结构优化请教，觉得能量最低的并不是最合理的

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-11-28 09:51:51

各位老师大家好，最近做了一个结构高斯模拟 PBE0 6-31G(D)
模拟出来的能量最低值的模型

我觉得并不是最合理的，而且和我觉得合理的能量差的不多

模型一就是整个键角翻转过来了

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-28 10:17:39

把结构图贴完整，用的关键词贴完整，要么直接上传压缩后的输出文件

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-11-28 10:59:17

sobereva 发表于 2022-11-28 10:17
把结构图贴完整，用的关键词贴完整，要么直接上传压缩后的输出文件

好的，马上传一下

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-11-28 11:05:29

#p pbe1pbe/6-31g(d) em=gd3bj int=fine opt freq scrf(pcm,solvent=water)，感谢sob老师批评指正

chands · 发表于 Post on 2022-11-28 11:12:39

奶啵啵发表于 2022-11-28 11:05
#p pbe1pbe/6-31g(d) em=gd3bj int=fine opt freq scrf(pcm,solvent=water)，感谢sob老师批评指正

你的分子柔性很大，两个构象之间只差8 kJ/mol左右，建议做构象搜索。

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-11-28 15:41:33

chands 发表于 2022-11-28 11:12
你的分子柔性很大，两个构象之间只差8 kJ/mol左右，建议做构象搜索。

没做过，我去找找

fffff · 发表于 Post on 2022-11-28 16:29:08

奶啵啵发表于 2022-11-28 15:41
没做过，我去找找

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=24601
(出处: 计算化学公社)

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-11-28 19:45:08

fffff 发表于 2022-11-28 16:29
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ...

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-28 19:47:36

本帖最后由 wzkchem5 于 2022-11-28 12:48 编辑

奶啵啵发表于 2022-11-28 04:05
#p pbe1pbe/6-31g(d) em=gd3bj int=fine opt freq scrf(pcm,solvent=water)，感谢sob老师批评指正

另外注意，除非体系酸性很强（例如pH<2），否则这里的磷酸应该有一部分是电离的。磷酸是否电离对构象影响会很大。
类似地，可以注意一下苯胺基团在实验的pH下是否会被质子化

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-11-28 19:59:31

wzkchem5 发表于 2022-11-28 19:47
另外注意，除非体系酸性很强（例如pH

ph=6应该不会质子化，哎，新手又要开始学习了

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