计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9093|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Material Studio] MS中能不能让原子只起到占位作用,而对其他原子没有影响

[复制链接 Copy URL]

155

帖子

0

威望

2876

eV
积分
3031

Level 5 (御坂)

我想实现一种模型:在一个CNT周围的空间全部都是不能进入的,所以想通过加一些只是起到“占位”作用的原子,但是不能对CNT内部有影响,而且不能对整体能量有影响。我试过使用pvff力场,将添加的原子的vDW相互作用给ignore,但是这样的话就相当于没有了占位作用,很是郁闷,不知道大家有没有什么好办法。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-5-28 17:56:19 | 只看该作者 Only view this author
MS的很多事已经记不清了,如果能把vdW里r-12项保留而只把r-6对应的参数设为0也可以起到占位作用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

155

帖子

0

威望

2876

eV
积分
3031

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-29 13:34:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-28 17:56
MS的很多事已经记不清了,如果能把vdW里r-12项保留而只把r-6对应的参数设为0也可以起到占位作用。

谢谢sob老师的回复!我试了一下,MS里面的vDW相互作用只有附件中的几个选项,没有办法分离。请问sob老师,像这种“占位型”的模型有没有什么好的办法。我试过加上dummy原子或者把vdW相互作用ignore,结果MS都认为这个地方没有原子,所以这个问题很是郁闷啊

无标题.jpg (183.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

vdW相互作用势函数

vdW相互作用势函数

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-5-29 18:32:39 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-5-29 13:34
谢谢sob老师的回复!我试了一下,MS里面的vDW相互作用只有附件中的几个选项,没有办法分离。请问sob老师 ...

我很久不用forcite记不清那些参数是可调的。
如果不能把LJ势的吸引和互斥两部分分离,按照图中,可以试试repulsive exponential
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 14:50 , Processed in 0.349006 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list