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[综合交流] dcd格式分子动力学文件如何计算结合能

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各位老师,用charm-gui软件计算酶分子与底物的经典分子动力学,得到dcd格式的轨迹文件。之后如何通过轨迹文件计算底物和酶分子的结合能呢

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发表于 Post on 2022-11-28 08:57:40 | 只看该作者 Only view this author
拓扑文件和轨迹转成AMBER的,用AmberTools里的MMPBSA脚本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 11:01:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 08:57
拓扑文件和轨迹转成AMBER的,用AmberTools里的MMPBSA脚本

谢谢sob老师的解答!charmm立场如何转成amber的拓扑文件,我在amber官网没有看到相关拓扑立场转变说明。麻烦老师解答!

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发表于 Post on 2022-11-28 13:59:53 | 只看该作者 Only view this author
Charmm-gui本身可以提供gromacs的topology文件,而Amber官网介绍了的Parmed工具恰恰可以做gromacs topology -> Amber topology的转换。

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