗衡离子,永远加不完。所以只能退而求其次,用背景电荷(最好是用embedding potential)代替实际的阴离子来描述抗衡离子的第一配位层,因为背景电荷本身不需要显式溶剂化,所以可以只加有限层而不会导致任何问题。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-11-24 02:40:23 | 只看该作者 Only view this author
这种情况用CP2K当周期性搞就完了,用簇模型很麻烦
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-24 10:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-24 02:40
这种情况用CP2K当周期性搞就完了,用簇模型很麻烦

老师,您的意思是这个离子反应的模拟可以直接用cp2k做吗?不需要背景电荷这些吗?
这个反应没有溶剂,之前没有接触过CP2K,刚刚看了几个帖子的例子都是分子、晶体的模拟,也看了您发的Multiwfn创建CP2K的输入文件,目前还没有看到离子的例子,纯离子的话要如何下手呢?

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发表于 Post on 2022-11-25 01:49:30 | 只看该作者 Only view this author
han- 发表于 2022-11-24 10:35
老师,您的意思是这个离子反应的模拟可以直接用cp2k做吗?不需要背景电荷这些吗?
这个反应没有溶剂,之 ...

显然可以CP2K
加背景电荷是为了描述凝聚相环境下周围的原子的影响,CP2K计算时直接就对凝聚相体系当周期性计算了,自然没背景电荷的事
离子就离子,该怎么算怎么算,本身是离子的物质,电子结构自然会收敛到离子的状态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-2 11:49:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-25 01:49
显然可以CP2K
加背景电荷是为了描述凝聚相环境下周围的原子的影响,CP2K计算时直接就对凝聚相体系当周期 ...

老师 我安装了cp2k,我这个是模拟固体熔融状态时的阴离子反应,我在用cp2k模拟的时候,如何考虑阳离子的影响呢?(还是说不用考虑?)反应没有溶剂也就没有其他帖子说的盒子
我的目的是 想要得到这个状态下离子反应的自由能垒
(目前 我根据您的帖子由multiwfn得到了.inp文件)

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发表于 Post on 2022-12-3 01:55:29 | 只看该作者 Only view this author
han- 发表于 2022-12-2 11:49
老师 我安装了cp2k,我这个是模拟固体熔融状态时的阴离子反应,我在用cp2k模拟的时候,如何考虑阳离子的 ...

不需要做任何额外考虑
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